Многим, в том числе и королю, была не по душе энергичная деятельность Албукерки. Некоторые даже утверждали, будто вице-король устраивает в Гоа столицу своего собственного королевства и что столицу колоний лучше было бы разместить в Кочине и уговорить дружески расположенного раджу принять христианство. Албукерки опровергал эти возражения, так как ясно видел, сколь невыгоден португальцам Кочин как опорный пункт. Он писал королю, что в Кочине без позволения раджи нельзя и ветки с дерева срезать. Если на торжище кто-то из португальцев не уплатит требуемую цену или тронет мусульманскую женщину тут же возникает угроза окружения форта. В Кочине лишних пятьсот человек – уже предвестье голода. Там нет ни мяса, ни рыбы, а куры стоят очень дорого.
Напротив, в Гоа много мяса, рыбы, хлеба и овощей и можно прокормить лишних две тысячи человек без ущерба для снабжения города. В Гоа есть различные ремесленники – мастера пушечного литья, оружейники, плотники – все, кто необходим португальцам.
Укрепившись в Гоа, Албукерки решил отплатить малаккскому султану за нападение на экспедицию Сикейры. На восток отправилась мощная эскадра, руководимая самим Албукерки. По дороге португальцы топили корабли арабских купцов. 25 июня 1511 года португальцы атаковали город. Его защищало свыше двадцати тысяч воинов, в то время как в распоряжении Албукерки было тысяча четыреста солдат, из них шестьсот португальцев, которым помогало несколько сот малабарских индийцев. Но защитникам Малакки недоставало единства. Ее населяли арабы, индийцы из Малабара и Гуджарата, малайцы, китайцы и сиамцы, не доверявшие друг Другу.
С помощью тайных агентов Албукерки удалось переманить на свою сторону противников султана, которых поддерживали китайские купцы и индийцы. Начались кровавые уличные бои. Малайцы сражались очень самоотверженно, посылали отравленные стрелы я пускали в ход большие кривые ножи – крисы, а также погнали на португальцев тяжело вооруженных слонов.
Португальцы применили артиллерию и стали сжигать в городе квартал за кварталом. В августе 1511 года Малакка после долгой бомбардировки пала.
В этой экспедиции и в уличных боях участвовал и яростно сражался и Фернан Магеллан.
Португальцы захватили в Малакке огромную добычу – склады и корабли с перцем, гвоздикой, мускатным орехом, кардамоном и другими пряностями, ткани, ковры, серебро и золото, драгоценную посуду, слоновую кость и ценное дерево. Рассказывают, что стоимость добычи составила до трех с половиной тонн золота, если все награбленное перевести в этот металл. Однако иностранные кварталы по приказу Албукерки остались нетронутыми. Из всей добычи он взял себе лишь шесть бронзовых львов, чтобы украсить ими свою гробницу.
Важнейшей добычей, однако, был сам город – ворота на Дальний Восток. Здесь проплывало мимо множество судов, но португальцы пока не решались грабить их.
Находясь в Малакке, Албукерки поспешил установить связи с Явой, Сиамом и Бирмой. Он приказал чеканить серебряные и золотые монеты – малакеши и католики, установил умеренные цены на товары и издал много разумных и полезных распоряжений, заманивая в Малакку торговые корабли всех народов. Албукерки требовал, чтобы каждый корабль, выходящий из Малакки в какую-либо неизвестную португальцам страну, брал с собой португальского разведчика. Так португальцы вскоре обследовали все морские пути в Индонезийском архипелаге. Уже в том же 1511 году вице-король организовал новую экспедицию дальше на восток, к Молуккским островам. Лудовико ди Вартема, который также участвовал в осаде Малакки, рассказывал, что на Молуккских островах растет самая лучшая гвоздика, а на островах Банда – лучший в мире мускатный орех.
Албукерки отправил три корабля с сотней португальцев, сопровождаемых отрядом малабарских лучников. Эскадрой командовал Антониу Абреу. Одним из трех кораблей командовал друг Магеллана Франсишку Серрано. В конце декабря 1511 года эскадра прошла вдоль берегов Суматры и оказалась в водах, которые не посещал еще ни один португальский корабль.
Вдоль Явы, Мадуры, Бали и Сумбавы Абреу вышел в море Банда и повернул на север, к Амбону.
У Амбона корабль Серрано погиб во время шторма, но люди были спасены. Португальцы достигли островов моря Банда. Историк Барруш назвал их садом мускатного ореха, где все деревья постоянно утопают в цветах, а воздух полон сладких, пьянящих запахов. Мир здесь выглядел совсем другим. На этих островах не было ни роскошных дворцов, ни могучих владык. Навстречу кораблям выплывали голые островитяне в легких долбленых челноках.