В боевую рубку были три попадания 6-дюймовыми снарядами в броню ниже просвета. Снаряды не причинили вреда, а осколки были отражены козырьками и в рубку не проникли. Вслед за этими попаданиями 8-дюймовый снаряд рикошетировал от воды, ударил в свес крыши рубки с левой стороны и разорвался вблизи просвета. Влетевшими в рубку осколками разбит дальномер Барра-Струда, сбиты боевые указатели и помята часть переговорных труб. При этом тяжело ранены в голову старший минный офицер лейтенант Никонов и младший штурман лейтенант Ларионов, определявший расстояние по дальномеру. Оба выведены из строя и отправлены на перевязку. Командир, старший артиллерист, рулевые и сигнальщики легко ранены и все остались в строю. Часы в этот момент показывали 2 часа 40 мин.
К 3 часам в боевой рубке еще оставались: командир — раненый в голову, старший офицер — в лицо, старший артиллерист Шамшев — в голову и невредимым старший штурман Саткевич. Вследствие порчи дальномера и боевых указателей пришлось перейти на групповой огонь.
Некоторое время еще действовал кормовой дальномер, установленный открыто на кормовом мостике. Определяемое им расстояние приходилось передавать голосом в две 6-дюймовые башни и в 12-дюймовую кормовую башню, так как колонки управления боевыми указателями на мостике были сбиты.
В рубку через просвет непрерывно залетали осколки, отраженные при разрывах от воды, а также от палуб, крыш башен и мостиков. Вскоре после 3 часов залетевшими осколками через просвет рубки снова были ранены — командир в голову, а Шамшев в живот, но оба остались в рубке.
На правом шкафуте начался большой пожар. Был вызван трюмно-пожарный дивизион. Горели на спардеке в коечных сетках койки, мешки и остатки дерева. Пожар разгорался несколько раз от тлевших коек. Дым от пожара проникал в боевую рубку и мешал управлению кораблем. С трудом удалось потушить огонь. Вслед за этим начался большой пожар под полубаком в носовом командном кубрике и шпилевом отсеке, затем непосредственно под боевой рубкой в малярном помещении. Пожары охватили шканцы и кормовое адмиральское помещение.
Помимо этих существенных повреждений и потерь в личном составе, на корабле произошли разрушения от взрыва снарядов и от попадания осколков во всех верхних частях корпуса. Ряд пробоин от снарядов и осколков получили дымовые трубы, но они устояли и тяга в топки котлов держалась вполне удовлетворительно. Мачты, рангоут и такелаж пострадали главным образом от осколков. Грот-мачта перебита между верхним и нижним кормовыми мостиками, но продолжала держаться. Шлюпки и катера избиты осколками и частично взрывами снарядов на рострах. Они уже не могли быть спущены на воду и только загромождали ростерное устройство. В незащищенных палубах, командных и офицерских помещениях много опустошений и разрушений произведено внутренними разрывами снарядов, но сообщение вдоль палуб не было загромождено и трапы между палубами еще сохранились. Пожарные магистрали, кроме некоторых вертикальных отростков, сохранились и могли действовать во всех отсеках.
Уже за этот промежуток времени выяснилась огромная польза от тех мероприятий по подготовке корабля к бою, которые систематически проводились после выхода с Мадагаскара. Благодаря принятым противопожарным мерам и удалению дерева из верхних частей удалось справиться со всеми начинавшимися пожарами.
Фугасные японские снаряды, обладавшие большой взрывной силой, давали огромные местные разрушения и тучи мелких осколков. Но окружающие предметы в помещении сохранялись даже при небольшой искусственной защите в виде броневых колосников, стального троса, противоминных сетей и мешков с углем.
Наиболее неудачной оказалась искусственная защита из командных коек. Раскаленные осколки, пробивая свернутые койки и застревая в них, вызывали возгорание, которое трудно поддавалось тушению.
Несмотря на большое количество попавших в «Орел» крупных и средних снарядов, он ни разу не вышел из строя, сохранил ход, управление и более половины своей артиллерии. Это доказывало, что корабли типа «Суворов» как боевые единицы отличались значительной боевой живучестью. Сомнительно, чтобы японские броненосцы типа «Миказа» смогли вынести столько попаданий и разрушений, какие обрушились на «Орел».
