В 1935 году Семен по партийной путевке поступает в военное авиационное летное училище в Луганске. Окончил его и стал военным летчиком, служил в разных авиационных частях в Житомире и Овруче. Нелегкая жизнь наложила свой отпечаток на его характер, на внешний облик этого человека — простого, мужественного, доброго и отзывчивого. Он ценил в людях честность, трудолюбие, деловитость, презирал двуличие и трусость. Семен Иванович был высокого роста, широкоплечий, атлетического телосложения, подтянутый, стройный, железной воли человек — в полном смысле слова строевой командир.
Через четыре года Семен Иванович был откомандирован в 55-й истребительный полк и с прибытием к месту службы был назначен адъютантом эскадрильи. Должность эта требовала всесторонней подготовки, сочетания летной работы со штабной службой. Комэску капитану Жизневскому было легко работать с Семеном Ивановичем. Хархалуп был хорошим летчиком, летал на всех типах самолетов, состоящих на вооружении, и в совершенстве владел техникой пилотирования. Был хорошо подготовлен и как штабной работник.
Семен Иванович отлично пилотировал самолет и выполнял воздушные стрельбы, умело обучал летный состав воздушному бою. При выполнении летного задания был сам предельно собран и организован и требовал этого от подчиненного летного состава, не терпел расхлябанности и нарушений дисциплины.
В его эскадрилье были летчики, которые не так давно окончили военное училище и считались молодыми, — Григорий Речкалов, Борис Комаров, Николай Яковлев, Петр Грачев, Виталий Дмитриев, Тимофей Ротанов, Георгий Кондратюк, и со всеми он летал на учебный воздушный бой, обучал умело драться и побеждать воздушного врага. Кто знает, быть может он, Семен Иванович, и заложил навыки ведения воздушного боя Григорию Речкалову, который в годы Великой Отечественной войны прославился в воздушных боях с врагом и был удостоен звания дважды Героя Советского Союза.
Возможно его, Хархалупа, выучка и закалка помогли младшему лейтенанту Николаю Яковлеву при отражении налета фашистских бомбардировщиков броситься на ведущего «хейнкеля» и сбить его, расстроить боевой порядок противника и обеспечить успех в воздушном бою своим товарищам.
Это воспитанник Семена Хархалупа младший лейтенант Петр Грачев успешно вел воздушные бои на самолете Ил-2 и смело наносил штурмовые удары по войскам и боевой технике противника; это младший лейтенант Георгий Кондратюк на «чайке» вел успешные воздушные бои с превосходящими силами врага…
С первого дня боев Семен Иванович не знал усталости и покоя, вылет за вылетом поднимаясь в воздух то на штурмовку гитлеровских войск, то на разведку, то на сопровождение бомбардировщиков. Он совершил не один десяток боевых вылетов и своими действиями нанес врагу немалые потери в живой силе и боевой технике. Его недолгая, но яркая боевая работа, его мужество, храбрость и отвага в бою служили примером для молодых летчиков. Личный состав полка с глубокой болью воспринял гибель Семена Хархалупа. Такой замечательный командир и боец, как Хархалуп, так рано — на девятый день войны — оставил поле битвы! Он многое мог бы сделать в борьбе с фашизмом и прославить русское оружие.
Но нельзя опускать руки и поддаваться унынию по случаю потерь товарищей, как бы ни велико было горе, враг не сделает на это скидки, нужно умножать силы, сражаться за себя и за тех, кто погиб в борьбе. Это хорошо помнили боевые друзья и при каждом боевом вылете стремились бить врага на земле и в воздухе.
1 июля летчики звеньями вели воздушную разведку войск противника и наносили удары по колоннам транспорта. Сборная группа полка в составе 15 «мигов» и трех «чаек», возглавляемая Константином Ивачевым и Кузьмой Селиверстовым, поднялась в воздух для обеспечения бомбового удара группы самолетов СБ, действующих по вражеской группировке войск в районе Штефэнешти — Трушешти. В районе цели зенитным огнем были повреждены самолеты летчиков Владимира Чернова и Семена Светличного, которым пришлось произвести вынужденную посадку в районе Мигаево.
