В заключение террористы стали уговаривать Ратимова, чтобы он сам взялся совершить покушение. Ратимов уклонялся от ответа. Он однако обещал им кое-что (для террористов чрезвычайно важное], а именно, телеграфно оповещать их о времени прибытия в Царское Село вел. князя Николая Николаевича и Столыпина или о времени их выезда оттуда. Покушения на этих двух лиц, наряду с покушением на царя, стояли в центре внимания террористов.
Эти сообщения Ратимова дали мне более чем достаточно материала для процесса. Особенное значение я предавал телеграммам, которые Ратимов обещал присылать террористам. Теперь мне осталось бы только согласовать свои действия со следственными властями. За несколько часов до ареста заговорщиков прибыла в условленное место телеграмма Ратимова о предстоящей поездке вел. князя Николая Николаевича. Она была найдена во время ареста и послужила одной из главных улик для обвинения.
Наумов, узнавши, что Ратимов все время предавал его и что ему грозит смертная казнь, пал духом. За выдачу всех соучастников заговора следственные власти обещали ему в награду сохранить жизнь, и тогда он во всем сознался. Военному суду было передано 18 человек. Во время судебного разбирательства Наумов отрекся от большей части своих первоначальных показаний, пытаясь облегчить судьбу тех, кого он сам же выдал. Им это помогло чрезвычайно мало. Зато на своей шее петлю он этим поведением затянул. Изменение им показаний побудило суд аннулировать данное раньше обещание о помиловании. Вместе с Синявским и Никитенко он был приговорен к смерти и повешен 3-го сентября 1907 года. Остальные 15 подсудимых получили приговоры на разные сроки в каторгу и ссылку.
Этот процесс в свое время вызвал много шума. Для защиты подсудимых были мобилизованы лучшие силы русской либеральной адвокатуры: Маклаков, Муравьев, Соколов, Зарудный и др. Они стремились доказать, что все это дело о цареубийстве если не создано, то во всяком случае раздуто петербургским Охранным отделением, — и именно мною, его руководителем. Центральный Комитет партии социалистов-революционеров выступил в печати с официальным заявлением о том, что он никакого отношения к этому заговору не имеет и что он вообще никому не давал поручений готовить покушение на царя. На суд в качестве свидетеля-эксперта по ходатайству защиты был вызван известный историк и литератор Мякотин, который утверждал, что раз Центральный Комитет партии социалистов-революционеров официально заявил о своей непричастности к данному заговору, то это значит, что попытка приписать его указанной партии и вообще каким-нибудь серьезным революционерам является искусственной и надуманной, — что в лучшем случае мы имеем тут дело с кружком энтузиастической молодежи, за спиной которой действовали провокаторы, руководимые политической полицией. Авторитетно и категорически Мякотин утверждал, что традиции революционного движения не допускают ложных заявлений со стороны революционных центров и что поэтому к заявлению Центрального Комитета партии социалистов-революционеров нужно относиться с полным доверием. Эти заявления производили впечатление на судей и наносили весьма чувствительный удар всему обвинению. Поэтому прокуратура потребовала вызова на суд меня, как человека, который хорошо знает историю революционного движения и может опровергнуть исторические справки Мякотина.
Суд удовлетворил это ходатайство прокурора, но у меня не было никакого желания появляться на заседании суда. Успешность моей работы во многом зависела от того, что меня никто из революционеров не знал в лицо. Именно поэтому я никогда и нигде не появлялся публично. Выступление в зале суда было бы грубым нарушением этого правила. Я стал бы тогда известен целому ряду адвокатов, родственникам обвиняемых и пр., а среди них несомненно было немало людей, близких к революционерам. Это было абсолютно нецелесообразно. Поэтому первым моим решением было отклонить приглашение суда: я сообщил, что по болезни лишен возможности появиться в здании суда. Этот мой ответ расстраивал все планы прокуратуры. Помощник военного прокурора Ильин, представлявший на этом процессе обвинение, лично приехал ко мне и просил изменить принятое мною решение. Он говорил мне, что экспертиза Мякотина произвела большое впечатление на членов суда — офицеров, которые не знакомы с историей революционного движения. А между тем поражение обвинения в этом деле, которое получило широкую огласку и возымело большое политическое значение, будет тяжелым ударом для правительства. Все это было правильно и с моей точки зрения, но я изложил ему мои мотивы, заставляющие уклониться от выступления на суде. После всестороннего обсуждения Ильин предложил компромисс, при котором публичность моего выступления была бы сведена к минимуму, — а именно предложил устроить нужное заседание суда в помещении Охранного отделения, причем на это заседание будет допущено только минимальное количество лиц. На это предложение я дал свое согласие; принял его и председатель военного суда, которого Ильин ознакомил с причиной моих колебаний. Так случилось, что по процессу Никитенко и других одно из заседаний суда состоялось в большой зале старого здания Охранного отделения (Мойка, 12] — что возбудило, конечно, страсти в либеральных кругах, возмущавшихся тем, что «юстиция» пошла на поклон в полицию.