Еще хуже вышло в доме самого генерал-губернатора. Уговорил он Пирогова притти к нему на вечер: «княгиня-де желает познакомиться с ученым профессорам и педагогом, хочет спросить у него совета». Пирогов явился в своем сюртуке-халате, в том самом, в котором был у владыки и посещал гимназии; из-под манжет сомнительной чистоты видны рукава красной фуфайки. Вошел в гостиную, поздоровался с княгинею, остальным гостям кивнул головой и уселся в кресло. Княгиня старается вовлечь его в разговор. Пирогов отвечает отрывисто. Видно, что недоволен. Посидел минуту и резко обращается к хозяйке: «Ну, что, княгиня, хотели вы от меня?» — «Я хотела просить у вас совета, как мне воспитывать своего мальчика. Вот вы написали «Вопросы жизни», говорите там о воспитании. Но это для многих. А мне бы хотелось воспитать своего сына так, чтобы он с честью носил имя князей Васильчиковых и чтобы в то же время он шел в уровень с веком». Слушавший княгиню с явным нетерпением Пирогов прервал ее я сказал, что «в деле воспитания, в деле обучения детей и юношества не должно быть привилегий».
После этого Васильчиков прямо написал царю, что либо из Киева уберут Пирогова, либо он сам уйдет в отставку. Мотивируя свое заявление, генерал-губернатор говорил о крамольности педагогических взглядов Пирогова и об его попустительстве революционной пропаганде во всех учебных заведениях округа. Современники киевской деятельности Пирогова удостоверяют в своих воспоминаниях, что он «спасал» провинциальных учителей, заподозренных жандармерией в пропаганде идей Герцена, предупреждая их о предстоящих обысках.
С киевским периодом педагогической деятельности Пирогова связано занимающее видное место в истории русской общественности выступление против него Н. А. Добролюбова. В Одесском округе Николай Иванович отменил телесные наказания учащихся Ввиду вредности этой меры в педагогическом отношении и нецелесообразности ее в отношении административном. Вместо розог он ввел товарищеские суды учащихся. Мера оказалась действительной. Даже военное начальство в некоторых частях после статей Пирогова о сечении детей отказалось от применения розог для солдат.
В Киеве Пирогов также пытался циркулярами и статьями уничтожить телесные наказания, но здесь он встретил сильное противодействие со стороны местных педагогов. Многие из них уже отказались от иллюзий медового месяца русских свобод. К тому же учуяли, что «наверху» Пироговым недовольны. Директора гимназий говорили, что учителя не могут войти в класс, если у них будет отнято такое верное устрашающее средство, как розги. «Не важно даже, чтобы ученик был наказан, важно, чтобы он знал, что может быть наказан».
Николай Иванович забыл, что, принимая должность попечителя, он ставил свои условия и обещал «не перерождаться», забыл, как он заявлял попечителю Медико-хирургической академии, что считает недостойным уступать требованиям большинства, если эти требования идут в разрез с его убеждениями. Неуступчивый и резкий в вопросах науки и личной жизни, Пирогов оказался покладистым в делах общественных и, уступая натиску реакционных чиновников-педагогов, утвердил предлагаемые ими правила о проступках и наказании учеников, в том числе такую меру, как наказание розгами. Правда, самые правила Пирогов отредактировал так, что фактически телесные наказания в школе отменялись: чтобы высечь ребенка, учитель должен был преодолеть столько формальных препятствий, что не только терялся всякий смысл этой меры, но часто не удавалось и применить ее. Однако, признание знаменитым ученым самого принципа телесных наказаний вызвало возмущение в радикальных кругах общества и нападки на Пирогова в печати.