Утім, уже в березні 1919 р. настрої повстанців, як і всього селянства, різко змінилися: отамани перейшли до боротьби з комуністичним режимом. На початку квітня отаман Зелений, а потім отамани Соколовський, Батрак (Гончар) та Орловський були оголошені поза законом. Найактивніше повстанські загони діяли в Київській, Полтавській та Чернігівській губерніях, де їх були десятки. На початку квітня були створені Всеукраїнський революційний комітет та Головний повстанський штаб. Останній очолив член УСДРП (незалежних) Ю. Мазуренко. У своїх наказах та відозвах Всеукраїнський ревком закликав селян і робітників не підтримувати «окупантів та спекулянтів на комунізмі», боротися з урядом X. Раковського, будувати незалежну Українську соціалістичну республіку. Окрім того, в одному з наказів звучав заклик і до боротьби з агентами «зрадницької Директорії, яка веде переговори з французькими й іншими імперіалістами».
10 квітня Зелений спільно з отаманами І. Струком та Батраком (Гончаром) почав наступ на Київ. Повстанці увійшли в місто, але того ж дня змушені були відступити. Наприкінці квітня загони Зеленого контролювали територію в районі Ржищева — Трипілля — Обухова — Германівки — Кагарлика. На півночі Київщини діяли загони І. Струка, між Васильковом і Фастовом — Гончара. Окрім того, на Київщині з’явилися формування Волинця, Клименка, Шляхового. У Полтавській губернії повстанську активність виявили загони Ангела, Ковтуна, Вернигори, Близнюка, Гуленка та інших. До літа майже вся територія УСРР була охоплена повстанським рухом. Пізніше більшовицькі керівники визнавали, що в 1919 р. Їхня влада не поширювалася на сільську місцевість.
Зорієнтуватися в розмаху повстанського руху дозволяють дані X. Раковського. За статистикою, яка була опублікована в брошурі X. Раковського «Борьба за освобождение деревни» (Харків, 1920), у квітні відбулося загалом 93 «контрреволюційні» виступи, зокрема 34 — у Київській губернії, 19 — у Чернігівській, 17 — у Полтавській, 8 — у Херсонській, 7 — у Харківській, по 4 в Подільській та Катеринославській; а в першій половині травня було зафіксовано загалом 28 виступів: у Київській губернії — 13, у Катеринославській — 5, у Подільській — 4, у Чернігівській — 3, у Полтавській — 2, у Херсонській — 1. Отже, головним «вогнищем» повстань знову стала Київщина.
Найбільш масштабним виступом травня 1919 р. було повстання, яке підняв Н. Григор’єв. Перейшовши 2 лютого на бік радянської влади, він на чолі 1-ї Задніпровської бригади воював на Півдні України. У період із лютого до середини квітня підрозділи Н. Григор’єва взяли під контроль Знам’янку, Єлисаветград, Херсон, Миколаїв, Одесу та інші міста. 7 травня отаман отримав ультимативний наказ іти маршем у Бесарабію, але відмовився його виконувати. 8 травня начальник штабу Н. Григор’єва Ю. Тютюнник у Єлисаветграді оприлюднив «Універсал», у якому звучав заклик до боротьби проти комуни, надзвичайки й «комісарів з московської обжорки й тої землі, де розп’яли Христа». «Універсал» закликав селян та робітників мобілізуватися й організовувати народну владу шляхом виборів до сільських, повітових та губерніальних рад: «Всеукраїнський з’їзд рад дасть нам уряд, якому ми підляжемо й свято виконаємо волю його». 80 % місць у радах мали займати українці, 5 % — євреї, 15 % — інші національності.
На початок повстання Н. Григор’єв мав близько 15 000 піхотинців, 1000 кавалерії, 50 гармат і 6 бронепоїздів. На хвилі селянського невдоволення більшовицьким режимом він порівняно легко захопив велику територію з містами Олександрія, Кременчук, Бобринська, Черкаси, Золотоноша, Катеринослав, Єлисаветград, Херсон, Миколаїв та ін. Але об’єднати навколо себе антибільшовицькі сили Н. Григор’єву не вдалося. Зелений, який воював на Київщині, не підтримав його, а Н. Махно публічно засудив заколот. Українські ліві партії лякала не лише задекларована в «універсалі» дискримінація національних меншин, а й реальна «практика» григор’євщини. На захоплених територіях повстанці знищували більшовицькі органи влади та чекістів, мародерствували. У період григор’євського повстання піднялася нова хвиля єврейських погромів. За підрахунками В. Горака, григор’євські погроми охопили 74 населені пункти, де загинуло не менш ніж 8000 євреїв. Радянська влада зосередила значні сили для придушення повстання. Наприкінці травня війська під керівництвом К. Ворошилова та О. Пархоменка розгромили основні сили григор’євців. Сам Н. Григор’єв із залишками загонів відступив на Херсонщину, а 27 липня отамана та більшість членів його штабу вбили махновці.
