Столыпин после введения избирательного закона 3 июня был в чрезвычайно активном и бодром настроении. Наконец-то, говорил он, будет созвана работоспособная Государственная Дума и обеспечено в ней правительственное большинство. Такую Государственную Думу следует всемерно укреплять. В сущности, Столыпин и в период первых двух Дум никогда не переставал подчеркивать, — и это простить ему не могли сторонники СРН, — что он не против представительных учреждений вообще, а только против данного несбалансированного состава Думы. Он являлся решительным противником всяких, обильно возникавших тогда планов о полном уничтожении правительственных учреждений в России. Мне приходилось не раз в беседах с ним выслушивать его мнение, что для России институт Государственной Думы очень нужен и что русские порядки во многом необходимо перестроить на новый лад. Когда начала функционировать Третья Государственная Дума, Столыпин искренне стремился работать вместе с нею и старался поддерживать хорошие личные отношения с лидерами думских фракций. Большинство в новой Государственной Думе принадлежало к партии Союза 17 октября. Левый фланг Государственной Думы, куда входили социал-демократы и трудовики, был незначителен. Партия конституционалистов-демократов устами своего лидера П. Н. Милюкова пыталась в общем отмежеваться от всякой связи с революционными и социалистическими течениями. Одним словом, в Думе складывалось большинство консервативное, благожелательное планам Столыпина. Из руководящих представителей думского большинства Столыпин особенно высоко ценил председателя союза 17 октября А. И. Гучкова, который бывал у него по два раза в неделю. СРН по вышеизложенным соображениям не принял участия в выборах и продолжал по-прежнему свою кампанию против Столыпина и против Государственной Думы, которую Столыпин защищал.
В центре государственных задач того времени стояла аграрная проблема, которую Столыпин хотел решить путем наделения крестьян землею при посредстве Крестьянского Земельного Банка и превращения их таким образом в мелких собственников. Аграрная программа Столыпина, получившая выражение в законе 9 ноября 1906 года, вызвала весьма различное и часто враждебное отношение к себе в разных кругах общества. Прежде всего пришлось преодолевать сопротивление великокняжеских кругов, высказавшихся против отчуждения кабинетских и удельных земель. Государь поддерживал в этом вопросе Столыпина и лично говорил в его пользу со всеми великими князьями. Упорнее других сопротивлялся великий князь Владимир Александрович, не сдававшийся на убеждения царя. По указанию царя, Столыпин лично повидал великого князя и доказал ему, насколько проектируемая аграрная реформа необходима. Великий князь с доводами Столыпина в конце концов согласился.
До издания закона Столыпин стремился выяснить и отношение к нему думских и внедумских групп. По собранным тогда сведениям, революционные партии видели в столыпинской реформе явную угрозу развитию революционного движения среди крестьянства. Социалисты-революционеры, например, считали, что разрушение крестьянской общины и разрешение свободного выхода из нее означает потерю основного базиса для социалистической пропаганды в деревне. Превращение крестьян в собственников укрепит существующий государственный строй и ослабит шансы революции. Кадетская партия имела свой собственный проект аргарной реформы, допускавший принудительное отчуждение, хотя и по справедливой оценке, частновладельческих и государственных земель в пользу крестьян, — и также высказывалась против проекта Столыпина. Тогда принудительное отчуждение земель, и в форме, предлагаемой партией к-д, казалось с государственной точки зрения абсолютно неприемлемым, как нарушение принципа собственности.