Згідно з Тимчасовим положенням про міліцію, яке 14 березня затвердив Тимчасовий уряд, міліція мала бути виконавчим органом державної влади на місцях, який безпосередньо перебував у віданні земських та міських громадських управлінь. Тобто склад, чисельність і посадові оклади працівників міліції тепер визначали повітові земські збори та міські думи. Посади начальників міліції та їхніх помічників заміщували за вибором земських та міських управ. Таким чином, контроль над земством для Звенигородських отаманів ВК був легальним способом обійняти державні посади. Враховуючи принцип виборності козацької старшини, можливість контролю над нею з боку центральної влади була мінімальною. Восени 1917 р. повідомлення про різноманітні самоуправні дії загонів ВК надходили й з інших повітів. При цьому загальноселянські та вільнокозачі зібрання постійно декларували підтримку УЦР та її Генеральному Секретаріату, а також прихильність ідеї відмови від регулярної армії на користь «всезагального озброєння».
Неоднозначність оцінок діяльності ВК проявилась у гострих дискусіях, які розгорілися під час обговорення декларації ГС від 29 вересня 1917 р. на засіданні Малої ради, а також на з’їзді губернських та повітових комісарів Київщини, Чернігівщини, Полтавщини, Волині та Поділля 3—5 жовтня. Погляди учасників з’їзду щодо ВК розділилися «по Дніпру». Комісари лівобережних губерній, які менше потерпали від грабежів та безвладдя, одностайно заперечували необхідність існування ВК. У відповідь державні діячі Правобережжя наводили приклади корисної діяльності ВК з охорони громадського порядку. Зрештою незначною більшістю голосів з’їзд висловився проти організації ВК. Причиною була «некультурність, неорганізованість та нахил широких мас іти за всякою демагогічною (брехливою) агітацією».
Отже, українських лідерів у ВК лякало намагання окремих отаманів надати руху своєрідного військово-адміністративного спрямування, що фактично було шляхом до ще більшого ослаблення влади та автономізації суспільства аж до повного безвладдя, анархії та хаосу. Провідником цієї ідеї був штаб Звенигородського коша. Ідеї Звенигородських отаманів підтримував І. Полтавець-Остряниця, який із червня працював в інструкторському відділі УГВК.
З ініціативи звенигородців та за активної участі І. Полтавця З—6 жовтня 1917 р. у Чигирині зібрався 1-й Всеукраїнський з’їзд ВК. На нього прибуло понад 200 делегатів від 60 000 вільних козаків українських губерній та Кубані. Представництво не було рівномірним. Найменше учасників було з Поділля та Волині. До того ж, окрім Черкаського повіту, невідомо було, хто й де обирав «делегатів». Очевидно, значна їх частина прибула на з’їзд, не маючи представницького мандата, за власним бажанням.
Загалом з’їзд продемонстрував лояльність до Тимчасового уряду та УЦР, хоча й відзначив певну нерішучість останньої у розв’язанні давно назрілих проблем. «Постанови» з’їзду містили заклики до негайного проголошення й реалізації широкої національно-територіальної автономії України, з’ясування аграрного питання, українізації армії, освіти, виведення російських військ з українських губерній. У зв’язку з нагальною потребою охорони громадського порядку було вирішено «домагатись від Тимчасового уряду, аби все Вільне козацтво, як організоване, так і те, що організується, <...> було негайно озброєно як огнестрільною, так і холодною зброєю».
Важливим завданням з’їзду було виправлення й доопрацювання проекту статуту УГВК, який дістав тут назву «Інструкції до формування Вільного козацтва на Україні». Принципова відмінність між «Інструкцією» та «Статутом», який 13 листопада таки затвердив Генеральний Секретаріат, була одна — згідно з «Інструкцією», ВК мало підпорядковуватися новоутвореній Генеральній козацькій раді (ГКР), яка б, своєю чергою, безпосередньо підпорядковувалась УЦР і без впливу та контролю виконавчої влади вирішувала всі організаційні питання ВК. Закликаючи переобрати всю адміністративну владу в Україні на демократичних засадах, вільнокозачі отамани чітко визначали своє місце в її структурі: «Виконавчим же органом адміністративної влади повинна бути народня міліція, яку й уявляє з себе Вільне козацтво». Прерогативою ВК був захист місцевого порядку та спокою, а протистояти зовнішній загрозі мали українізовані полки регулярної армії. Інакше кажучи, ВК за задумом групи І. Полтавця мало не стати помічником правоохоронців, а замінити їх, тобто виступало «конкурентом» місцевої міліції. У «Статуті» ж Генерального Секретаріату вільнокозачі товариства ставили під жорсткий подвійний (!) контроль як місцевої влади, так і Генерального секретарства внутрішніх справ.