Григор’євський виступ потужно активізував повстанський рух улітку 1919 р. За даними НКВС УСРР, у перших двох декадах липня 1919 р. відбулося загалом 207 «контрреволюційних» виступів, зокрема 111 — у Київській губернії, 37 — у Полтавській, 20 — у Волинській, 14 — у Херсонській, по 12 у Чернігівській та Подільській, 1 — у Харківській. Значні повстанські сили діяли в районі Трипілля — Обухова — Германівки — Кагарлика під командуванням Зеленого, у Васильківському повіті — Гончара. На Київщині також орудували отамани Д. Соколовський, П. Гриценко, П. Закусило, Ю. Мордалевич, В. Сук. Базою повстанського руху став Холодний Яр (Чигиринський і частково Черкаський повіти). На Полтавщині й почасти Чернігівщині продовжував боротьбу отаман Ангел, у Переяславському повіті — Грудницький тощо. Окрім того, виступ Н. Григор’єва призвів до зміни військово-політичної ситуації в цілому. Залишений без підтримки Південний фронт у травні був розгромлений, і стратегічна ініціатива перейшла до Добровольчої армії. Піднесення повстанського руху в червні — липні остаточно визначило крах радянської влади в Україні та прихід на зміну їй денікінського режиму.
Причини масового протистояння селянства комуністичній владі добре відомі. Це були економічні та соціально-політичні заходи радянської влади, які пізніше дістали назву «воєнний комунізм». У його основі був кардинальний поворот в аграрній політиці більшовиків — від зрівняльного розподілу землі, яким вони приваблювали селян у 1918 р., до створення на селі виробничих колективних об’єднань. До цього додалися продрозверстка, заборона вільної торгівлі, репресії, обмеження прав і свобод селянства, намагання розколоти село, яке вперто зберігало єдність, шляхом його інфікування «класовою боротьбою». За влучним висловом С. Кульчицького, організація комун спричинила протидію селян аж до «алергічної реакції» на сам термін «комуна». При цьому відомий історик звертає увагу на потребу правильної розстановки акцентів: основною причиною масових повстань стала не продрозверстка, результати якої в 1919 р. були мізерними, і не насильницьке заганяння в комуни, якого тоді не було: «Комуни разом із радгоспами викликали на селі шалене відторгнення через те, що заволодівали землею, яку селяни вже вважали своєю». 316 200 000 десятин землі між селянами розподілили близько 5 000 000, тоді як решта залишилася за радгоспами, комунами, державним резервним фондом, Укрголовцукром. Тому для селян представники радянської влади в 1919 р. «розщепилися» на «гарних» більшовиків, які начебто дали селянам землю, і «поганих» комуністів, які намагалися її відібрати, організовуючи комуни й радгоспи.
Варто також звернути увагу на інші вагомі чинники селянських заколотів, які визначив автор ґрунтовного дослідження з історії антикомуністичного повстанського руху на Лівобережжі П. Ісаков: глибока криза владних структур; десакралізація влади в патерналістськи-архаїчному суспільстві; наявність у селі внаслідок демографічного вибуху значної кількості молоді; високий рівень безробіття (насамперед серед молоді) як наслідок «натуралізації» села; наявність значної кількості демобілізованих, які мали зброю й з огляду на нівеляцію за 5 років війни цінності людського життя були здатні її використовувати; перенасиченість села зброєю, відсутність у широких мас досвіду мирної політичної боротьби; «варваризація» суспільства. Науковець називає вказані фактори «додатковими», хоча їх варто вважати основними, чинними в повстанському русі з 1917 р. до початку 1920-х рр. Це також підтверджує, що, окрім потреби опору жорстокому репресивному режиму, у селянському середовищі існували численні, не пов’язані з більшовицькою теорією та практикою причини протистояти владі. Фактично кожен із чинників, які окреслив П. Ісаков, ніс загрозу будь-якому політичному режиму.