Вторая стадия боя от 3 до 6 часов дня. Период боя от 3 до 5 часов дня был крайне тяжелым для «Орла». После выхода из строя двух передних кораблей — «Суворова», а затем «Александра» — он принял на себя сосредоточенные удары всей колонны неприятеля.
Особенно критическим для «Орла» был десятиминутный контр-галсовый бой после попытки «Александра» прорваться на север. Гром разрывов, лязг рвущейся стали, огненный вихрь, пронесшийся по кораблю, казалось, предрекли ему конец в грозном наступлении разрушительных сил. Но «Орел» выдержал этот сосредоточенный удар, даже не покинув строя. А наступивший после контр-галсового расхождения временный перерыв боя дал кратковременную передышку, чтобы осмотреться и справиться с разгоревшимися пожарами.
За этот промежуток времени «Орел» понес тяжелые потери в личном составе и лишился значительной части артиллерии. В 3 часа 40 мин. был тяжело ранен командир Юнг осколками в руку и в бок при разрыве снаряда, ударившего в свес броневой крыши рубки, контузило лейтенанта Саткевича и он потерял сознание. Осколками того же снаряда убит ординарец командира. Юнга и Саткевича пришлось отправить в операционный пункт.
Во время спуска по трапам командир был смертельно ранен большим осколком снаряда, разорвавшегося на шканцах. Осколок прошел через спину и вышел в бок, задержавшись под кожей. Когда через несколько минут доктор разрезал кожу и достал осколок, то обжег себе руку. Юнг, находясь в бреду, продолжал произносить слова команды.
Тем же снарядом, попавшим в просвет рубки, был сильно контужен в голову старший офицер капитан 2-го ранга Шведе. На время он лишился сознания. Управлять кораблем и артиллерией остался лейтенант Шамшев. Через несколько минут Шведе пришел в себя и принял управление кораблем. Из батареи вызвали мичмана Сакеллари заменить выбывшего старшего штурмана.
После перевязки пришел в рубку лейтенант Славинский, башня которого была разбита. По дороге он потушил с боцманом Воеводиным пожар в церкви на верхней палубе, куда попал 12-дюймовый снаряд, убивший четырех человек, молившихся на коленях перед образом. Не имея прямого дела в рубке, Славинский ушел помогать при тушении большого пожара на шканцах. Здесь при разрыве снаряда большого калибра он был вторично ранен в голову. Из пожарного дивизиона убиты два человека, Славинский без сознания снесен в операционный пункт.
Вслед за этим начались большие пожары на мостиках вокруг боевой рубки. В рубке к этому времени оставались из матросов только два рулевых на штурвале и горнист. Загорелись койки, укрепленные под свесом крыши рубки для улавливания осколков. Обрезать и выбрасывать их пришлось старшему офицеру с горнистом. Затем сзади рубки загорелись прорезиненные переговорные шланги и запасные ящики с 47-миллиметровыми патронами. Едкий дым повалил в рубку, и там невозможно было дышать. Шведе и горнист снова вышли из рубки на открытый мостик и стали выбрасывать за борт горевшие шланги и патроны, причем оба получили контузии от разрыва патронов. Загорелась коечная защита у прожекторов на крыльях мостика. Так как трюмно-пожарный дивизион был занят тушением больших пожаров в корме, то горнисту приказали сыграть сигнал «минной атаки» и вызвать прислугу мелкой артиллерии носового мостика из-под броневой палубы.
Из операционного пункта после перевязки пришел лейтенант Ларионов и начал помогать в управлении кораблем, но скоро снова был ранен в голову осколками и снесен в операционный пункт.
Около 4 часов снаряд не менее 8-дюймового калибра ударил в броню боевой рубки с правого борта ниже добавочных козырьков. Силой взрыва один броневой лист козырька был сорван со всех болтов и брошен внутрь боевой рубки, перебив доску со всеми переговорными трубами. Но избитый осколками штурвал продолжал работать исправно. На нем с начала боя бессменно стояли израненные и окровавленные боцман Копылов и рулевой Кудряшов. У Копылова было оторвано на руке два пальца и сделана на месте перевязка.