В 1983 г. командир спецназа ХАД Башир в ходе рейда в тыл моджахедов попал в плен и был жестоко убит, сменивший его Бадам, по воспоминаниям Абдуллаева, в 1986 г. обвинен в работе на моджахедов; его расстреляли в тюрьме ХАД Пули-Чахри.
К 1986 г. не справлявшегося с ситуацией Кармаля афганские коммунисты по совету Москвы заменили Наджибуллой. Как и все главы государств, пришедшие на этот пост после руководства разведкой, Наджибулла не оставлял свои спецслужбы без личной опеки. Во главе ХАД он поставил Камеля, а затем еще более преданного Якуби, которого афганцы называли «цепным псом Наджиба», а во главе отдела ХАД по своей охране, по примеру Амина, — родного брата Ахмеди. Лишившись в 1989 г. поддержки выведенной из Афганистана Советской Армии, а также почти всех инструкторов КГБ — ГРУ, Наджибулла благодаря верным ему армии и ХАД продержался у власти до 1992 г. Он попытался провести некоторые реформы внутри спецслужб, особенно после того, как к моджахедам перебежали министр обороны Танай и начальник Разведуправления армии Халиль. ХАД в последние два года своей деятельности именовалось ВАД (Отдел госбезопасности), что мало изменило характер его работы.
Падение Наджибуллы стало в 1992 г. катастрофой для бойцов ХАД и военных разведчиков. Последний шеф ХАД Якуби застрелился в окруженном моджахедами Кабуле, сотни хадовцев были убиты исламистами после взятия столицы. Некоторые из них успели перебраться в Россию (Сепахи, Фарух, Омар, Мохаммад, экс-начальник КАМ Сарбари, бывший сотрудник ХАД и затем глава МВД Ватанджар и др.). Торгуя на московских и сибирских рынках вместе с другими «бывшими», они зарабатывали свой хлеб на чужбине. Другие, как Вахидулла или Моманд, бежали в Европу. Экс-начальник ХАД Камель и начальник кабульского управления ХАД Ходжа скрылись в Индии. Были и такие, кто перешел на службу моджахедам Шах-Масуда или в разведку узбекского генерала Дустума. Сам Наджибулла укрылся в миссии ООН в Кабуле, но в 1996 г. при взятии столицы талибами его вместе с братом Ахмеди схватили и после пыток повесили на кабульской площади. Смерть Наджиба подвела черту под историей социалистического эксперимента в Афганистане.
С захватом власти моджахедами в 1992 г. гражданская война не прекратилась, начались бои разных партий джихада. Многие из них, еще находясь в оппозиции, создали свои разведывательные органы. Лучшей разведкой считалась секретная служба партии Хекматиара «Сакхар» («Лучшие слуги Аллаха»), основанная с помощью пакистанской разведки в 1982 г. и занимавшаяся сбором разведданных, диверсиями против советских войск и Царандоя, ликвидацией активистов НДПА на местах. В 1992 г. моджахеды формально создали единое правительство президента Бурханудцина Раббани, Хекматиар стал премьер-министром, а знаменитый «лев Пандшера» Шах-Масуд — министром обороны. Но новые хозяева страны не распускали свои вооруженные отряды, воюя друг с другом, с шиитами, фанатиками «Талибана» и узбеками бывшего наджибовского генерала Дустума. По сути, их спецслужбы, как и у боснийцев, в условиях войны не сумели сформироваться в нечто постоянное и цельное. Хотя при Раббани в 1992–1996 гг. действовала Исламская служба безопасности во главе с Абдулхаком, убитым позднее в боях с талибами, и Военная разведка во главе с генералом Фахимом, костяк которой составили бывшие сотрудники подпольной «Сакхар» и других моджахедских разведок.
Они совершали массовые казни чиновников бывшей ДРА, организовывали диверсии против мятежных узбеков Дустума, пуштунов и талибов, а также поддерживали осевших на севере страны исламских мятежников и террористов таджикской Исламской партии возрождения. Лидеры таджикских боевиков Киеметдин, Нури, братья Садировы укрывались на афганской территории с ведома моджахедов, как и некоторые представители чеченских боевиков, узбеки «Хезба-Тахрири», кашмирские и арабские террористы. Здесь «братьев по вере» обучали сотрудники служб безопасности Раббани и созданный при военной разведке моджахедов спецназ «Аист», возглавляемый диверсантом по кличке «Конфу». Все это продолжалось до 1996 г., пока талибы не выгнали всех старых моджахедов из Кабула и их примирившиеся наконец вожди не засели на севере под прикрытием Пандшера и войска Шах-Масуда.
Талибы во главе с муллой Омаром также пытались создать собственные спецслужбы: военную разведку, Службу безопасности «Талибана» и «Министерство порока и добродетели», исполнявшее роль тайной религиозной полиции. Методы их были столь же жестоки, как и у ХАД или охранки Раббани. Привлекая на свою сторону радикальных исламистов всего мира («Аль-Кайду» Бен Ладена, ХАМАС, кашмирцев, узбеков Джумы Намангани, уйгуров, чеченцев), талибская разведка организовала против «Северного альянса» моджахедов Раббани серию терактов, включая убийство арабскими наемниками из «Аль-Кайды» знаменитого полководца северян Шах-Масуда. Два марокканских араба осенью 2001 г. под видом журналистов проникли в штаб северян в Тол у кане и взорвали Масуда вместе с собой зарядом динамита. После разгрома следующей зимой талибов их спецслужбы разбежались, а руководитель