Однако обстановка постепенно начала меняться уже в конце VI — начале V в. И более резкое ее изменение относится приблизительно к 490-450 гг. до н. э. Причем не только на Боспоре Киммерийском, но и во всех областях, заселенных греками в Северном и Северо-Западном Причерноморье. Прежде всего это проявилось в уходе переселенцев с сельских поселений, составлявших основную базу их жизни и экономической самостоятельности. На большинстве этих поселений не выявлено особенно сильных следов разрушений и гибели людей. Тем не менее хоры всех полисов на определенное время опустели. Население сосредоточилось в городах, где началось активное строительство и интенсифицировалась ремесленно-хозяйственная деятельность. Длительный период считалось, что главной причиной этих общих явлений было резкое обострение военно-политической ситуации в регионе. Она якобы была вызвана консолидацией скифских номадов после побед над персами, усилением их этнического самосознания и амбициями скифских вождей, стремившихся к лидерству и прямой эксплуатации греков путем экономического протектората, откупа, сбора дани и дорогих даров для вождей, налогов и т. д.
В последнее время появляется все больше данных о том, что в это время в степи Северного Причерноморья вторглась новая группа кочевых скифов, которые, видимо, были более воинственные, чем пришедшие сюда ранее. Хотя они не обладали еще всеми возможностями, чтобы стереть с лица земли новообразованные города и поселения, молва об их продвижении явно облетела всех греков, если они заблаговременно покинули везде незащищенные места проживания в сельских округах. Во всяком случае, исходя из археологических реалий, вряд ли сейчас можно говорить о каком-либо большом этно-политическом образовании номадов в Северном Причерноморье — Скифском царстве, которое к тому же обладало мощным экономическим и военным потенциалом во второй четверти VI — первой половине V вв. до н. э. «Нельзя забывать, — считает К.К. Марченко, — что в первой половине V в. до н. э. новые группы пришельцев с востока находились еще на стадии завоевания родины. Они лишь сравнительно недавно появились в степном коридоре Северного Причерноморья и в силу этого обстоятельства не могли обладать достаточно длительным опытом культурных контактов с местными колонистами, способными пробудить действительный интерес туземной знати к столь упорядоченному контролю (имеется в виду протекторат) над хозяйством ионийцев».
Тем не менее на Боспоре в первые десятилетия V в. до н. э. начали происходить политические события, которые могли возникнуть только с началом военной угрозы. И поскольку в этом районе не было другого народа, который бы препятствовал мирной жизни греков, кроме номадов, то именно в них она заключалась. Несмотря на то, что скифы еще не обладали мощной военной силой, отдельные набеги на хору городов Боспора и даже сами города находят подтверждение в археологических материалах. Так, уже в первой четверти V в. до н. э. на семи из тринадцати населенных пунктах зафиксированы следы значительных пожаров и разрушений. Следы катастрофы, постигшей Мирмекий в конце первой четверти V в. до н. э., также связываются с нашествием варваров, скорее всего, скифов. По свидетельству Геродота, скифы в зимнее время через Керченский пролив переправлялись в Синдику. Этот переход даже мирно настроенных кочевников не мог не вызвать обеспокоенности у греков. А они, судя по всему, не всегда были настроены миролюбиво. В лучшем варианте необходимо было платить скифам дань.
Карта Боспора Киммерийского в конце VI — первой половине V в. до н. э.: 1 — пункты со следами пожаров и разрушений; 2 — пункты со слоями и строительными остатками конца VI — первой половины V в. до н. э. по Ю.А. Виноградову
Как показывает дальнейшая практика взаимоотношений греков с кочевыми варварами, именно дань и дорогие подарки служили тем ключевым звеном, благодаря которым более-менее мирно сосуществовали здесь разные народы. Скифские вожди прекрасно понимали, что только цветущие греческие города могли принести им наибольшую выгоду. Однако они не всегда держали в повиновении отдельные скифские отряды, которые все-таки время от времени совершали набеги на греческие земли. В таком окружении, при отсутствии хорошо защищенных границ, у боспорских греков не было иного выхода, кроме консолидации и создания военно-оборонительного союза — симмахии. Вообще эллины издавна, во всяком случае с периода Троянской войны, создавали разнообразные, порой временные военные союзы.