«Все профессоры Медико-хирургичеокой академии, — говорит Пирогов, — были из воспитанников этой же академии, что, конечно, не могло не способствовать развитию непотизма между профессорами, и, как это нередко случается, непотизм дошел до таких размеров, что в профессоры начали избираться исключительно почти малороссы и семинаристы одной губернии. За исключением нескольких немногих профессоров, приобретших себе почетное имя в русской науке, остальная, большая часть, ни в научном, ни в нравственном отношениях ничем не опережала золотую посредственность… Научный и нравственный уровень Петербургской медико-хирургической академии в конце 1830-х годов был очевидно в упадке. Надо было потрясающему событию произвести переполох для того, чтобы произошел потом поворот к лучшему».
Переполох произошел в сентябре 1838 года и заключался в следующем. Поляк Иван Сочинский, родившийся около 1800 года, был в 1828 году сдан из помещичьих крестьян в солдаты в лейб-гвардии уланский полк. В 1831 году он принимал какое-то участие в польском восстании. В 1833 году был принят из аптекарских учеников в студенты фельдшерского отделения Медико-хирургической академии. Здесь Сочинский подвергался преследованиям в связи со своим польским происхождением. Доведенный однажды до отчаяния профессором из семинаристов Нечаевым, издевательски провалившим его на экзамене, Сочинский бросился на обидчика с раскрытым перочинным ножом. Нечаев увернулся, и удар пришелся в живот другого профессора, Калинского, получившего легкую рану. На шум прибежали служители, но впавший в исступление Сочинский поранил двух из них, пытавшихся его связать.
Николай I наградил Нечаева орденом, а Сочинского присудил прогнать три раза сквозь строй в 500 шпицрутенов, т. е. к 1500 ударам длинными гибкими палками по обнаженной спине. Кроме того суд постановил еще сослать Сочинского после шпицрутенов в пожизненные каторжные работы. Николай велел в целях назидания произвести казнь в присутствии всех учащихся академии. «В последних числах октября 1838 года, — по рассказу современника, — студентам велели явиться в аракчеевские казармы. От тех, которые по болезни не могли явиться, требовали удостоверения не только врача, но также местного квартального надзирателя и частного пристава. В присутствии студентов, поставленных во фронт, и некоторых начальствующих лиц Сочинский был на смерть забит шпицрутенами. Когда он упал, его положили на телегу и возили перед строем, продолжавшим наносить удары. Со многими из присутствующих делалось дурно. У несчастного Сочинского, умершего под ударами, оказались пробиты междуреберные мышцы до самой грудной плевры, которая была видна и в некоторых местах разрушена до самого легкого».
За проступок Сочинского царь наказал также академию. Из министерства внутренних дел она была передана в военное ведомство, главным начальником ее сделан был известный взяточник и помощник Аракчеева по военным поселениям, генерал П. А. Клейнмихель, а инспектором студентов назначен полковник арестантской команды Шенрок.
Бравый генерал подтянул академию, поднял в ней уважение к дисциплине и стал наводить в научном учреждении порядки армейского корпуса. «Несмотря на это, — говорит Пирогов, — одна мысль в преобразовании академии Клейнмихелем была весьма здравая. Он непременно захотел внести новый и прежде неизвестный элемент в состав профессоров академии и заместить все вакантные и вновь открывающиеся кафедры профессорами, получившими образование в университетах. В скором времени в конференцию вместо одного профессора, получившего университетское образование, явилась целых восемь, и это я считаю важною заслугою Клейнмихеля. Без него академия и до сих пор, может быть, считала бы вредным для себя доступ чужаков в состав конференции».
В числе этих чужаков был Пирогов, приглашенный в академию через профессора К. К. Зейдлица — друга Жуковского и ученика Мойера. Пирогову было тесно в Дерпте, ему хотелось расширить и углубить преподавание медицины. Условием своего перехода в академию он поставил учреждение при кафедре хирургии новой для того времени госпитальной клиники. Проект был принят, но перевод Пирогова в академию затормозил Уваров, который сначала не хотел отпускать Николая Ивановича из Дерптского университета по своим национально-шовинистическим расчетам, а потом не велел выпускать его из своего ведомства по прихоти самодура. Переписка по этому поводу велась ровно год. Уваров буквально издевался над Пироговым и довел его до нервных припадков. Победил в конце концов Клейнмихель.