Николай Иванович приехал в Севастополь 12 ноября и немедленно окунулся в работу. «Мне некогда, — писал он жене через два дня, по приезде в Севастополь, — с восьми утра до шести вечера остаюсь в госпитале, где кровь течет реками, слишком 4 000 раненых. Возвращаюсь весь в крови, и в поту, и в нечистоте. Дела столько, что некогда и подумать о семейных письмах. Чу, еще залп».
При первом же свидании с главнокомандующими Меншиковым Пирогов понял, с кем он имеет дело. «Вместо человека, сознающего свою громадную ответственность перед народом, который он вовлек в тяжелую, неподготовленную войну, — писал Николай Иванович жене, — вместо начальника армии, понимающего, что ему надо делать, я увидел площадного шута, не умеющего даже соблюдать внешнее достоинство занимаемого им места».
Пироговских сестер милосердия госпитальное начальство встретило в штыки. Эти господа сразу смекнули, куда поведет затея Пирогова — поручить сестрам присмотр за материальной стороной госпитального хозяйства. Пирогов должен был неустанно жаловаться, требовать и писать. Некоторые его выражения в письменных просьбах показались начальству недостаточно вежливыми. По жалобе начальника госпитальной администрации на то, что Пирогов употребляет «неприличные выражения» и пишет ему «имею честь представить на вид» вместо «имею честь просить», — Николай Иванович получил резкий выговор сперва от главнокомандующего, а позднее от самого государя.
Н.И. Пирогов (1852 г.) С литографии, изображающей Пирогова во время его петербургской профессуры. Фото Л.Я. Леонидова
Институт сестер милосердия оправдал возлагавшиеся на него надежды. «Замечательно, — писал Пирогов для передачи Елене Павловне, — что самые простые и необразованные сестры выделяют себя более всех своим самоотвержением и долготерпением в исполнении своих обязанностей. Они удивительно умеют простыми и трогательными словами у одра страдальцев успокаивать их мучительные томления. Иные помогают раненым на бастионах, под самым огнем неприятельских пушек. Многие из них пали жертвами прилипчивых госпитальных болезней».
В некоторых госпиталях сестры доводили чиновников до самоубийства, вскрывая их мошеннические проделки. «Истинные сестры милосердия, — радовался Пирогов в письме к жене: — Настоящий героический проступок! Застрелили аптекаря — одним мошенником меньше! Я горжусь их действиями».
В Петербурге к делу помощи раненым и больным солдатам пристроились разные великосветские ханжи и лицемерки, старавшиеся придать общине бюрократический и церковно-религиозный характер. Пирогов почувствовал новое веяние в руководящих указаниях из столицы и в целом ряде писем к жене сообщал для передачи великой княгине Елене Павловне, что если вздумают вводить в общине формально-религиозное направление, то получатся не сестры, а женские Тартюфы». Но когда из Петербурга пришло указание, что необходимо считаться с некоторыми лицами, Пирогов написал резкое письмо самой Елене Павловне. Жене он сообщал об этом: «Я высказал великой княгине всю правду. Шутить такими вещами я не намерен. Для виду делать только также не гожусь. Если выбор ее пал на меня, то она должна была знать, с кем имеет дело. Если хотят не быть, а только казаться, то пусть ищут другого, а я не перерожусь».
Тиф свирепствовал в госпиталях. Сам Пирогов, все сестры, все врачи его отряда переболели сыпным тифом, многие из них умерли.
Все они подвергались опасности от неприятельских снарядов во время переездов по городу, при работе в лазаретах, в квартирах, где проживали. Несколько раз возле Николая Ивановича разрывались бомбы. Но эти случаи не имели никакого влияния на его самочувствие и работоспособность. Когда врачи после небольшого ночного отдыха являлись рано утром на перевязочный пункт, то постоянно заставали Пирогова уже за работой. «Как родной отец о детях, — так заботится Николай Иванович о раненых и больных, — писала своим родным сестра милосердия А. М. Крупская. — Пример его человеколюбия и самопожертвования на всех действует. Все одушевляются, видя его. Больные, к которым он прикасается, уже от одного этого как бы чувствуют облегчение». Николай Иванович стал в Севастополе героем легенды. «Солдаты прямо считают Пирогова способным творить чудеса, — писала та же сестра. — Однажды на перевязочный пункт несли на носилках солдата без головы; доктор, стоял в дверях, махал руками и кричал солдатам: «Куда несете? Ведь видите, что он без головы». — «Ничего, ваше благородие, — отвечали солдаты, — голову несут за нами; господин Пирогов как-нибудь привяжет, авось еще пригодится наш брат-солдат!»