Тим не менше частина загонів ВК усе ж проявила себе в боротьбі з більшовицькою агресією. У грудні — січні 1917— 1918 рр. участь ВК у боротьбі з більшовицькими загонами зафіксована в Харкові, Бахмачі, Конотопі, Золотоноші, Кременчуці, Одесі, Рівному, у районі Полтави, Бірзули, Чернігова, Глухова, Сміли, Черкас тощо. Щоправда, бойові дії в переважній більшості випадків мали стихійний характер, а вільні козаки врешті-решт змушені були поступатися більш боєздатним супротивникам. Так, важливу роль у боротьбі за Катеринослав відіграли загони Катеринославського робітничого куреня отамана Горобця (Г. Воробйова), а в захисті Києва — Київське робітниче вільне козацтво під проводом М. Ковенка. Сільські загони вели переважно локальну партизанську боротьбу. Приміром, на Катеринославщині руйнували залізничні колії загони Ф. Сторубля та Чорнобая.
З початком контрнаступу українських і союзницьких військ активізувало антибільшовицьку боротьбу ВК Правобережжя. У Єлисаветградському повіті на Херсонщині опір більшовикам чинило ВК Глодоської, Марківської, Добровеличківської та кількох сусідніх волостей; у Гайсинському повіті (Подільська губернія) діяли загони отамана П. Саморухи; у Бердичівському повіті на Київщині — загони отамана І. Ткаченка, на Черкащині — підрозділи Я. Водяного. Напередодні визволення Києва об’єднаний загін вільних козаків містечка Стеблів та села Комарівка (Канівський повіт) організував охорону відрізку залізниці Корсунь — Біла Церква, намагаючись не допустити вивезення награбованого майна більшовицькими загонами, які відступали.
На початку лютого І. Горемика-Крупчинський на власні кошти сформував із вільних козаків Васильківського повіту кілька куренів, об’єднавши їх у Васильківський кіш Вільного козацтва. Під його керівництвом кіш брав участь у боях у районі Фастова, Василькова, Білої Церкви. 1 березня 1918 р. загони отамана І. Горемики-Крупчинського першими ввійшли до Києва, випередивши на кілька годин передові німецькі загони.
У лютому активізували свою діяльність і загони Звенигородського коша під керівництвом нового отамана — Ю. Тютюнника. Звенигородці займалися роззброєнням фронтових військових підрозділів, що рухалися на схід. Окрім того, Звенигородський кіш установив контакти із загонами сусідніх повітів південної Київщини та північної Херсонщини. Результатом стало проведення спільної бойової операції черкаського, Звенигородського, єлисаветградського та золотоніського козацтва проти радянських військ поблизу станції Бобринської. За твердженням Ю. Тютюнника, загальна чисельність ВК, що брало участь у кількаденних кровопролитних боях, перевищувала 8000, із яких 4620 бійців були звенигородцями. У березні — квітні окремі загони ВК йшли в авангарді антирадянського наступу, прагнучи першими увійти у звільнені міста й села. Так, загін отамана Горобця брав участь у звільненні Олександрії, Куколівки, Жовтих Вод, П’ятихатки, Верховцева, Катеринослава та інших міст і сіл Катеринославщини. Після переходу німецьких військ на Лівобережжя їхній наступ, хоча й слабкіше, і тут був підтриманий окремими загонами ВК.
На думку Л. Гарчевої, загальна чисельність ВК, яке в перші тижні українсько-німецького контрнаступу воювало на боці УЦР, була не меншою за 30 000 осіб. Водночас варто звернути увагу на інше: ВК помітно активізувалося саме після звісток про те, що на Україну йде потужна військова сила, справжня добре організована й дисциплінована армія. Саме німці та австрійці, а не більшовицькі загони занепокоїли селян. Учорашні вороги раптом стали союзниками й чи не єдині в той час могли встановити порядок на селі й відновити вплив державної влади, на яку вже звикли не зважати. Як розвиватимуться далі відносини із союзниками, було незрозуміло, але продемонструвати «першість» у звільненні міст та цілих повітів було незайвим.
