Среди высших кругов общества царили упадок нравов, карьеризм и праздность. Вся же остальная часть нации влачила жалкое существование, опускаясь все глубже в нищету и безысходность.
Особенно тяжело пострадало сельское хозяйство, крестьянство. Образовались крупные латифундии, их владельцы сгоняли крестьян с земли. Вместо них трудились черные рабы, все в большем числе ввозимые из Африки.
Из Америки в Европу хлынул поток драгоценных металлов – золота и серебра, которые были гораздо дешевле местных, что вызвало революцию цен. Чрезвычайно быстро росли цены на все товары, результатом чего стало разорение и мелкопоместного дворянства, и крестьянства, и ремесленников. В стране начался голод, писал хронист, ибо зерна стало нахватать, а цены на него росли год от года. Бедняки умирали в своих хижинах, а гавани по-прежнему ломились от дорогих индийских товаров. За голодом последовала эпидемия чумы. Доведенные до отчаяния португальцы покидали родину. Королевство, по словам хрониста, опустело, ибо запах корицы сманивал людей прочь. Уехавшие в колонии уже не возвращались на родину.
Один историк утверждает, что за время с 1497 по 1527 год только в Индию выехало восемьдесят тысяч португальцев, большей частью мужчин. Вернулась же лишь десятая часть. Измученные нуждой крестьяне массами отправлялись в Бразилию на поиски куска хлеба и удачи.
Все большее влияние на жизнь государства приобрел тала церковь. В годы правления бездарного короля Жуана III (1521-1557) Португалия стала оплотом контрреформации. Орден иезуитов обрел огромное влияние как в самой Португалии, так и в колониях и создавал свои миссии в Индии, Бразилии, Китае и Японии. Из Португалии изгонялись мавры и евреи, хотя раньше им гарантировалась свобода вероисповедания. Вместе с тем Португалия потеряла множество умелых ремесленников и землепашцев.
В 1526 году в Португалии была учреждена инквизиция. Все усиливалось преследование маранов – крещеных евреев, в результате чего за границу утекли огромные капиталы, так как маранам принадлежали самые крупные банкирские дома в Португалии.
К середине XVI века Португалией фактически правил иезуитский орден, предпринявший неудачные, разорительные войны с маврами в Северной Африке.
Ослабленная Португалия после поражения под Алькасаром в 1578 году покорилась испанскому королю Филиппу II и, начиная с 1581 года, на целых шестьдесят лет перестала существовать как государство. Когда-то могучая держава стала составной частью Испании. За время испанского господства положение Португалия еще более ухудшилось, так как она автоматически втягивалась во все многочисленные войны Испании с Англией (вспомним гибель «Непобедимой Армады» – испано-португальского флота у берегов Англии в 1588 году), Францией и Голландией.
Примерно в то же время Голландия сбросила с себя испанское иго и отобрала почти все огромные португальские владения на Востоке, в Ост-Индии, которые удерживала (вместе с Францией) до XVIII и XIX веков, когда их захватила Англия. Голландцы вытеснили португальцев и из Японии и завоевали часть Бразилии.
Голландцы, датчане, англичане и немцы с XVII века начали создавать свои опорные пункты для торговли и охоты за рабами рядом с португальскими колониями на Гвинейском побережье, французы обосновались в Сенегале; в 1650 году голландцы образовали на юге Африки Капскую колонию – совсем вплотную к португальской Анголе и Мозамбику.
Португалия, столь могущественная и процветающая в XV и XVI веках, после кратковременного благоденствия пришла в упадок и стала политически незначительной, отсталой, бедной страной.
Кое-кто из буржуазных историков, в частности Г. Харт, пытался объяснить неудачи португальцев свойствами их характера. Эти особенности якобы уже в самом начале колонизации не позволили им добиться должных результатов. Португальцы не имели прочных идеалов, они слишком легко нарушали этические принципы, им была присуща невероятная холодная жестокость, они были тупы и неловки в сношениях с другими народами, в особенности с туземцами, их обуревали фанатизм и озлобленность по отношению к людям, исповедавшим другую веру. Все это вскоре привело португальскую империю в Индии к упадку и гибели.