Сам Николай Иванович так пишет об этой работе в своей краткой автобиографии: «Вышли превосходные препараты, чрезвычайно, поучительные для врачей. Положение многих органов (сердца, желудка, кишек) оказалось вовсе не таким, как оно представляется обыкновенно при вскрытиях, когда от давления воздуха и нарушения целости герметически закрытых полостей это положение изменяется до крайности. И в Германии, и во Франции пробовали потом подражать мне, но я смело могу утверждать, что никто еще не представил такого полного изображения нормального положения органов, как я». Этот труд Пирогова имеет огромное, непреходящее, практическое значение. В 1910 году профессор В. И. Разумовский писал о «распилах»: «Его гений использовал наши северные морозы на благо человечества. Пирогов с энергией, свойственной, может быть, только гениальным натурам, приступил к колоссальному анатомическому труду. В результате многолетних неустанных трудов — бессмертный памятник, не имеющий себе равного. Этот труд обессмертил имя Пирогова и доказал, что русская научная медицина имеет право на уважение всего образованного мира». В 1922 году проф. В. А. Оппель заявлял, что «распилы замороженных трупов… все такие новшества, которые ставят Пирогова в ряд наиболее выдающихся анатомов всего мира и за все времена… Выводы Пирогова полны громадного практического и теоретического, значения… Каждый из них классичен и имеет до сих пор первостепенное значение».
Все авторы сходятся на том, что богатства пироговского Атласа распилов на замороженных трупах «еще далеко не исчерпаны и что даже еще не выяснено вполне, сколько сокровищ, таится в многочисленных снимках тех препаратов, которые приготовила искусная рука Пирогова».
Кроме специальных изданий, много внимания уделяла ученым трудам Пирогова общая пресса, особенно журнал «Библиотека для чтения». Редактор ее, О. И. Сенковский, откликавшийся в своих статьях на самые разнообразные темы, по выходе в свет «Полного курса прикладной анатомии» поместил в журнале (1844 г.) статью в 46 страниц убористой печати с обширными выдержками из текста и многими рисунками. Расхваливая Пирогова, Сенковский говорил об его гениальности, об его «умном ноже» и т. п. Все это использовали через несколько лет «черниговцы», когда они продажным пером журналиста III отделения, Булгарина, — сделали решительную попытку подорвать значение Пирогова, как ученого.
Не менее ценными для науки были и две другие работы Пирогова:, «Операция вылущения стопы» и «Клиническая хирургия», встреченные столь же лестными отзывами как в специально медицинской, так и в общей печати.
Пирогов пользовался мировой славой как ученый, необыкновенной популярностью как практический врач, руководил крупнейшими учеными и научно-техническими учреждениями (клиники, институты и кафедры, больницы, петербургский инструментальный завод), но для министров Николая он был по-прежнему не более как казенный лекарь и чиновник.
По возвращении с Кавказа Пирогов, не дав себе отдыха, поспешил к военному министру, князю А. И. Чернышеву, чтобы сообщить ему о своих удачных опытах с эфиром и добиться разрешения на широкое использование этого средства в госпитальных клиниках. Никогда не интересовавшийся формою своих отношений к начальству, Пирогов не обратил внимания на мундир, в котором он поехал к министру, И не заметил, что Чернышев отвечал на его восторженный рассказ отрывистыми холодными фразами.
На другой день Николая Ивановича вызвал к себе попечитель академии генерал Н. Н. Анненков и от имени министра сделал ему резкий выговор за нерадение к установленной форме одежды. «Утомленный мучительными трудами, в нервном возбуждении от результата своих испытаний на поле битвы», Пирогов «впал в сильное расстройство» и так был рассержен, что с ним приключился истерический припадок с слезами и рыданиями. После этого Николай Иванович решил подать в отставку и расстаться с академией. Но его убедили остаться люди, понимавшие значение Пирогова для науки.
Подавать в отставку Пирогову приходилось несколько раз в связи с глупостью и тупостью его высшего начальства. Но больше всего отравляли ему существование «черниговцы», не брезгавшие ничем, чтоб только выжить его из академии, а заодно из Петербурга. Они не останавливались ни перед чем. Так как студенты всех курсов и всех отделений всегда старались попасть на вскрытия и практические занятия Пирогова, то было составлено такое расписание, чтобы студенты могли посещать аудитории и лаборатории Николая Ивановича только в определенные, обязательные часы. Конечно, это не помогало, и часто аудитории и лаборатории других профессоров пустовали в часы занятий, тогда как у Пирогова всегда было полно народа.