Вершинин-старший испытывал страх перед истинной наукой; Рита Плонская — страх быть такой, как все. Лев Реутский — перед жизнью, представлявшейся ему чем-то враждебным, посягающим на его благополучие. Как ни различны мотивы страха, первопричина его почти аналогична: неуверенность в себе, боязнь обнаружить ничтожность внутреннего содержания.
И в «Тропах Алтая» и в других произведениях Залыгина нравственная проблематика осмыслена социально, наполнена философией времени, эпохи. Она занимает писателя и потому еще, что в нашей стране, где уничтожены классовые противоречия, нравственные качества впервые обретают подлинный общественный смысл: «люди группируются и расходятся, спорят, ссорятся как раз по причинам различного понимания того, что значит быть добрым, честным и, наконец, даже симпатичным».
Доброта для Вершинина — неизменно в способности чем-то пожертвовать, поступиться самолюбием, в умении прощать. По духу своему она сродни одолжению, уступке.
В представлении же Рязанцева или Онежки Кореньковой истинная доброта не терпит ни насилия над своей личностью, ни тем более компромисса с принципами. Она ведь не только для кого-то, но и для самого себя. Чтобы жить в согласии с совестью. Ухаживая за заболевшей Ритой, испытывая готовность умереть вместо нее, Онежка ничуть не восхищается этим своим порывом. Он для нее естествен. Как естественно и другое: при всей жалости к подруге не соглашаться с ее несправедливыми суждениями. Ибо, согласившись, Онежка изменила бы своей натуре. Так же и честность. Честность перед собой немыслима без честности перед людьми — в работе, в помыслах. Душевная гармония становится условием гармонических отношений с внешней средой. И в равной мере такие отношения необходимы для внутреннего лада.
У Рязанцева и его друзей нет отчужденности от мира; он — их забота, их продолжение. Они не подвержены метаньям и шараханьям, потому что живут делом и, отдавая себя ему, в нем же черпают убежденность в ненапрасности своего существования. Но не зная шараханий, они знают муки поиска, не зная конфликта с совестью, знают конфликт, сопряженный с долгом перед обществом и самим собой.
Как и Вершинин-старший, Рязанцев был влюблен в красоту Горного Алтая. Однако, пользуясь благами своего Лукоморья, профессор не считал себя чем-то обязанным перед ним. Рязанцеву же хотелось, чтобы «в этом уголке земли человек ничего бы не искалечил, ничего не потерял раз и навсегда, никогда не заслужил бы упрека потомков за растраченные и попусту размотанные богатства, которыми наделила этот край природа». Вершинин вечно требовал для себя, но избегал встречного счета. Он и с Барабой не мог ужиться, потому что она предъявляла свои права: «Спрашивала его: каков ты человек? каков ученый? что о себе думаешь?» Лишь со стариками краеведами ему было легко и спокойно: они были счастливы самим фактом знакомства с именитым ученым. Рязанцеву, Лопареву, Онежке, напротив, присуще постоянное ощущение долга. Перед Алтаем, перед колхозниками Усть-Чары, которые никак не могут наладить электростанцию, перед теми, вовсе незнакомыми людьми, которым предстоит работать под началом идущего на повышение бездарного директора Парамонова.
Поэтизируя цельность, открытость, ясность, Залыгин предостерегает вместе с тем от упрощенного восприятия этих качеств. Лишь по первому знакомству Вершинин-младший рисовался Рите этаким примитивом, уступающим по всем статьям своему отцу. Но чем лучше она узнавала его, тем больше открывалась ей сложность души Андрея, сложность обуревавших его интересов, забот. «С ним нелегко быть рядом»,— поняла Рита. И это «нелегко» и пугало и притягивало ее. Ведь рядом с ним и она должна сделаться другой.
В «Тропах Алтая» совершается как бы двойное путешествие: в пространстве и в человеческих душах. В романе почти нет драматических событий (за исключением смерти Онежки), нет и особой сюжетной остроты. Ничто, даже смерть, не заглушает здесь раздумья. Раздумья о жизни, о духовных ценностях, о природе, о назначении науки. Залыгин сам подчеркивал, что хотел сделать «действующим лицом» книги «свои размышления по поводу природы, географии как науки, еще кое-какие свои мысли, которым я долгое время не мог найти литературного воплощения». И таким же полноправным героем романа стала природа. Она отнюдь не безмолвна в нем, нет. Она объясняет себя своей красотой и шумом деревьев, взывает к человеку о защите или участии. Она не только испытывает воздействие людей, но в меру своих возможностей формирует, обогащает их нравственно.