Приблизившись к Большому Барьерному рифу, «Пандора» очутилась едва ли не в самых опасных в мире водах. К сожалению, Эдвардс так рвался домой, что даже не ложился в дрейф на ночь. Должно быть, потому его и постигло несчастье. 28 августа «Пандора» медленно шла на юг вдоль рифа, моряки высматривали проход. Капитан послал на шлюпке лейтенанта Корнера и через несколько часов он подал знак, что проход найден. Тотчас Корнер получил приказ вернуться на борт, но тут наступил вечер, и, как всегда в тропиках, быстро стемнело. Эдвардс уже потерял одну шлюпку и шхуну и, желая избежать новых потерь, подошел к рифу ближе, чем следовало бы. С «Пандоры» непрерывно подавали световые и звуковые сигналы; лейтенант Корнер отвечал мушкетными выстрелами.
А течение незаметно все ближе увлекало корабль к рифу. Нарастал рев прибоя. Поминутно промеряли глубину, но под килем было больше ста десяти саженей, и моряки полагали, что прямой угрозы нет. В половине восьмого лодка Корнера вынырнула из тьмы под самой кормой «Пандоры»; все обрадовались ее благополучному возвращению. Только успели поднять Корнера, вдруг лотовый крикнул: «Пятьдесят саженей!» Эдвардс велел поднять паруса, но слишком поздно — в следующую секунду «Пандору» со страшной силой бросило на риф, и сразу в пробоины хлынула вода. Ее принялись откачивать и вычерпывать через люки, однако уровень воды все поднимался, и Эдвардс решил даже выпустить трех узников — Коулмена, Нормана и Макинтоша, — чтобы они помогали качать. (Как видно, он отлично знал, что Блай считал этих троих непричастными к мятежу).
Наконец «Пандору» перебросило через риф, и она стала на якорь в небольшой лагуне, где было пятнадцать саженей под килем. Сюда прибой не достигал, по волны уже успели сделать свою разрушительную работу. «Пандора» представляла собой грустное зрелище: сильный крен, руль сорван, ахтерштевень разбит. Эдвардс хотел подвести под дно парус, чтобы преградить доступ воде и осушить трюмы, но из этого ничего не вышло. Оставалось только безостановочно качать и вычерпывать воду, чтобы удержать корабль на плаву до рассвета. Пушки сбросили за борт; при этом одного моряка придавило насмерть. Упавшим рангоутом был убит другой, затем вышла из строя одна помпа. Люди совершенно вымотались, и Эдвардс, чтобы подкрепить их, выдал пива, которое заварили, когда стояли на Номуке. Все с нетерпением ждали утра.
Для заточенных в «ящике Пандоры» эта ночь была еще ужаснее. Когда корабль наскочил на риф, узники попадали друг на друга, и многих ранило цепями. Боясь утонуть, они общими усилиями разорвали цепи, чтобы был хоть какой-то шанс спастись. Капитан Эдвардс тотчас велел снова заковать их. Узники молили о пощаде, просили, чтобы им, как Коулмену, Норману и Макинтошу, разрешили работать на помпах, но Эдвардс и слушать не хотел. И хоть вода прибывала, на пленников опять надели кандалы и предупредили: если они еще раз порвут цепи, их расстреляют или повесят. Одновременно усилили караул у люка.
К половине седьмого утра всем стало ясно, что корабль скоро затонет: трюмы «Пандоры» были наполовину заполнены водой. Мигом погрузили в шлюпки провиант и снаряжение; с палубы покидали в воду предметы, которые могли плавать, чтобы людям было за что держаться.
Вода ворвалась в верхние пушечные портики. Помпы оставили, теперь каждый сам заботился о своем спасении. Эдвардс и его офицеры поднялись на крышу «ящика Пандоры», готовясь покинуть корабль. Под ногами капитана жалобно кричали заключенные, умоляя выпустить их, и только теперь Эдвардс приказал оружейному мастеру снять с них кандалы. Затем капитан и офицеры прыгнули в воду и поплыли прочь от корабля.
Открыли потолочный люк; Маспретт, Скиннер и Бирн первыми вырвались на волю и бросились за борт, но Скиннер в горячке забыл снять цепи, а потому сразу пошел ко дну. Начальник корабельной полиции, который не покидал своего поста, сперва опешил и не сумел помешать побегу Маспретта, Скиннера и Бирна. Опомнившись, он захлопнул люк, чтобы не растерять всех узников. Только задвинул засов, как «Пандора» накренилась еще сильнее, и он упал за борт. В тюрьме началась паника. Люк был заперт снаружи, и некому было его открыть. Помощник оружейного мастера, который тоже оказался заточенным, лихорадочно разбивал кандалы, спеша освободить побольше людей; тем временем вся носовая часть корабля до грот-мачты ушла под воду. Казалось, узникам конец, но тут на крышу «ящика» вскарабкался младший боцман Уильям Мултер. Крикнув заключенным, что он либо спасет их, либо вместе с ними пойдет ко дну, он сорвал крышку люка и швырнул ее в море. И сам прыгнул следом, потому что «Пандора» стремительно погружалась в свою могилу. Узники мигом протиснулись через люк на волю, и только бедняга Хиллбрант, которого не успели расковать, оставался в «ящике», когда корабль скрылся иод волнами. Видимо, заключенные последними покинули «Пандору»: Хейвуд вспоминает, что, когда он оглянулся на судно, только верхушки мачт торчали над водой.