Самая поздняя посвятительная надпись «Богу всевышнему, внемлющему» ( 306 г.) поставлена не от имени фиаситов, а наместника Феодосии. Таким образом, в лице своего наместника наиболее проэллинский боспорский город, сохраняющий полисно-культурные традиции, выразил свою приверженность этому божеству постройкой молельни. Надпись была найдена в Пантикапее. Поэтому можно предположить, что молельня была построена на средства приверженцев Бога Всевышнего в столице Боспора.
Перстень с христианскими символами из некрополя у дер. Ново-Отрадное по Т.М. Арсеньевой
Христианские символы в росписи склепа Китея по В.Ф. Гайдукевичу
Тесная связь Боспора с Малой Азией, откуда распространялись новые религиозные течения, способствовали и проникновению христианства. Редкие памятники с христианской символикой указывают, что население продолжало почитать в основном свои старые божества. Но сложное экономическое положение Боспора во второй половине III в. и бедственное положение основной массы боспорцев способствовало постепенной христианизации. Ко второй половине — концу III в. относится перстень с сердоликовой вставкой, на котором был вырезан крест удлиненной формы и две рыбы, а также христианские символы в росписи склепов Китея. Началом IV в. датируется первое христианское надгробие с эпитафией Евтропия, стела Трифона, на которой был вырезан крест, и христианский амулет с побережья Азовского моря, а также ряд других материалов. В Пантикапее, Китее, Илурате открыты небольшие христианские кладбища, где над могилами ставились скромные известняковые плиты с крестами. В первой четверти IV в. на Боспоре уже существовала епархия, во главе которой стоял епископ Кадм, который поставил свою подпись под документами I Вселенского (Никейского) собора 325 г.
Изображение креста и надпись на стене склепа 1890 г. в Пантикапее по Ю.Л. Куликовскому
Но несмотря на это, христианские культовые сооружения этого времени на Боспоре пока неизвестны. Хотя не исключено, что в качестве раннехристианского культового комплекса была использована погребальная камера Царского кургана IV в. до н. э., на стенах которой были вырезаны кресты, которые по форме могут быть отнесены именно к IV в. Все это говорит о том, что уже в IV в. христианство начало распространяться среди населения Боспора, но еще не стало господствующей религией вплоть до VI в. Тем не менее языческие верования еще долго будоражили умы христиан. Особенно на периферии античного мира они стали составной частью календарных праздников и погребального обряда.
На протяжении всей античной эпохи на Боспоре, как и в других районах, помимо государственных институтов, общинная организация и различные сообщества, объединявшие людей не только по профессиональному, но и религиозному признаку, играли чрезвычайно важную роль в общественной и частной жизни. Именно в это время в самоуправлении отдельных общин и территориально-хозяйственных районов выросла роль представителей христианской церкви, объединявших вокруг себя самые широкие слои населения. Не исключено, что в период значительного ослабления центральной власти именно объединение вокруг христианской церкви какой-то части населения способствовало сохранению Боспора как единого политического целого и его ориентации на Византию.
Во второй четверти VI в. власть на Боспоре вновь захватили гунны. Но император Юстиниан послал на Боспор византийские войска, состоявшие из наемников-готов, с помощью которых гунны были разбиты и власть Византии здесь была восстановлена. В период правления Юстиниана были укреплены оборонительные сооружения Боспора. Со строительной деятельностью византийской администрации связано сооружение базилики в Тиритаке, а также каких-то общественных зданий в Пантикапее и Гермонассе. С периода правления Юстиниана и вплоть до тюркского разгрома 576 г. Боспор находился в составе Византии, о чем свидетельствует наличие на Таманском полуострове крепости у с. Ильич, гарнизон которой являлся федератами империи. Однако и тюркское нашествие 576 г. не привело к окончательной гибели Боспора. События, происшедшие позднее, свидетельствуют, что после распада Тюркского каганата Византия снова распространила свое влияние на Боспор. Причем, судя по надписи 590 г., он был подчинен должностным лицам византийской администрации, местопребывание которых находилось в Херсоне (античный Херсонес). Только после образования в VII в. Великой Болгарии и появления в конце VII — начале VIII вв. хазар заканчивается раннесредневековая история Боспора и начинается период классического средневековья.