Так отчитался Пирогов перед обществом в связи с полемикой, вызванной его «Правилами». Добролюбов счел излишним снова выступать против Пирогова. В Петербурге было уже известно желание правительства расстаться с знаменитым попечителем, конечно, не по тем причинам, которые вызывали недовольство Добролюбова.
Александр II всегда считал Пирогова человеком вредным во всех отношениях. Затея с воскресными школами, которые поддерживал Пирогов, прямо-таки ужасала царя. Жандармы перехватили письмо революционера Митрофана Муравского, который с группой товарищей преподавал в таких школах. В январе 1861 года Муравский писал из Киева: «У нас все мерзость, кроме Пирогова. Это человек в полном смысле слова». А киевский попечитель, вместо надзора за такими лекторами, предлагал предоставить сыновьям податных классов, в том числе и крестьянам, доступ в университеты.
Император за обедом со своими придворными возмущался этим проектом Пирогова. Один из придворных блюдолизов, Павел Муханов, после этого обеда писал своему брату в Варшаву: «Государь разговаривал о цензуре. Он вовсе не одобряет проект Пирогова о всяческом облегчении доступа в университет, так, чтобы все желающие в него вступить, даже и крестьяне, не подвергались экзамену. Государь оказал, что тогда будет столько же университетов, сколько и кабаков».
Через несколько дней после этого министр просвещения Е. П. Ковалевский просил государя назначить Пирогова товарищем министра, объясняя, что только знаменитый профессор сумеет своим влиянием остановить развивающееся среди студенчества революционное брожение. Царь в ответ на это потребовал немедленного перевода Пирогова из Киева. Ковалевский предложил Пирогову должность члена совета министра, добавив, что надеется вскоре предоставить ему другой руководящий пост.
Пирогов понял, что «наш добрый государь» вовсе не «желает провозглашать в стране царство сути», и решил подать в отставку без перехода в архивный совет министра. 13 марта 1861 года царь с радостью подписал отставку Пирогова. Не желая огорчать своих придворных либеральных друзей, которые так много заботились о нем, Николай Иванович счел нужным объясниться с баронессой Раден. «Зачем я стану упорствовать в моих попытках быть полезным отечеству моею службой? Разве они не убедили меня в том, что во мне не хватает чего-то, чем необходимо обладать, чтобы быть приятным и казаться полезным. Я могу сказать, положа руку на сердце, что, вступив на скользкий путь попечителя округа, я старался всеми силами и со всею, свойственной моей душе энергией, оправдать пред своим отечеством высокое доверие, мне оказанное».
Киевское либеральное общество не знало об этих извинениях Пирогова перед его «высокими доверителями», а если бы знало, не обратило бы на это внимания. Пирогову были устроены грандиозные проводы, описанию которых посвящались отдельные брошюры и статьи в газетах и журналах.
В этих речах и статьях было несколько выпадов против Н. А. Добролюбова. Либералы старались при этом случае показать, что им чужда подчеркиваемая «Современником» реакционная сущность «великой крестьянской реформы». Вместе с тем они пытались представить настоящими врагами народа «журнальных крикунов и мальчишек», мешающих благим намерениям доброго государя и поддерживающих своими дерзкими выступлениями противнике реформ. Добролюбов решил разоблачить либеральных друзей народа и напечатал в восьмой книге «Современника» за 1861 год статью «От дождя да в воду». «Очищая прощальную дорогу знаменитому хирургу и педагогу, — писал Добролюбов, — нашли, что минута триумфального удаления его будет очень удобна для того, чтобы бросить несколько «комков грязи в темного журналиста, осмелившегося когда-то жестоко отозваться об одном из распоряжений г. Пирогова». «Ради самого дела» критик решается «снова поднять старый вопрос».