После захвата моджахедами власти в Кабуле в 1992 г. и начавшейся внутренней войны пакистанцы метались между Хекматиаром и Раббани, а затем создали движение «Талибан». Исламские фанатики-талибы при помощи инструкторов ИСИ и спецназовцев ССГ и «Чарут» в 1996 г. разгромили старых моджахедов и захватили Кабул. Пришедшие с талибами в афганскую столицу агенты ИСИ участвовали в установлении нового исламского порядка, а также присутствовали при пытках и казни талибами экс-президента Наджибуллы, захваченного в нарушение дипломатических законов в кабульской миссии ООН. В 1996 г. после падения Кабула переговоры со старыми моджахедами Раббани от имени талибов вел прибывший в Афганистан глава Федеральных сил безопасности Пакистана и пакистанского МВД Бабар, которого открыто называли «крестным отцом талибов». Позднее в таких же переговорах на стороне «Талибан» и его лидера муллы Омара участвовали новый начальник сил безопасности Хайдер и шефы ИСИ Ашраф и сменивший его в конце 90-х Махмуд. Во время наступления талибов 1998 г. на севере Афганистана сюда самолетами перебрасывали бойцов ССГ и группы «Чарут», которые помогали талибам брать Мазари-Шариф и Шибарган. Один из главных советников талибов из ИСИ, Гафур погиб в бою с моджахедами Шах-Масуда в Шибаргаие, среди пленных талибов масудовцы обнаружили и кадрового сотрудника ИСИ Навуза.
Жестко борясь с наркотиками в своей стране, пакистанская разведка была задействована в «афганском транзите» наркотиков в СССР и дальше в Европу. В середине 90-х, после устранения коммунистов в Кабуле, руководитель ИСИ Ашраф, глава Федеральных сил безопасности Бабар, а также пакистанский министр обороны Мирани организовали через Хекматиара, талибов, узбекскую и чеченскую мафию беспрерывный поток афганского героина на Запад. Вырученные деньги шли на нужды пакистанской разведки и на вооружение талибов.
Разведка ИСИ опекала группы террора: «Братьев-мусульман», алжирцев ИФС, индийских «Тигров Аллаха», таджикских ваххабитов, «Исламскую партию возрождения», палестинцев, чеченцев, тамилов ТОТИ, «Ислами-Джихад», «Аль-Кайду». На территории Афганистана, подконтрольной талибам, с ведома их пакистанских покровителей создавались тренировочные лагеря, самый крупный находился в Гильгите. В Пакистане проживали шейх Бен Ладен, разыскиваемый ЦРУ египтянин Юсеф, кашмирский командир «Харакат-МуДжаддеди» Асхар, командир чеченских террористов Басаев и другие фигуры калибром поменьше. Когда в 2000 г. лидер чеченских боевиков Яндарбиев, пребывавший в Пакистане под чужим именем и с поддельным паспортом, был арестован полицией, выручать его примчался сотрудник ИСИ Гази.
Практиковался выезд инструкторов на места базирования исламских террористов. Разведчиков ИСИ арестовывали в Бангладеш, в 2000 г. четверо пакистанцев высланы властями Кыргызстана за вербовку местных жителей, у чеченских боевиков в горах находился представитель пакистанских спецслужб Джафар.
Внутри самого Пакистана многие офицеры спецслужб поддерживали связь с подобными группами местных фанатиков, такими как «Джамаи-Ислами», «Сахиб», «Джамат-Фукра». Некоторые из них тайно входили в руководство этих организаций; так, сотрудник ИСИ Имтияз оказался неформальным лидером «Джамат-Фукра» в Лахоре.
В 2001 г. явному альянсу Исламабада и исламского террора пришел конец. После терактов в США и последующего ответа американцев в Афганистане правительство Мушарафа оказалось перед тяжелым выбором: либо братья по вере, либо дружба с США и долларовые кредиты. Проамериканский курс победил, недаром Мушараф еще в годы своего руководства пакистанской армией всячески поддерживал действия США в странах третьего мира. В 1992 г. по его приказу спецназ ССГ отправлялся вместе с американской «Дельтой» в Сомали для охоты на мятежников Айдида, при этом в ходе неудачной операции «Возрождение надежды» в засаде сомалийских партизан погибли 24 пакистанских «коммандос». Бывших союзников талибов и Бен Ладена попросту предали, позволив американцам в считанные дни разгромить их войска. Заодно были свернуты программы помощи чеченцам, алжирцам, арабам, узбекам и другим исламистам, под арест взяты лидеры боевиков из Кашмира во главе с Рахманом и Асхаром. Теперь ИСИ и Федеральные силы безопасности брошены Мушарафом на борьбу с радикальными исламистами, границы с Афганистаном перекрыты, а протесты исламистов в Исламабаде, Карачи, Кветте, Равалпинди, Пешаваре жестоко подавлены пакистанским спецназом, при этом убито более 50 демонстрантов. В армии и спецслужбах прошли чистки, сотни тайных и явных исламистов, таких как упомянутый ранее Имтияз, уволены из ИСИ, а некоторые даже арестованы за прямое участие в терактах. За слишком тесный контакт с исламскими организациями и поддержку талибов в 2001 г. расстались со своими постами шеф ИСИ Махмуд и глава МВД Хайдер, среди арестованных оказался и куратор пакистанского ядерного проекта Мехмут — отец пакистанского ядерного оружия, созданного в 1999 г.