При помощи французов и американцев, опираясь на военное присутствие США, президент Нго Дин Зьем установил в Южном Вьетнаме жесткую диктатуру армии и спецслужб. В противостоянии с северными коммунистами Нго Дин Зьем дал своим спецслужбам неограниченные полномочия. И СИО (Секретная разведывательная организация) — орган разведки и контрразведки южан, и ПРУ (Провинциальное разведывательное управление) — орган борьбы с подпольем и тайная полиция, действовали против оппозиции и сторонников Хо Ши Мина крайне жестоко, шокируя даже своих инструкторов из ЦРУ.
В порядке вещей были массовые похищения и убийства заподозренных в работе на северян, пытки в Следственном центре ПРУ на острове Дракона. Специально для этих целей ПРУ и СИО совместно с ЦРУ создали мобильные отряды антитеррора «Феникс» (по-вьетнамски: Фыонг-Хоанг), совершавшие карательные рейды по сочувствующим коммунистам селам и уничтожавшие недовольных. Руководитель «Феникса» Чао Тран, впрочем, сам в 1970 г. был заподозрен в связях с Северным Вьетнамом, снят с должности и чудом избежал ареста. Такие же спецназы в южновьетнамской армии «Раф-Паф», «Бьет-Хай», «Лиендон» и боевые пловцы группы «Лягушки» участвовали вместе с американцами в рейдах против партизан Вьетконга, в Северный Вьетнам, Камбоджу, Лаос.
После объединения Вьетнама выяснилось, что Чао Тран действительно работал на спецслужбы Хо Ши Мина, в которых видное положение занимал его родной брат. Поэтому Чао Тран, несмотря на свое руководство «Фениксом», не был в едином Вьетнаме казнен. Как и немногие помилованные после победы сотрудники СИО, такие как Лак Лонг, он рассказал массу компрометирующих южновьетнамские спецслужбы деталей. В частности, об их причастности в 1963 г. к свержению и убийству в результате армейского путча президента Южного Вьетнама Нго Дин Зьема и установления власти марионетки США Тхиеу. Или о расправах со своими же попавшими под подозрение сотрудниками: офицер СИО Тай Хок Хунг, заподозренный в измене, был передан американским «Зеленым беретам» и после пыток ликвидирован. В оличие от Чао Трана большинство южновьетнамских разведчиков и сотрудников ПРУ либо бежали с уходящими американцами, либо были убиты победителями.
Что касается северян — разведкой у них занимались Главный политический департамент (по-вьетнамски разведка называлась просто: Ту-Be) и Национальный комитет безопасности (военная разведка и контрразведка). Они создавали дублирующие службы Ту-Be и среди партизан Вьетконга на территории Южного Вьетнама.
За годы войны на южные территории были заброшены сотни диверсионных групп. Разведывательно-диверсионная сеть действовала в Сайгоне, ее возглавлял резидент Ту-Be Тран Кон Хьен. Диверсии против американцев также считались приоритетом, например знаменитый налет на базу США в Плейку. За диверсии в тылу противника в войну отвечали такие асы времен подпольной войны с французами, как генерал Во Нгуен Зиап (автор знаменитого пособия партизан «Народная война»), старый соратник Хо Ши Мина — Бао Кей, будущий глава Национального комитета безопасности Ле Дык Ань.
Специально для диверсий и террора в тылу у хошиминовцев существовал спецназ «Дак-Конг», возглавляемый Бао Кеем, и боевые пловцы-диверсанты 126-го полка. Группа «Дак-Конг» взорвала в Сайгоне посольство США и отель «Бринк». В 1964 г. под Сайгоном они готовили в аэропорту покушение на прибывшего во Вьетнам министра обороны США Макнамару. Боевые пловцы взрывали американские военные корабли в портах Хайфона и Камрани, в том числе потопили в 1964 г. авианосец «Кардж».
В течение всего времени войны северовьетнамская разведка действовала в контакте с КГБ и ГРУ. В частности, им передавали после допросов пленных американских солдат и сбитых над Ханоем летчиков, многие из которых прошли застенки вьетнамской госбезопасности «Хоа-Лоа» (Дыра в ад) в Ханое.
После объединения Вьетнама в СРВ (Социалистическую Республику Вьетнам) продолжали функционировать те же спецслужбы. К ним добавилось Министерство общественной безопасности — политическая и криминальная полиция. Сохранились и спецназ «Дак-Конг», и боевые пловцы в армии. Но армия обзавелась еще и тремя оперативными полками госбезопасности, а в 1980 г. было создано независимое подразделение антитеррора «Чии-Сат» (аналог советской группы «Альфа»), подчинявшееся министру обороны.
Начиная с 1975 г. активность спецслужб Вьетнама была направлена на подавление оппозиции внутри страны и против «контрреволюционной эмиграции» за ее пределами. При этом вьетнамская разведка и политическая полиция действуют так же жестко, как в годы войны.