29 березня вапнярський ревком наказав українським військам в односторонньому порядку припинити бойові дії. Але червоні не збиралися марнувати час на переговори. 29 березня B. Антонов-Овсієнко телеграфував командирові 2-ї Української радянської дивізії Ленговському: «Вам доручається довести вапнярську історію до кінця. Усі повинні скласти зброю, тим, хто здасться, гарантується життя... Увійдіть у зв’язок із вапнярським ревкомом і зажадайте їх представника для вироблення технічних умов здачі». Дещо випереджаючи події, командир групи радянських військ київського напрямку C. Мацилецький повідомляв В. Антонову-Овсієнку: «На вапнярському напрямку противника знищено». Останній у спогадах так підсумував стратегічне становище: «30 березня прийшло нарешті повідомлення про ліквідацію вапнярської групи противника... Потрібна була чимала витримка, щоб, незважаючи на пряму загрозу Києву й на більш ніж серйозне становище під Бердичевом, довести цю операцію до кінця й змусити до здачі в полон притиснуті до Дністра частини Південно-Східного петлюрівського фронту».
Катастрофічне становище військ південного угрупування УНР справді загрожувало їм цілковитим оточенням та знищенням. За спогадами учасника тих подій, війська в районі Балти — Бірзули — Роздільної опинилися «без тилу, без коштів, фуражу та їжі і без всякого зв’язку зі своїм урядом, при повній деморалізації й стомленості голих і босих військових частин». У хаосі відступу непоміченою пройшла ліквідація ревкому Південно-західної області УНР: після залишення Вапнярки більшість його членів фактично просто розбіглася.
Отаман О. Волох пропонував пробиватися на зайняті більшовиками території України, щоб підняти там повстання проти окупантів. Оскільки на частини Запорізького корпусу він уже практично жодного впливу не мав, О. Волох спробував реалізувати свій намір за допомогою командира військового формування під назвою «Запорізька Січ» — отамана Ю. Божка, відомого своєю схильністю до невиконання наказів командування. Ю. Божко у цей час займав Бірзулу, де вливав до складу «Запорізької Січі» всі військові частини, що опинялися поблизу. У лавах «Січі» культивувався особливий тип псевдоісторичної козацької дисципліни, за допомогою якої її командир прагнув відродити у війську традиції Гетьманщини XVII—XVIII ст. Ідея прориву крізь більшовицький фронт знайшла підтримку в Ю. Божка, який мріяв дістатися на Запоріжжя й за прикладом гетьмана Б. Хмельницького очолити звідти національно-визвольну боротьбу.
Проте від цього плану довелося відмовитися, коли спроба «Запорізької Січі» контратакувати більшовиків у районі Бірзули зазнала невдачі. Незважаючи на поразку, Ю. Божко оголосив себе командувачем Південно-східної української армії. Він відправив до Румунії делегацію для переговорів про пропуск українських військ через Бессарабію до Галичини для з’єднання з основними силами Армії УНР. Однак уже наступного дня запорізькі командири відновили В. Змієнка на посаді командувача Південно-східної групи. О. Волоха було усунено з усіх командних посад і залишено на свободі лише під зобов’язання не втручатися у військові й політичні справи.
Переважна більшість запорізьких воєначальників підтримала ідею про відступ до Румунії, оскільки боєздатних сил для прориву до Центральної України Південна група Армії УНР фактично не мала. 6 квітня надійшла звістка про захоплення Одеси червоними військами отамана Н. Григор’єва. Переслідуючи польські й білогвардійські частини, які відступали до Бессарабії, григор’євці захопили станцію Роздільна. Водночас червона партизанська бригада Ткаченка захопила Балту й повела наступ на Бірзулу. 13 квітня червоні повстанці змусили запорожців відступити до Тирасполя, куди переїхали штаб Запорізького корпусу та ешелони з військовим майном.
