При таких условиях Николай спровоцировал в 1853 году войну с Турцией. Орудием своим в этой провокации он избрал морского министра, князя А. С. Меншикова, придворного балагура и острослова.
В феврале 1853 года князь Меншиков прибыл в Константинополь и потребовал удаления турецкого министра иностранных дел за то, что последний не дал России преимущества в вопросе о «святых местах» в Иерусалиме, куда Турция допускала на равных правах православных и католических паломников. Турецкое правительство уступило. Тогда ему были предъявлены другие русские требования с предписанием хранить их в тайне от западноевропейских дипломатов. Английский посланник в тот же день узнал, что Николай I хочет поставить всю Турцию под свой контроль во всех отношениях.
Англия по соображениям своей торговли этого допустить не могла, и война началась не в тех пределах, в каких ее намечал Николай. Против Россия постепенно образовался единый фронт западноевропейских держав. Англия, Турция, Франция и Италия воевали с Россией открыто; Пруссия и Австрия держались формально в стороне, но оказывали в критические моменты давление на ход войны в пользу коалиции.
В награду за хорошо выполненное поручение царь назначил князя А. С. Меншикова главнокомандующим крымской армии. Столичное общество негодовало по поводу этого назначения. И недаром: салонный остроумец Меншиков оказался на редкость бездарным полководцем.
Дела в Крыму шли плохо. Положение русского солдата было еще хуже. Бил его неприятель, било его начальство; обкрадывали здорового, урезывая скудный паек; грабили больного и раненого, уменьшая ничтожные порции и отпуская фальсифицированные лекарства в недостаточных количествах.
Ни палаток, ни одеял, ни мяса, ни сухарей, ни корпии, ни медикаментов, ни забот о здоровом солдате, ни ухода за больным не было. Солдатам предоставлялось только одно: умирать за отечество.
После одного из больших сражений штабное начальство приказало перевести всех раненых и ампутированных в специально отведенное для них помещение, но приготовить там к приему больных ничего не поспели. Когда перевезли туда раненых, полил сильный дождь, продолжавшийся три дня. Матрацы плавали в грязи, все под ними и около них было насквозь промочено. Оставалось сухим только то место, на котором солдаты лежали не трогаясь, но при малейшем движении им приходилось попадать в лужи. Больные дрожали, стуча зуб-о-зуб от холода; у некоторых показались последовательные кровотечения из ран. Врачи могли оказывать им лечебную помощь не иначе, как стоя на коленях в грязи. Смертность от голода, болезней и ран была огромная, не говоря о многотысячных потерях убитыми.
Между тем, в Медико-хирургической академии все шло по-прежнему. Борьба между «черниговцами» и Пороговым продолжалась с прежним ожесточением. «Черниговцы» понемногу одолевали Николая Ивановича: всякими неправдами им удалась уже устранить его из городских больниц, где он был консультантом, и добиться того, что больничное начальство выразило Пирогову недоверие в вопросе о применении им хлороформа при операциях.
Оставляя должность консультанта, Николай Иванович резко заявил больничному начальству, что оно находится под влиянием невежд, которым дороги не интересы больных, а интересы своего личного благополучия.
«Я убедился уже несколько раз, — писал он, — что вы верите рассказам людей, не понимающих дела, отставших от науки и презирающих все, что только превышает их ограниченные понятия… Вы верите тем, для которых больница есть просто казарма, больной — скучный предмет для переписки бумаг, хлороформ и хирургические инструменты — дорогие вещи для госпитальной экономии. Судите сами, может ли после этого человек со смыслом, с желанием добра и пользы, с любовью к науке быть и оставаться консультантом в больнице, совершенно униженной невежеством главного врача».
Положение Пирогова в академии становилось невыносимым. Надо было уходить из нее. Николай Иванович предложил свои услуга для крымских госпиталей. Военные чиновники предпочли не иметь дела с этим беспокоимым человеком, любящим обличать непорядки.
В это время у великой княгини Елены Павловны возникла мысль использовать женский уход за больными и ранеными в военно-полевых госпиталях, подобно такому же уходу в госпиталях мирного времени. Когда об этом узнали в военно-придворных кругах, старые генералы загоготали: «Придется, видно, пересмотреть штаты полевых госпиталей. Надо будет добавить еще одно отделение — для венерических больных». Один из заправил военного министерства, генерал Н. О. Сухозанет со свойственной ему грубостью старого циника сказал императору: «Боюсь, ваше величество, молодые-то офицеры живо этих сестер обрюхатят». Николай улыбнулся шутке старого воина, но когда Елена Павловна заявила ему, что хочет поручить Пирогову заведывание учреждаемой ею общиной сестер, император не стал упорствовать. В конце октября 1854 года Пирогов получил «высочайшее повеление о командировании его в распоряжение главнокомандующего войсками, в Крыму находящимися, для ближайшего наблюдения за успешным лечением раненых». Это давало Пирогову независимость от госпитального начальства всех рангов. Получил он также разрешение самостоятельно набрать врачей в отряд великой княгини. Сестры милосердия были подчинены ему непосредственно и единолично.