На з’їзді було обрано 11 членів ГКР. Наказним отаманом заочно (не був присутній на з’їзді й не мав на той час жодного відношення до ВК) обрали генерала П. Скоропадського. Першим генеральним осавулом став І. Полтавець-Остряниця. Дізнавшись про обрання, П. Скоропадський одразу ж передовірив керівництво ГКР І. Полтавцю й був лише номінальним керівником. Тільки в січні — лютому 1918 р. П. Скоропадський, за його власним свідченням, намагався організувати боєздатні загони для боротьби з військами Раднаркому, але абсолютно невдало.
Боротьба за керівництво над популярним і численним, але слабко організованим і суперечливим у своїй діяльності Вільним козацтвом внесла новий елемент дезорганізації та дезорієнтації. Проте в листопаді — грудні українські керівники ще покладали великі сподівання на Вільне козацтво. І хоча місцеві представники влади УНР застерігали, щоб створення загонів ВК «не призвело до ще більшої анархії», але, не маючи альтернативи, усе ж сподівалися скористатися розпропагованим серед населення способом самооборони.
У листопаді — грудні 1917 р. ні ГС, ні ГКР не змогли сформувати з дуже чисельних (загальна чисельність ВК у грудні була у 1,5—2 рази більшою порівняно з жовтнем), але розпорошених по селах загонів ВК ні сил для наведення порядку на місцях, ні збройних загонів, які б захистили українську владу від більшовицьких військ. ГКР, яка осіла в Білій Церкві, не змогла захистити навіть себе й у січні 1918 р. була розігнана більшовизованим армійським підрозділом.
Вирішальною причиною невдач як сподвижників І. Полтавця, так і Генерального Секретаріату була вузькорегіональна обмеженість прагнень та видів діяльності, що домінували у ВК. З часом ця тенденція посилювалася. Головні принципи організації ВК — територіальність та виборність керівного складу — забезпечували стабільні позиції місцевого «автономізму» отаманів. Територіальна обмеженість дій або й бездіяльність отаманів була складовою процесу самоізоляції та «автономізації» українських сіл.
Між тим, генерал П. Скоропадський стверджував, що ще в грудні 1917 р. зрозумів шкідливість виборного керівництва у воєнізованих підрозділах. Однак його спроби скористатися можливостями ВК, зокрема поповнити вільними козаками 1-й Український корпус, замінити виборних отаманів призначуваними офіцерами, організувати Звенигородське ВК проти більшовиків під власним керівництвом були невдалі. Запізнілою й неуспішною була й спроба М. Порша створити для внутрішньої охорони повітів на платній основі реєстрове ВК на чолі з призначуваними керівниками. Обираючи між призначуваними владою керівниками загонів та виборними отаманами, діяльність яких набувала в очах селян абсолютної легітимації на підставі рішень сільських сходок, селянство-козацтво віддавало перевагу останнім.
Не варто забувати й про настрої селянства, яке через призму власного розуміння понять «право», «закон», «справедливість» особливо схвально сприймало більшовицький заклик «Грабувати награбоване!». Обрані на сільському зібранні або й самопроголошені селяни-козаки (до того ж переважно молоді) навряд чи могли висловлювати точку зору, відмінну від «загальнонародної» позиції сільського натовпу. Тому сільські загони ВК часто були нездатні протистояти погромам, які чинили їхні односельці. І це в тому випадку, якщо вони намагалися зупиняти погроми, а не самі брали в цьому участь. Тобто існували органічні вади ВК, які визначали його слабкість, аморфність, нездатність піднятися вище від рівня самооборони села від чужинців.