Во времена руководства АСНБ Мербахом эту спецслужбу обвиняли в подавлении оппозиции президенту Бен Белле, а вовне — в тесных связях с арабскими террористами из ООП и НФОП, а также с партизанами фронта ПОЛИСАРИО в Западной Сахаре. Палестинцы и сахарские бедуины обучались на базах спецслужб Алжира, а затем забрасывались в Западную Сахару и на оккупированные Израилем территории Палестины. В рядах бойцов ПОЛИСАРИО марокканцы несколько раз уничтожали либо брали в плен советников из Алжира. Связной Алжира с палестинским фронтом освобождения НФОП Мохаммед Боудиа стал одним из членов главного командования этой организации, входил в группировку «Черный сентябрь», в 1973 г. он погиб во Франции от рук ликвидаторов из израильской разведки «Моссад».
Первые серьезные репрессии и расстрелы исламских митингов начались в Алжире в 1988 г. После того как Исламский фронт спасения (ИФС) резко усилил свои позиции в обществе и обзавелся боевыми отрядами из прошедших войну в Афганистане алжирских добровольцев, а позднее появились еще более радикальные террористические группы ГИА, ФИДА и «Аль-Киям», правящая партия ФНО и армия перешли в наступление на исламских радикалов.
Запрещенный ИФС ответил кампанией террора и партизанской войной в провинции, не затухающей до настоящего дня. АСНБ, Военная разведка и жандармы стали главной ударной силой в борьбе с исламистами. Только за 1992–1994 гг. убиты тысячи членов исламистских партий, включая священнослужителей. Несколько тысяч исламистов отправлены в концентрационные лагеря в пустыне. Резиденция ИФС в мечети «Кабул» разгромлена спецслужбами, лидеры ИФС Мадани и Бельхадж арестованы. Сменивший их во главе ИФС Хашени через несколько дней захвачен в мечети, убиты его охранники.
В ответ АСНБ проводила свои рейды устрашения, создав особые «летучие отряды» для ликвидации подпольщиков ИФС и группу спецназа «Нинья» (название было позаимствовано из древних японских легенд о супервоинах — ниндзя). «Летучих отрядов» АСНБ алжирцы боятся не меньше, чем исламских террористов, есть много свидетельств, когда члены таких групп похищали или убивали граждан по одному только подозрению в симпатиях ИФС, особенно в районах традиционно религиозной бедноты, таких как Касьба. Установлено, что массовые убийства исламистов происходили в лагере в Айн-Дефле, в тюрьме Серкаджи за одну ночь убито более 100 взбунтовавшихся активистов ИФС, в Беррауи — около 500. В тюрьме в 1994 г. убит один из лидеров ИФС — Шерати.
За 90-е годы на счету алжирских спецслужб около двадцати уничтоженных лидеров исламского движения. Убиты лидеры ИФС Хаттум и Местари, командир группы ФИДА Брахими, руководители ГИА Саид и Зитуни. После облавы в Касьбе АСНБ убит лидер бойцов ГИА Зуабри.
В ходе ответных актов ГИА уничтожены многие руководители спецслужб среднего звена, взорван автомобиль главы Военной разведки Неззара, тот чудом уцелел при взрыве. Неззар к этому времени был назначен министром обороны, а его место занял Медьен. В один год с Мербахом убит и временный президент страны Мохаммед Будиаф, на митинге в городе Анаба его прямо на трибуне застрелил сотрудник собственной охраны и офицер АСНБ Бумараф, тайный сторонник исламистов. Место покойного президента занял лидер военных и министр обороны генерал Зеруаль, уступивший свой пост во главе армии Неззару.
АСНБ организовала несколько акций против эмигрантского крыла ИФС, возглавляемого Кабиром, и заграничных ячеек ГИА. Членов ГИА захватывали в Марокко, в странах Ближнего Востока, во Франции, Швеции, Бельгии, Германии. Несколько активистов ГИА были убиты в Европе при невыясненных обстоятельствах. Руководитель ГИА за рубежом Атмани, близкий соратник Бен Ладена в его организации «Аль-Кайда», арестован западными спецслужбами на территории Боснии. Другой лидер ГИА, Лайяд, захвачен в соседнем Марокко.
Понемногу даже государства Запада, в первую очередь Франция, активно поддерживавшие диктатуру Зеруаля против ненавистных исламских фанатиков, ужаснулись размаху карательных акций спецслужб Алжира и начали сворачивать свою помощь тем в европейских операциях против эмигрантов. Когда в 1994 г. французский «Боинг» был захвачен в Алжире группировкой ГИА, французы запретили своим алжирским союзникам брать его штурмом. Зная об обычной тактике подтянутой на аэродром группы «Нинья» и спецкоманд АСНБ, они вполне обоснованно опасались за жизнь заложников. К этому времени АСНБ установила имена угонщиков и захватила всю семью лидера террористов Яхьи по кличке «Эмир», родственников Яхьи привезли в аэропорт, где обещали их убить, если террористы не сдадутся. Французы возражали против такого развития событий. После телефонной беседы со своим французским коллегой министр МВД приказал выпустить самолет из Алжира. Однако руководители «Нинья» послали своего министра по рации далеко-далеко и продолжали готовить штурм, который был отменен только после личного вмешательства алжирского премьер-министра Саифи. Эта задержка с вылетом стоила жизни повару французского посольства. После этой трагедии самолет вылетел в Марсель, где его освободил французский спецназ ГИГН.