В послевоенные годы при Камолове, а затем Зухурове КНБ обвиняли во вмешательстве в затяжной афганский конфликт на стороне местных таджиков из отрядов Раббани и Шах-Масуда. Из Душанбе антиталибской коалиции «Северный альянс» во главе с Раббани шли караваны оружия, а также приезжали таджикские инструкторы. Внутри самого Таджикистана продолжались репрессии против непримиримых оппозиционеров и исламистов. Были захвачены и подвергнуты пыткам члены радикального крыла ИПВ и еще более радикальной группы «Ислами-Хезби». Арестованы лидеры Демпартии Миррахимов и Собир. По восточной традиции спецслужбы Рахмоиова несколько раз брали в заложники и членов семей непойманных еще террористов и лидеров партизанских отрядов. Радикальная оппозиция в конце 90-х годов обвиняла КНБ и в убийствах некоторых своих лидеров, как, например, Латифи, ликвидированного в 1998 году.
Затишье послевоенных лет не раз нарушали заговоры внутри таджикских спецслужб. Особенно прославилась элитная спецназовская «Бригада быстрого реагирования», возглавляемая героем боев с исламистами 1993 г. полковником Худойбердыевым. В 1996 г. в бригаде начался мятеж, ее бойцы во главе с полковником отказались подчиняться Рахмонову и захватили Тавильдару, разогнав местные вооруженные криминальные группировки. Заблокированные правительственной армией спецназовцы Худойбердыева после долгих переговоров вновь вошли в подчинение руководству министерства обороны и президента и были посланы искоренять партизанские гнезда непримиримых из ИПВ в долине Вахша. Но в 1997 г. Худойбердыев вновь решил, что его обманули, и снова его бригада повернула оружие против правительства. Спецназ пошел на Душанбе, угрожая свергнуть Рахмонова, но по дороге был блокирован в Курган-Тюбе армией и элитным подразделением «Оперативный полк» во главе с Касымовым. После долгого боя мятежный спецназ был разгромлен, Худойбердыев вместе с несколькими верными бойцами бежал в горы. Из оставшихся у него в подчинении остатков бригады и недовольных центральной властью узбеков на окраинах Таджикистана он сформировал новый партизанский отряд и в 1998 г. захватил на некоторое время крупный город Ходжент. После разгрома Худойбердыев и его сподвижник Абдулоджонов бежали в Узбекистан, где нашли приют под крылом местных спецслужб. Необходимо отметить, что и при подавлении мятежа «Бригады быстрого реагирования» в Курган-Тюбе, и при зачистках в окрестностях Ходжента и в селах восставших узбеков правительственный спецназ «Оперативного полка» и КНБ проявили неадекватную жестокость, убивая пленных мятежников десятками. Но Таджикистан к этому уже привык: так же в середине 90-х зачищали и Вахт, и Памир, и Курган-Тюбе, и Айни, и Гарм. Полковник Худойбердыев до сих пор находится в розыске, а его элитная бригада после мятежа распущена.
Туркменистан
«Пастух без палки не бывает».
Спецслужбы Туркменистана — самые дисциплинированные и преданные вождю всех туркмен, они беспощадны к внутренней оппозиции. На основе бывшего республиканского КГБ в 1991 г. создан КНБ (Комитет национальной безопасности), его основателем и первым руководителем был Саидов. При созданном в 1992 г. Генштабе армии Туркменистана основан свой орган военной разведки — Разведывательный отдел. Обе спецслужбы сразу наладили хорошие связи с российскими ФСБ, СВР и ГРУ, а также со спецслужбами стран-соседей по среднеазиатскому региону, что помогло им в дальнейшем в операциях против своих оппозиционных изгнанников. Другим важным стратегическим партнером стала этнически и религиозно близкая Турция.
Внутренний режим в Туркменистане суров. Немалая заслуга І этом принадлежит КНБ, проводившему в 90-е годы суровую «профилактическую работу» с внутренней оппозицией. Главными организаторами удушения инакомыслящих объединений считают Саидова и сменившего его на этом посту Атамурадова. Почти все видные представители оппозиционных партий «Агзыбирлик», «Туркменистан», Демпартии либо находятся в изоляторе КНБ, либо скрываются в эмиграции.