Хорватские спецслужбы в балканских войнах 90-х годов отличались ужасающей жестокостью к сербам и мусульманам. В карательных рейдах против сербов в Крайне и мусульман в Герцеговине участвовал созданный в 1991 г. хорватский спецназ — группы АТИ, «Тигр» и «Пума». Кроме того, в Герцеговине спецслужбы поддерживали террористов из самопровозглашенной республики Герцег-Босна, боевиков ХВО и «Черной мамбы». УЗНБ и Военная разведка поставляли в Боснию оружие и участвовали в переправке в Европу наркотиков. Приказ на эти операции давали основатель УЗНБ Шпегель, впоследствии министр обороны Хорватии, а также сменивший его глава УЗНБ Больковац. Когда хорватский военный разведчик Ягор осмелился рассказать об этом прессе, УЗНБ устроило охоту на него, вынудив скрыться и покинуть страну. Так что и в Сербии, и в антагонистической ей Хорватии процесс становления новых спецслужб (или, скорее, реанимации в национальных границах бывшей УДБА) проходил почти одинаково. Только к 2000 г. после смерти Туджмана произвол Военной разведки и УЗНБ немного стих. Кое-кого из военных разведчиков новый президент Стипе Месич отправил в Гаагу — отвечать перед международным трибуналом. Говорят, что у Месича были с ними старые счеты: в годы его пребывания в оппозиции к Туджману на него было совершено покушение, которое также приписывали хорватским спецслужбам.
Следующая отделившаяся от СФРЮ в 1991 г. республика — Босния так толком и не сформировалась в цельное государство, существуя в практически перманентной гражданской войне сербов, хорватов и мусульман. Хотя центральное мусульманское правительство Изетбеговича в Сараево успело сформировать свою контрразведку — СУБ (Управление безопасности), военную разведку, президентскую охрану и тайную полицию — Департамент исследований, но все они действовали в пределах окруженного сербами Сараево и нескольких мусульманских анклавов. Считать их спецслужбами можно с большой натяжкой.
Тем не менее они ответственны за гибель тысяч сербов, покушения на сербских лидеров и связи с исламскими террористами, включая «Хезболлах», «Братьев-мусульман», египетскую «Гамах-ислами», «Аль-Кайду» Бен Ладена и другие подобные группировки. Боснийский агент Ченгич, бывший во времена единой Югославии разведчиком УДБА, организовывал поставку оружия в Боснию в обход эмбарго и попутно вел переговоры с террористами на Ближнем Востоке о вербовке в Сараево боевиков. Затем Изетбегович назначил Ченгича заместителем министра обороны и лишь под давлением Запада уволил его. Запад также добился и смещения главы боснийской тайной полиции Алиспахича, в 1991–1995 гг. на этом посту он занимался вербовкой террористов и собственным обогащением через контрабанду продуктов в окруженное Сараево и наркоторговлю. Изетбегович был вынужден перевести Алиспахича на работу в МИД Боснии, А сменивший его бывший заместитель Углен в 1996 г. убит в Сараево при разделе сфер влияния тайной полиции с мафией.
Также под давлением США боснийские спецслужбы стали выгонять засидевшихся в их стране наиболее известных и разыскиваемых моджахедов и террористов. В 2000–2001 гг. по приказу главы СУБ и МВД Боснии Бесича были аннулированы боснийские паспорта многих афганцев, иранцев и арабов, за исключением тех, кто успел жениться на боснийских мусульманках. А некоторые из террористов, бывших в розыске Интерпола, арестованы СУБ и переданы западным странам, например Белькасем из «Аль-Кайды», алжирец Атмани из группы ГИА.
Успели боснийцы засветиться и в ликвидациях собственных перебежчиков: в 1994 г. в бельгийском Льеже в своем автомобиле убит босниец Пражина, скрывшийся от бывших коллег, присвоив средства на покупку оружия для войск Изетбеговича.
Боснийские спецслужбы действовали только в условиях войны, и считать их полноценной разведсистемой было бы неправильно.
Словения, вышедшая из СФРЮ первой и почти бескровно, оказалась самой спокойной. В стране три спецслужбы: СДБ (Служба госбезопасности), Военная контрразведка и Информационная служба (внешняя разведка).
Известно лишь два небольших скандала, связанных с ними: участие группы военных контрразведчиков в нелегальной торговле оружием, организованной министром обороны Янеши, и заявление известного правого словенского политика — Еланчича о том, что еще в конце 80-х офицеры УДБА словенской национальности втайне создавали будущие спецслужбы независимого государства и при этом шантажом заставили Еланчича привлекать к работе на них словенских эмигрантов в Европе. Еланчич назвал имена бывших «удбашей»: Розмана, занявшего высокий пост в СДБ, и Лукича, основавшего в 1991 г. и долгие годы возглавлявшего Военную контрразведку Словении.