Пантикапей — единственное в Северном Причерноморье поселение, древнейшее ядро которого находилось на значительном природном возвышении. Отсюда открывался прекрасный вид на окружающие земли и море. Самая удобная в Керченском проливе бухта стала служить его гаванью. В округе находились запасы металлов и питьевой воды.
Гражданский коллектив Пантикапея рано осознал свое главенство в регионе. Возможно, уже с раннего времени его начали называть метрополией всех милетских городов Боспора, что впоследствии отмечал Страбон. Как первая колония, Пантикапей способствовал расселению других партий колонистов, помогал их устройству на новом месте. На собственном примере его гражданская община могла содействовать сплоченности переселенцев в других полисах, без чего вряд ли можно было с полной уверенностью обосноваться вдали от родины.
Дом Коя в позднеархаическом квартале Пантикапея. Реконструкция С Д. Крыжицкого
Археологические раскопки на вершине и террасах акрополя (совр. гора Митридат) в последние годы позволили установить, что и здесь, как и в Нижнем Побужье, во второй четверти VI в. до н. э. первые колонисты устраивали себе временные жилища типа полуземлянок. Однако быстрое расширение хозяйственной деятельности и политической организации полиса содействовали тому, что пантикапейцы начали возводить хотя и небольшие, но каменные дома. Во второй половине VI в. до н. э. здесь наблюдается прогресс в развитии строительства и благоустройства. В последней трети VI в. до н. э. на верхнем плато холма был выделен центральный теменос, на котором сооружались ордерные постройки. На горе Митридат открыты также позднеархаические монументальные общественные сооружения, в том числе и здание редкой планировки — толос, в котором, по всей вероятности, находился пританей. По мнению В.П. Толстикова, на протяжении многих лет ведущего раскопки Пантикапея, на западном плато акрополя был расположен важный общественный центр этого полиса, в котором толос, связанный с деятельностью полисных магистратов, играл важную роль. В позднеархаическое время появляются также сравнительно богатые жилые дома и мощеные улицы. Таким образом Пантикапей раньше, чем другие поселения, превратился в город и, соответственно — полис. Отношения Пантикапея в период колонизации Боспора с другими поселениями мало известны. Но то, что Пантикапей раньше всех начал чеканить серебряную монету, имевшую обращение на территории Боспора, также указывает на его лидерство в Восточном Крыму. С самого начала он как будто был запрограммирован стать столицей большого государства и стремительно двигался к этому положению.
Другие полисы и поселения
Помимо Пантикапея на Боспоре в VI в. до н. э. были основаны и другие поселения. Наиболее значительными являются Нимфей и Феодосия. Примечательно, что некоторые поселения группировались на небольших расстояниях от Пантикапея. Ближе всех находился Мирмекий. Тиритака располагалась на высоком плато у моря в 11 км, а Нимфей в 17 км от него, тоже на плато, близ мыса Карабурун. Позже возникшие Феодосия, Китей и Киммерик были наиболее удаленные от будущей столицы.
Карта Боспорского царства
На Таманском полуострове, среди массы поселений вскоре выделились Фанагория, Гермонасса, Кепы. Лишь в отношении первых двух известно из письменных источников, что основателями Фанагории были теосцы, а Гермонассы — митиленцы или ионийцы. О развитии политических структур и характере превращений этих поселений в полисы в архаическое время можно сказать очень мало. Самыми сильными и известными после Пантикапея были: Феодосия, Нимфей, Фанагория. Дольше всех они сохраняли свою полисную автономию и в экономическом развитии достигли значительных успехов.
Феодосия располагалась на невысоком холме, который носит сейчас название «Красная горка», на южном побережье Крымского полуострова. Она была хорошо защищена от северных и западных ветров горными отрогами. О прекрасной гавани Феодосии неоднократно писали древние авторы. Равнинные плодородные земли в округе города являлись его основной аграрной базой, благодаря которой он достиг большого экономического подъема. Главное место в торговле Нимфея занимала гавань. Это один из немногих боспорских городов, где каменное строительство жилых домов и культовых сооружений уже в VI в. до н. э. достигло большого размаха. По погребальным памятникам и жилищам прослеживается некоторая социальная стратификация и проживание в городе синдской и, возможно, скифской знати.