Все военные операции и завоевания проводились на Боспоре под руководством его стратегов — сначала Диофанта, а затем Неоптолема. Первый из них после покорения скифов и включения Боспора в состав Понтийского царства, возможно, попал в опалу потому, что херсонеситы все победы и успехи приписали не Митридату, а Диофанту, увенчав его золотым венком и установив его бронзовую статую в святилище верховной богини города Партенос. Неоптолем воевал в основном с азиатскими варварами. Однако и ему вскоре после перехода его брата, тоже стратега, на сторону римлян пришлось уйти с исторической арены.
После включения в Понтийское царство Пантикапей Фанагория и Горгиппия получили права автономии и самоуправления, началась чеканка серебряных монет. Изображение на них головы Митридата Евпатора и его символики показывает, что на самом деле их права были несколько ограничены. Как и в других регионах Понта, на Боспоре проявлялась его филэллинская политика, нашедшая яркое отражение в поощрении экономического роста полисов. «Краеугольным камнем филэллинской политики Митридата в Азии и Греции было сокращение до минимума частных и общественных долгов полисов, освобождение их от налогов на пять лет, поощрение производственной деятельности и торгово-ремесленных слоев, — считает исследователь Понтийского царства С.Ю. Сапрыкин. — Царь провозгласил освобождение рабов, право полисов давать гражданские свободы ксенам и метекам, отмену долгов, перераспределение собственности, в том числе земельной. Хотя большая часть этих мер была направлена против римских порядков, они во многом способствовали подъему экономической жизни полисов, росту их политической самостоятельности. Перечисленные мероприятия коснулись и Северного Причерноморья. Показатель тому — предоставление серебряной чеканки городам, что служит критерием высокого уровня благосостояния».
В недавно найденном постановлении Совета и Народа Фанагории, датируемого 88/87 г. до н. э., указывается о предоставлении гражданских прав наемникам из других стран, всем, кто отслужил достойно срок службы и вел себя дружественно по отношению к городу. Вместе с тем были даны привилегии не платить налоги за пользование местом жительства при расселении и усыновлении, а также освобождение от всех взносов и повинностей кроме призыва на военную службу. Из сообщения Плутарха известно, что в 80-е годы до н. э. «старинными владениями в Понте и на Боспоре вплоть до необитаемых областей за Меотидой» управлял один из сыновей Митридата Евпатора. Поскольку это были его наследственные земли, то ими мог управлять кто-то из старших сыновей. Обычно считается, что это был Митридат Младший.
Сохранилось также интересное свидетельство Аппиана: «Митридат, уйдя в Понт, воевал с колхами и жителями Боспора, отпавшими от него. Колхи просили его дать им царем сына его Митридата и, получив его, тотчас подчинились. Но так как у царя возникло подозрение, что это произошло по плану его сына, желавшего стать царем, то он, призвав его к себе, заключил в золотые оковы и немного спустя казнил, хотя он оказал ему большую помощь в Азии против Фимбрии. Против же жителей Боспора он начал строить большой флот и готовить огромное войско, при этом размах приготовлений сразу создал впечатление, что все это собирается не против боспорцев, но против римлян».
Эти события происходили после неудач Митридата в первой войне с Римом (89-84 гг. до н. э.). Греческие города вынуждены были платить дань, размеры которой постоянно увеличивались. Все это, естественно, пагубно сказывалось на их экономике и положении населения. Разочаровавшись в силе и добродетели Митридата, многие граждане, в том числе и знать, стали помышлять о выходе из состава Понтийского царства. Этот процесс был характерен как для боспорских городов, так и для многих других центров огромной державы Митридата. Однако царь не хотел мириться с их неповиновением. Боспор чересчур много для него значил.
После второй столь же неудачной, но более короткой войны с Римом Митридат Евпатор, вновь подчинив Боспор и Колхиду, послал туда в 81/80 г. до н. э. наместником своего сына Махара. С этого времени политика понтийского царя по отношению к греческим городам стала более жесткой, лишенной филэллинских черт. Чеканка монет прекратилась. В денежном обращении превалировала понтийско-пафлагонская медная монета. Митридат накануне третьей, последней войны с Римом всеми способами пытался укрепить царскую власть.