Военный комиссар Фабрициус считал своим долгом информировать Центральный Комитет партии и лично В. И. Ленина о существенных недостатках и промахах на петроградском участке фронта.
Стремясь как можно быстрее разрешить целый ряд важных и принципиальных вопросов, Фабрициус послал в конце апреля 1919 года обстоятельный доклад Председателю Совета Обороны В. И. Ленину и Председателю ВЦИК М. И. Калинину. В докладе он резко и обоснованно критиковал некоторые постановления Наркомата по военным и морским делам, возглавляемого Троцким.
В начале 1919 года были установлены новые оклады жалованья для личного состава Красной Армии. По этому положению нестроевые красноармейцы тыловых команд стали получать 500 рублей, а фронтовики — только 350 рублей. Подчеркивая возмутительное несоответствие в окладах, Фабрициус просил В. И. Ленина отменить этот приказ, как вредительский, способствующий разложению воинской дисциплины на фронте.
В докладе Фабрициус подробно разбирал вопрос о подготовке преданных Советской власти красных командиров из среды рабочих и крестьян и высказывал мнение, что военный комиссар «обязательно должен быть специалистом военного дела, помощником командира в решении сложных боевых задач».
Фабрициус приводил характерные факты, свидетельствующие о том, что отдельные партийные организации на местах задерживают мобилизованных на фронт коммунистов как незаменимых руководящих работников, и считал это не чем иным, как узаконенным дезертирством.
Фабрициус решительно протестовал против установления в военных комиссариатах семичасового рабочего дня. Он считал: «…во имя победы над врагом надо работать круглые сутки».
В заключение доклада Фабрициус просил В. И. Ленина дать указания об очищении рядов Красной Армии от чуждых элементов.
Председатель Совета Обороны В. И. Ленин, прочитав этот доклад, направил его в Революционный военный совет республики для принятия необходимых мер.
Обстановка на фронте под Псковом и Нарвой с каждым днем осложнялась. Прорыв 1-й бригадой 10-й стрелковой дивизии позиций эстонских белогвардейцев на участке Мехикорма — Ней-Раппин, поставивший под угрозу фланг противника, не был использован командованием 7-й армии. Напрасно Фабрициус слал телеграммы с просьбой поддержать свежими силами 1-ю бригаду, захватившую Печору и Ней-Раппин; штаб армии не выделил дополнительно ни одного бойца. Эстонское командование ввело в бой белогвардейский корпус генерала А. П. Родзянко, и обескровленные красные полки отошли на исходные позиции.
…14 мая 1919 года начальник штаба 10-й дивизии С. Г. Плютто принес на подпись Фабрициусу распоряжение, по которому несколько полков выделялись в армейский резерв.
Ян Фабрициус сердито спросил:
— А кто приказал?
— Распоряжение из поезда самого Троцкого.
Фабрициус, с трудом сдерживая негодование, сказал:
— Преступные распоряжения не выполняю.
И сделал пометку: «Означенную телеграмму не подписываю, так как с приказом не согласен».
Фабрициус понимал армейскую суровую истину— приказ старшего начальника должен быть выполнен, и в то же время партийный долг подсказывал: надо добиться отмены распоряжения, открывающего врагу дорогу в Псков. И помочь может только Ленин. Надо срочно доложить ему обо всем. В телеграмме, посланной в Москву, Фабрициус сообщал: «В данное время фронт нами удерживается с трудом, так как на Чудском участке противник перешел в активное наступление, на печорском направлении враг производит активную разведку с целью перейти, по-видимому, в решительное наступление. Несмотря на это, Троцким предписано с передовой боевой линии снять 5-й полк в армейский резерв». Указав, что «при исполнении этого приказа Псковский участок будет легко прорван противником в печорском направлении и это неизбежно повлечет за собой падение Пскова и создаст еще более тяжелое положение», Фабрициус просил отдать распоряжение провести строгое партийное расследование всего происходящего на Псковском боевом участке.