Румунська сторона, побоюючись, що вступ військ УНР до Бессарабії спричинить заворушення серед місцевого українського населення, погоджувалася пропустити до Галичини тільки ешелони з військовим і господарським майном. Лише 16 квітня, коли всі війська південного угрупування Армії УНР скупчилися на лінії Тирасполь — Бендери, румунська влада дозволила евакуюватися до Бессарабії й військовим частинам. Відступ відбувався в умовах безперервного бою з більшовиками. Упродовж 17 квітня запорожці тричі намагалися контратакувати, але зазнали невдачі. Близько 20 ешелонів із господарським майном і муштровими частинами ще залишалися на лівому березі Дністра, коли 17 квітня румуни закінчили переправу й розібрали колію перед залізничним мостом. За домовленістю з румунським командуванням війська УНР негайно після відступу до Бессарабії були роззброєні. Румунський уряд зобов’язався доправити українців до Галичини, де мав повернути їм зброю.
На початку квітня 1919 р. знекровлені у важких боях з’єднання Залізничного корпусу й Північної групи Армії УНР також були змушені відступати. Під Мозирем на бік військ УНР перейшла Тульська бригада 8-ї радянської дивізії, що повстала проти більшовиків. Штаб бригади звернувся до червоноармійців із закликом приєднуватися до українських військ: «Не наша провина в тому, що ми стоїмо проти вас з рушницями в руках, винні в цьому „народні комісари“ — самозванці, які воюють із цілим світом для того, щоб ловити рибку в каламутній воді громадянської війни й анархії. Прокляття їм...»
Але навіть поява такого несподіваного союзника вже не могла зарадити катастрофічному становищу Армії УНР на Правобережжі. 8 квітня радянські війська здобули Коростень. Аби відірватися від ворога, корпус Січових стрільців відступив до річки Случ. Та щойно червоні відновили наступ, січовики відійшли до річки Хомора. Є. Коновалець сподівався втриматися на нових позиціях, але за першого ж натиску ворога 3-й Січовий полк відступив до Шепетівки. Оскільки корпус тимчасово втратив здатність до наступальних дій, А. Мельник 10 квітня доручив січовикам обороняти станцію Шепетівка.
Унаслідок поразок і відсутності підтримки з боку населення боєздатність Армії УНР невпинно знижувалася. Голова УСДРП І. Мазепа так описав розмову з А. Мельником про військові справи: «Далі от. Мельник казав, що наше становище на фронті просто трагічне. Большевики кинули проти нас на Волинському фронті свої найкращі частини місцевого формування. Наприклад, Таращанську дивізію, що складається переважно з українців. Це деморалізуюче впливає на наших вояків. Багато з них просто втікає з фронту. Фактично йде боротьба всередині самого українського народу. Воюють ліві українці проти тих, які по цей бік фронту... Козаки не хотять битися проти своїх братів-українців. Виходить так, начебто ми тут провадимо боротьбу не за українську справу, а за уряд Директорії, який втратив популярність у народних масах».
11 квітня новим наказним отаманом став генерал О. Осецький, який водночас залишився командувачем Хомської групи Армії УНР. Вважали, що О. Осецький на новій посаді не приймав самостійних рішень і виконував указівки С. Петлюри. Утім, на нараді представників військового командування УНР наказний отаман виступив за укладення перемир’я з більшовиками й продовження війни з Польщею. Однак після обміну думками було вирішено й далі продовжувати війну на два фронти.
12 квітня червоні захопили Житомир. Радянські війська вже розгорнули наступ на Шепетівку, коли 18 квітня у сформованому з українських селян 14-му Миргородському радянському полку спалахнуло антикомуністичне повстання. 16 командирів і близько 250 вояків полку перейшли на бік Січових стрільців. Повстання миргородців деморалізувало інші радянські частини, які діяли на шепетівському напрямку. Контратакувавши червоних, січовики дещо вповільнили ворожий наступ. Але в жорстоких і затяжних боях 1—3 травня радянським військам удалося завдати поразки Січовим стрільцям і захопити Шепетівку. «Корпус СС у боях за Бердичів і Шепетівку зазнав дуже великих втрат, був сильно перевтомлений і до активних акцій міг бути готовий тільки після відпочинку», — згадував начальник штабу Січового корпусу М. Безручко.