«Черниговцы» ликовали, но попечитель академии сообщил военному министру, что в заседании конференции читаются произведения не принадлежащего к ее составу журналиста, и Чернышев велел сделать президенту академии выговор, предписав попечителю потребовать от Булгарина извинения за оскорбление Пирогова.
Булгарин послал в конференцию письмо с заявлениям, что он не хотел обидеть Пирогова, а только защищал себя и Шипулинского. В тот же день Фаддей поместил в своей газете (10 марта) новый, состряпанный при содействии Буяльского, фельетон о научной деятельности Пирогова. Как «несовершенный профан» в медицине, Булгарин утверждал, что курс анатомии, за который Академия наук присудила Пирогову премию, списан из сочинения английского ученого Чарльза Белля. «Возле каждого журнала, — начинает свою статью редактор «Северной пчелы», — вьются роем трутни, которые хотят поживиться медком, т. е. попасть в журнал с чем-нибудь для прославления своего собственно имени. Послушайте и вы удивитесь, какую шутку сыграли с «Библиотекой для чтения».
Дальше Булгарин путем передержек, умолчаний и подтасовок доказывает в 1848 году выдержками из статьи «Библиотеки для чтения» за 1844 год, что Пирогов при составлении своего курса анатомии пользовался сочинениями английского ученого. «После этих неоспоримых улик, — заявляет честный Булгарин, — мы имеем полное право предложить на разрешение всех просвещенных людей вопросы, к кому же теперь должно отнесть все высокопарные прилагательные «Библиотеки для чтения»: «плод долголетних трудов гениального человека», «все здесь привлекательно», «умный нож» и т. д., к Чарльзу Беллю или г. Пирогову? Ведь «Библиотека для чтения» представила текст Чарльза Белля и его таблицы, а похвалы отнесла к г. Пирогову. Помилуйте, на что же обижать ученого Чарльза Белля? Виноват ли он, что издал свое сочинение и таблицы восемью годами прежде г. Пирогова? Сознаемся, что этого мы не видали еще ни в одной литературе и даже не знаем, как это называется».
В заключение увлекшийся Булгарин с головой выдает своего вдохновителя: «Мы убеждены, нравственно, — пишет он, — что г. Сенковский не есть переводчик Чарльза Белля, но к нему прислана готовая статья одним из тех его медицинских сотрудников, которые так несправедливо и с таким ожесточением нападали на анатомию заслуженного профессора и академика И. В. Буяльского, всеми любимого и уважаемого».
Буяльский и его друзья лучше всех знали, что Пирогов ничего не списывал у Белля и что выдержки из сочинения последнего приведены были в статье «Библиотеки для чтения» независимо от анатомии Пирогова и без ссылки на нее. Они знали манеру Сенковского брать для статьи об одной книге материал из другой, знали приемы его ученой публицистики. Но им хотелось вывести Пирогова из терпения. «Черниговцы» добились своего: Николай Иванович не стерпел обвинения в краже. Однако теперь дело приняло не то направление, на которое они рассчитывали. Пирогов обратился к непременному секретарю Академии наук, П. Н. Фуссу, с заявлением, что во всей этой истории задета честь самой Академии, членом-корреспондентом которой он состоит и которая наградила премиями его ученые труды.
Через несколько дней в издававшихся Академией наук «С.-Петербургских ведомостях» появилось письмо академика К. М. Бэра, который заявил, что разбиравшееся Булгариным сочинение Пирогова вполне самостоятельное и основано на собственных его изысканиях.
На ближайшем заседании конференции Медико-хирургической академии Пирогов рассказал, какие меры он принял по поводу обвинения его в плагиате и потребовал передачи дела в суд для выяснения истинных вдохновителей Булгарина. Но судебное расследование дела было вовсе не в интересах вдохновителей Булгарина, на которого нельзя было положиться: могли открыться нежеланные подробности. Буяльский обратился к своим высоким покровителям, они поговорили с Чернышевым, и военный министр сообщил конференции, что считает извинение Булгарина достаточным, а домогательства Пирогова неуместными.