В январе 1510 года Албукерки с двадцатью тремя кораблями подошел к острову. Португальцам удалось захватить один форт, а 1 марта город со всеми его укреплениями, судоверфями, конями и слонами стал добычей португальцев.
Прошло месяца два, и на укрепления Гоа обрушилась шестидесятитысячная армия биджапурских мусульман. Португальцы, поняв, что им грозит разгром, были вынуждены оставить город. Албукерки приказал перед отходом перебить все население Гоа. Он, по словам хрониста, оставил в живых только богачей, за которых рассчитывал получить большой выкуп, самых красивых женщин, которых намеревался отдать в жены португальцам, и нескольких детей, которых решил обратить в христианскую веру.
После побоища португальцы прорвались к кораблям. Однако муссоны еще долго не пропускали флот через мели в устье реки. На кораблях начались голод и цинга, Каждый моряк получал в день лишь четыре унции сухарей, и матросы охотились за корабельными крысами. Захватчики оказались в западне. Рассказывают, что мусульманский шах Биджапура прислал Албукерки продовольствие, заявив, что он победит белых силой, а не с помощью голода. Однако вице-король Индии возвратил продукты шаху, дав понять, что португальцы ни в чем не нуждаются. Гонцы могут прийти и убедиться в этом. Когда мусульмане прибыли на корабли, Албукерки изобразил перед ними роскошный пир: столы ломились от яств и пития, и матросы,, поднимая кубки, пели хмельные песни. Но голодным участникам пиршества было настрого заказано даже прикасаться к еде – все, что было на столе, составляло неприкосновенный запас.
Муссоны утихли только в августе, и корабли Албукерки смогли убраться из этого гибельного места. Но вскоре из Португалии прибыла крупная эскадра – четырнадцать кораблей с большим числом солдат.
Албукерки собрал все корабли воедино и, как рассказывает хронист, созвал военный совет, чтобы обсудить план нового нападения на Гоа. В совете принял участие и Фернан Магеллан, который возражал против участия торговых кораблей в штурме: они не успеют вернуться в тот же год в Португалию с пряностями, да и в бою от них все равно мало проку. Албукерки не внял разумному совету. Время показало, что молодой офицер был прав. Албукерки не забыл этого, и Магеллан за все время службы в Индии не получил ни одной награды или повышения, хотя и участвовал во многих сражениях.
15 ноября 1510 года Албукерки с большой эскадрой вновь напал на Гоа, ворвался в город и захватил весь остров. Отслужив благодарственный молебен, вице-король Индии приказал разграбить город и перебить всех мусульман без разбора. Резня длилась три дня. Не был пощажен ни один, убивали даже малых детей. От руки безжалостных захватчиков погибло около шести тысяч мужчин, женщин и детей. Многие утонули, спасаясь вплавь через каналы и реку. Одну мечеть, в которой беглецы искали спасения, португальцы сожгли со всеми находившимися там людьми.
Вице-король решил превратить Гоа в столицу португальской Индии. (Эта колония сохранялась за португальцами вплоть до 1961 года, когда ее освободила Индия.) Он приказал поставить здесь прочную крепость, церковь, построить жилые дома, оборудовать гавань и судоверфи, сам стал чеканить деньги, раздавал португальцам отнятые у мусульман дома и земли и приказывал брать в жены арабских и индийских женщин.
После завоевания Гоа первой задачей для Албукерки стало женить несколько сот португальцев. Он сам присутствовал на свадьбах и выдавал каждой молодой супружеской чете определенные средства на обзаведение хозяйством, Кандидатов для женитьбы вице-король отбирал очень осмотрительно – лучших из лучших. Хотя идальгу и потешались над этими его хлопотами, они привели к должным результатам. Албукерки считал этот метод единственным средством, чтобы привязать португальцев к колонии и создать слой доверенного населения, так как белых женщин в Индию не посылали.
Албукерки сохранил в португальских колониях в Индии все местные обычаи, кроме сожжения вдовы после смерти мужа, – против этого он боролся очень решительно.
Как рассказывает хронист, Албукерки встретился с очень большими трудностями – в Индии было мало денег. Король дон Мануэл получал из колоний огромные средства и ничего не вкладывал в них. Он тратил деньги на строительство флота, на крепости в Марокко, раздавал их родовитым вельможам, и у него постоянно не хватало капитала, чтобы вложить его в торговлю.