Пирогов наметил также пути к выработке учения о госпитальной гигиене, развитого впоследствии знаменитым Джоном Листером. В одном письме 1880 года Николай Иванович заявляет, что его взгляд на этот предмет, «основанный на горьком опыте о госпитальных заразах, изолировании, госпитальном карантине и необходимости рассеяния тяжелораненых», высказанный им за 30 лет до того, подтвержденный в «Началах хирургия», «разделяется теперь почти всеми». «Этот взгляд, — пишет Пирогов, — по моему мнению, еще более утвержден, чем ослаблен, введением листеровой повязки в хирургическую практику. Неподвижность поврежденной части самой раны, антисептические средства при лечении раны, тщательная забота о свободном выходе ферментов, ее заражающих, и методичное давление, с возбуждением местной испарины в поврежденной части — вот главные основы, по моему мнению, благотворного действия листеровой повязки, были не раз уже давно испытаны мною в госпитальной практике, и если они не дали таких блестящих результатов, как эта повязка, то причиною тому было несовершенство техники и недостаток в приспособлении удобного материала».
Н.И. Пирогов (1870 г) С фотографии, снятой в Берлине во время поездки Пирогова на театр франко-прусской войны. Фото Л.Я. Леонидова
Новейший историк русской хирургии, профессор В. А. Оппель заявляет, что «несомненно, идеи Пирогова предвосхищали медицинскую, специально хирургическую бактериологию; более того, Пирогов на самом деле стучался в ту дверь, за которой был и простор хирургии; он носился с мыслями о предупреждении инфекционных заболеваний, но не сделал окончательного вывода… Листер вылил в гениально простую формулу мысли о заражении раны, о предупреждении заражения и его лечении, которые частью были и у Пирогова».
Окончательно изгнанный из ведомства просвещения Николай Иванович снова поехал в деревню. Проездом в Подольскую губернию остановился на несколько дней в Одессе, где местное общество устроило в честь его банкет с речами и тостами. Пирогов отвечал на речи ораторов «немногими выразительными словами», закончив их указанием на то, что «для всех деятелей в России в настоящее время особенно нужен здравый смысл». Это дошло до графа Толстого, который, как пишет Николай Иванович в «Дневнике», счел его заявление за личную обиду и мстил ему денежно.
Пирогов сидел в «Вишне», где выращивал розы, возился с персиковыми оранжереями, занимался сельским хозяйством и частной медицинской практикой. Владения свои он увеличил покупкой двух новых имений в черноземной полосе России, сдавая всю землю в аренду. За годы деревенского уединения Николай Иванович два раза выезжал за границу, как представитель российского общества Красного креста: в 1870 г. — на театр франко-прусской войны, в 1877–1878 гг. — на театр русско-турецкой войны. Обе поездки великого хирурга были предприняты для выяснения лучших приемов лечения и распределения раненых и больных воинов. Обе отличались от севастопольской поездки. Это был уже не тот Пирогов, который наводил ужас на госпитальных воров.
А.А. Пирогова. Снимок с фотографии конца 70-х годов XIX столетия, последних лет жизни Пирогова
Один из самых преданных учеников Пирогова, благоговевший перед ним доктор Кадэ, сопровождал своего учителя во время поездки его на театр войны 1877–1878 годов. «Николай Иванович под старость сделался совсем иным, — пишет Кадэ в своих воспоминаниях о Пирогове, — я затрудняюсь определить, когда именно совершился перелом в его характере, но я был очень изумлен разговорами, которые он вел со мною в Кишиневе. С откровенностью, которая всегда и во всем была ему свойственна, Пирогов защищал взгляд, что врач не должен оказывать безвозмездных услуг, что существуют полицейские врачи и врачи для бедных». Перемена произошла в деревне, по возвращении Николая Ивановича из Германии, в значительной степени под влиянием Александры Антоновны Пироговой — женщины расчетливой и чрезвычайно настойчивой.
Во время попечительства Пирогова в Одессе и Киеве двери его квартиры были постоянно открыты для бесплатного приема больных. Беднота Новороссии и юго-западного края постоянно заполняла его врачебный кабинет. За пять лет такой деятельности всероссийская врачебная известность гениального хирурга превратилась в настоящий культ его имени. Из окрестных деревень тянулись в «Вишню» за бесплатным советом. Но теперь положение изменилось. Александра Антоновна хотела оградить покой мужа и старалась ограничить его благотворительность. Жена Пирогова вошла в соглашение с крестьянами своего села, и они за определенную плату помещали у себя тех больных, которых Николай Иванович оперировал.