На следующий день, 2 июля, летчики вели воздушную разведку войск противника в районе Карпачей, из которого увеличилась интенсивность выдвижения мехколонн к линии фронта. Патрулированием в воздухе пар и звеньев «чайки» прикрывают аэродром Семеновка и перегруппировку подвижных наземных войск в районе Сынжерея — Соля.
Звено лейтенанта Александра Мочалова, прикрывая наземные войска в районе населенного пункта Пеления, на высоте ста метров вело воздушный бой с вражеским двухместным разведчиком и парой «мессершмиттов», которые прикрывали корректировщика, в результате успешных атак Мочалов сбил вражеский корректировщик «ПЗЛ».
Звено «мигов», возглавляемое Федором Шелякиным, прикрывая наземные войска в районе Штефэнешти, вело воздушный бой со звеном Me-109, в котором Федор Шелякин срубил одного «месса», а Леонид Дьяченко при отражении налета вражеских бомбардировщиков в районе Кухнешт добился в паре с Алексеем Овсянкиным победы над Ю-88, который горящим врезался в землю.
В положении войск 9-й армии за период с 22 по 30 июня существенных изменений не произошло, как это случилось на других фронтах, где гитлеровским войскам удалось прорвать нашу оборону и продвинуться на значительную глубину советской территории. В июне немецкое командование на этом участке фронта неоднократно пыталось захватить плацдарм на восточном берегу Прута, но усилиями авиации и стрелковых частей положение восстанавливалось, и противник отбрасывался на исходные позиции. В этот период немецко-румынское командование продолжало подтягивать и сосредотачивать свои войска и плавсредства в районах намечаемых переправ, наводить понтонные мосты и переправы через Прут.
23 и 24 июня немцам и румынам удалось навести переправы в районе Скулян и начать переправу войск на левый берег реки Прут, но активными действиями бомбардировщиков и истребителей 20-й САД по войскам и переправам противника, а также контратаками войск 9-й армии противник был отброшен на исходные рубежи, переправы разрушены, а плавсредства уничтожены. Наши части не только удержали рубежи государственной границы, но и сами предпринимали активные действия.
В течение 25–27 июня немецко-румынские войска продолжали наводить разрушенные переправы и переправлять отдельные группы войск на восточный берег реки Прут. Особую активность противник проявил в районе Скулян в направлении города Бельцы, где гитлеровцам удалось закрепиться на левом берегу Прута. Перед фронтом 35-го стрелкового корпуса противник продолжал сосредотачивать танковые и моторизованные войска в районе Штефэнешти — Трушешти.
1 июля с территории Румынии против Южного фронта немецко-румынские войска перешли в наступление на широком фронте. Главный удар они нанесли по войскам 18-й армии в общем направлении на Могилев-Подольский и Жмеринку.
В начале июля бои на правом крыле Южного фронта приняли широкий размах. Наши войска с большим упорством отстаивали каждый рубеж, каждый населенный пункт. Но преимущество в силах было на стороне врага. 3 июля немецко-румынские войска захватили плацдарм на левом берегу Прута восточнее Штефэнешти и Ясс. Вклинившись в стык 14-го и 35-го стрелковых корпусов, противник форсировал Прут, захватил плацдарм и стал его расширять в этом районе силами до трех дивизий. Отсюда они развернули наступление в северо-восточном направлении и за шесть дней продвинулись на 60 километров.
5 и 6 июля немецко-румынские войска продолжали наступление в направлении Бельцев с рубежа Фалешты — Скуляны — Пырлица. С 7 по 10 июля противник продолжал развивать наступление в направлении Бельцы — Кишинев. В эти и последующие дни гитлеровские войска продолжали теснить войска 9-й армии, которые, оказывая упорное сопротивление, отходили на новые рубежи обороны.
К 20 июля противник на фронте 9-й армии вышел к Днестру, на 21 июля в районе Могилев-Подольского форсировал Днестр. С 23 июля противник продолжил продвижение из района Могилев-Подольского на восток. Отмечено продвижение противника на юг, где он занял железнодорожные станции Кодыма и Дмитрашковка.