Всякая область, однако, имеет для нас значение вовсе не сама по себе, а единственно только по отношению к известным, расположенным в ней органам; поэтому мысль об органе, подлежащем действию хирургических инструментов, должна быть господствующею в уме читателя хирургической анатомии; все остальное, — границы области, ткани, покрывающие ее, — должно быть подчинено этой идее, так как оно важно для нас только по отношению к известному органу. Поэтому я полагаю, что разделение науки по органам гораздо более отвечает практическим целям и лучше укладывается в памяти учащихся; при таком описании все менее важное, побочное ведет к одной цели — как можно яснее, нагляднее представить все затруднения и все упрощения в отыскании того или другого органа».
Пирогов «старался выяснить на препаратах положение различных слоев, перерезаемых при операциях, особенно ход фасций с их многочисленными перегородками, так как они заслуживают полного внимания рационального хирурга вследствие тесной связи с артериями». «С какою точностью и простотою, как рационально и верно можно найти артерию, руководствуясь положением этих фиброзных пластинок! — пишет Пирогов. — Каждым сечением скальпеля разрезается известный слой и вся операция оканчивается в точно определенный промежуток времени».
Профессор хирургии Л. Л. Левшин через 60 лет после выхода в свет «Хирургической анатомии» заявил, что это «знаменитое сочинение, которое произвело огромный фурор за границей, останется навсегда классическим; в нем выработаны прекрасные правила, как следует итти ножом с поверхности тела в глубину, чтобы легко и скоро перевязать различные артерии человеческого организма». Автор современного, марксистского, исследования о научной деятельности Николая Ивановича, доктор К. В. Волков говорит по поводу «Хирургической анатомии», что «учение о фасциях есть ключ ко всей анатомии — в этом и состоит все гениальное открытие Пирогова, ясно и отчетливо сознавшего революционизирующее значение своего метода». И дальше он пишет:
«Хирургическая анатомия» обладает всеми признаками классического труда, открывающего новую эпоху в развитии научной дисциплины. В основу работы положен огромный фактический материал, добытый личным опытом и наблюдением и пропущенный сквозь призму строго критического отношения к результатам опыта. Необычайная точность, сжатость и строгость изложения соответствует ясности мысли. И, что самое главное, это огромное богатство фактического материала освещено большой оригинальной идеей, крепко увязывающей его анатомо-теоретические открытия с насущными запросами хирургической практики того времени, выдвигавшими на первое место в качестве основного социального заказа — искусство перевязки сосудов… Крайне характерно для стихийного диалектического уклона пироговской мысли, что он рассматривает систему фасций не как застывшую анатомическую догму, но как хирургическое руководство к действию, до известной степени как бы даже меняющее свой облик в зависимости от преследуемых нами практических целей».
Таким образом, Николай Иванович был одним из творцов, а в России инициатором той анатомической отрасли, которая носит в настоящее время название хирургической анатомии. «Эта молодая наука во времена Пирогова еще только, нарождалась, — пишет проф. Н. К. Лысенков, — возникая из практических потребностей хирургии. Хирургическая анатомия изучает не отдельные органы и ткани, но рассматривает их совокупность в известной области человеческого тела, так как хирург у постели больного и на операционным столе имеет дело не с отдельными органами и тканями, но с соединением их в одно живое целое». Эта наука для хирурга то же, что «для мореплавателя морская карта: она дает возможность ориентироваться при плавании по кровавому хирургическому морю, грозящему на каждом шагу смертью».
Велико также значение третьего из названных выше дерптских трудов Пирогова — монографии об ахиллесовом сухожилии. Один из исследователей научной деятельности Пирогова говорит, что в 1836 году Николай Иванович впервые в России произвел совершенно самостоятельно операцию перерезки ахиллесова сухожилия, которая до него насчитывала в Европе только единичные случаи, так как ее не решались делать величайшие мировые хирурги. «Удачный исход этой тенотомии был причиной того, что в течение следующих 4 лет он произвел ее на 40 больных. Результаты сотни опытов дали возможность Н. И. изучить процесс заращения перерезанных сухих жил так подробно и точно, что едва ли в настоящее время можно будет к ним прибавить что-либо существенное». «Это сочинение, — говорит историк русской хирургии, профессор В. А. Оппель, — до такой степени замечательно, что оно цитируется современным, наикрупнейшим германским хирургам Биром как классическое. Выводы Бира почти совпадают с выводами Пирогова, а выводы Бира сделаны через сто лет после Пирогова».