Водночас, як свідчать історичні джерела, восени — взимку 1917—1918 рр. ВК саме спричиняло чимало конфліктів через самочинне захоплення влади на місцях, відмову виконувати накази повітових комісарів та рішення земських управ, самоуправство, перевищення повноважень, самосуди, участь в антисемітських акціях. Усе це дезорганізувало суспільне життя й посилювало анархію. Здавалося б, це дисонує з уже згадуваною підтримкою УЦР, про яку постійно писали у своїх ухвалах і листах до УГВК товариства Вільного козацтва. Переконливе пояснення цьому дав В. Лозовий: у ході революції на селі почав формуватися новий тип політичної культури — «своєрідний симбіоз модерно-політичних та архаїчно-політичних цінностей... З одного боку, селяни бажали, щоб держава втілила земельну реформу у формі соціалізації, а з другого, — намагалися позбутися її впливу — не сплачувати податки, не виконувати повинностей, не допускати на село правоохоронні структури. Відтак на своїх з’їздах селяни підтримували ідею створення автономної, а пізніше й самостійної України у формі Української Народної Республіки, з якою пов’язувалася реалізація аграрних перетворень, а на низовому рівні — ігнорували державні інституції та їхні розпорядження» (виділення наше — В. Я.).
Саме «симбіоз цінностей», який підмітив В. Лозовий: мінливість, невиразність та суперечливість політичних орієнтацій, локальність дій, слабкий рівень організації, міжусобні війни отаманів, люта ненависть і середньовічна жорстокість у ставленні до тих, хто уособлював владу й «нетрудові» верстви (бюрократія, буржуазія, євреї, інтелігенція (!)) — є ключем до розуміння суперечливих тенденцій усього селянсько-повстанського руху 1917—1921 рр. ВК стало «зародком» масового повстанського руху, але не лише як більш-менш злагоджені воєнізовані підрозділи з певним бойовим та «правоохоронним» досвідом, а й як «прообраз» отаманських формувань, у діяльності яких наведені суперечливі тенденції відобразилися найбільш повно.
5 квітня 1918 р. з’явився наказ міністра військових справ УНР О. Жуковського під своєрідною назвою «Про висловлення подяки Вільному козацтву». Після визнання заслуг ВК у захисті української державності в наказі було констатовано, що козаки мають «перейти до своєї звичайної праці», тобто м’яко й завуальовано оголошено розпуск анархо-демократичних воєнізованих загонів. «М’якість» полягала ще й у тому, що, згідно зі «словесним наказом» міністра, вільні козаки могли далі існувати як «культурна сила», а також мали можливість потрапити до повітових охоронних сотень, які б утримувалися місцевим самоврядуванням і підпорядковувалися призначуваним (!) повітовим комендантам.
Період існування гетьманської влади став часом перманентних селянських проявів непокори та збройних повстань. У травні 1918 р. одними з перших почали збройну боротьбу селяни Лубенського та Золотоніського повітів Полтавщини. Одночасно масові виступи охопили Єлисаветградський повіт Херсонської губернії. Збройний опір почали чинити селяни Волині, Київщини, Катеринославщини.
Найбільш масовим і тривалим стало Звенигородсько-таращанське повстання. Воно почалося 3 червня в селі Орли Лисянської волості Звенигородщини й за кілька днів поширилося на інші села повіту. Об’єднані загони взяли в облогу Звенигородку й змусили капітулювати місцевий німецький гарнізон, але незабаром залишили місто й повернулися до Лисянки. У Таращанському повіті першими повстали мешканці сіл Янушів та Стрижівка. Їх підтримали 14 інших сіл. 12 червня повстанці захопили Таращу, а невдовзі контролювали весь повіт. Протягом двох місяців (червня — липня) німецькі та гетьманські підрозділи не могли придушити повстання, у якому загалом брало участь 30 000 повстанців. Небезпека оточення змусила частину заколотників на початку серпня переправитися на лівий берег Дніпра й пройти з боями Полтавщину та Харківщину. Залишки повстанських загонів потрапили в «нейтральну зону» з РСФРР. Їх частина потім воювала на боці Червоної армії. У липні — серпні масові повстання, які супроводжувалися жорстокими боями й не менш жорстокими розправами, спалахували на Чернігівщині, Волині, Поділлі.