30 мая 1918 года начальник Чудской озерной флотилии В. П. Самович прислал в штаб погранрайона донесение о том, что он отстранен от должности и стал помощником по хозяйственной части у нового начальника флотилии бывшего капитана второго ранга Д. Д. Нелидова.
Узнав об этом, Фабрициус, побагровев от возмущения, сказал Васильеву:
— В Чудскую флотилию назначили прохвоста и предателя Нелидова.
— Поясните, чем вызвана столь резкая оценка.
И Фабрициус рассказал о том, что в прошлом месяце пограничники задержали бежавших из Пернова офицеров — Троицкого и Дмитриевского. На допросе они показали, что в Пернове, на квартире купца Лейтмана, проживал некий капитан второго ранга Нелидов, который передал немцам секретный план минных заграждений в Балтийском море. Изменнику хорошо заплатили, и 15 апреля он выехал из Пернова. Показания пленных были отправлены в Гатчину, в штаб Северного участка завесы. А теперь штаб присылает этого самого Нелидова. Чудовищно!
— Советую вам не торопиться с выводами. Вызовите Нелидова, осторожно расспросите его и, если он и есть тот самый шпион, доложите по команде…
На следующий день Нелидов приехал в Гдов. Фабрициус в присутствии Васильева долго беседовал с новым начальником Чудской флотилии. Хотя Нелидов заявил, что он горячий патриот и сочувствует коммунистам, его разглагольствования, некоторые факты его биографии, в частности упоминание о пребывании в Пернове, подтверждали подозрения Фабрициуса. В конце разговора Ян Фрицевич уже с трудом сдерживал раздражение, презрение к предателю. Почувствовав это, Нелидов сказал:
— Вы, кажется, мне не доверяете, товарищ комиссар?
— Доверие и уважение не выдаются в виде пайка, их надо заслужить, — гневно заявил Фабрициус. И, не сумев сдержаться, продолжал: — Кстати, когда вас направляли в Чудскую флотилию, никто не поинтересовался, чем вы занимались в Пернове?
— А чем интересоваться? Я жил там всего два-три месяца…
— Какие сведения вы передали немецкой разведке?
— Это что — допрос?
— Отвечайте!
— Немцы интересовались минными заграждениями на Балтийском море. Я наотрез отказался дать эти сведения. Я присягал на верность отечеству…
— Вижу, вижу. Вон отсюда, негодяй!
Испуганный Нелидов выбежал из штаба.
Васильев хмуро проговорил:
— Начали за здравие, а кончили за упокой. Ян Фрицевич, вы чудесной души человек, но есть у вас большой недостаток — чрезмерная горячность. Советую: когда почувствуете, что раздражение переходит в неистовство, посчитайте про себя до дюжины. В данном случае это правило нужно было применить после того, как вы резонно заметили Нелидову о доверии и уважении, которые надо заслужить делом. А вот о ваших догадках по поводу того, что этот прохвост передавал секретные сведения немецкой разведке, кричать не следовало. Вы раньше времени раскрыли свои планы…
— За добрый совет спасибо. Нервы подводят. Теперь и вы убедились: Нелидов — предатель. О нем надо сообщить в Москву.
— И чем скорее, тем лучше.
Фабрициус написал рапорт во Всероссийское бюро военных комиссаров, в котором потребовал отстранить Нелидова от должности начальника Чудской озерной флотилии и предать суду военного трибунала.
…В начале июня Фабрициуса назначили военным комиссаром формирующейся 2-й бригады 6-й Петроградской дивизии. Комбригом стал М. Н. Васильев.
В конце месяца Фабрициус побывал в Москве на совещании военных комиссаров. Поездкой он остался доволен: встретил старых друзей, ознакомился с опытом работы других, приобрел политическую и военную литературу. Не успел вернуться в Гдов, как радостное настроение улетучилось. В штабе Ян Фрицевич узнал, что Нелидов приступает к разоружению Чудской флотилии и к передаче пароходов в распоряжение рыбного отдела Петроградского Совета, утверждая, будто тем самым спасает флотилию, так как немцы не имеют права захватывать гражданские суда. Фабрициус немедленно написал донесение в Народный комиссариат по военным и морским делам. Рассказав здесь о преступных действиях Нелидова, Фабрициус предложил: «…находя указанные проступки гражданина Нелидова и его поведение в Пернове изменой Родине, я прошу… принять самые экстренные меры к его удалению от должности и распоряжения о самом строгом расследовании этого дела. Считаю недопустимым и преступным назначение высшими штабами лиц на такие ответственные посты, не запросив местные штабы и не наведя справок о нравственной и политической физиономии назначаемых».
На другой день Фабрициус с комбригом Васильевым выехали в Раскопель, арестовали Нелидова и отправили в Москву. Считали вопрос решенным. Ошиблись! Нелидов добился приема у начальника Морского Генерального штаба Беренса, и тот помог встретиться с наркомом по военным и морским делам Троцким. Бывший капитан второго ранга со слезой в голосе рассказал о своих «мытарствах и заслугах». И нарком Троцкий охотно поверил предателю, вызвал председателя Всероссийского бюро военкомов К. К. Юренева и приказал: телеграфировать Фабрициусу, чтобы он прекратил травлю начальника Чудской озерной флотилии Д. Д. Нелидова.