Неудача подготовленного ЦРУ десанта «гусанос» в Заливе Свиней и обнародование в прессе планов убийства Кастро вызвали первый в Соединенных Штатах серьезный скандал вокруг ЦРУ. Президент Кеннеди был вынужден отправить в отставку Аллена Даллеса и начальника отдела спецопераций Бисселла. ЦРУ притихло, но с приходом к власти сторонника жесткой линии Хелмса все возвратилось на круги своя. После отстранения Хелмса (1973 г.) Госдепартамент предъявил ему обвинение в очередном покушении на Кастро и поддержке переворота Пиночета в Чили, Хелмс был отозван со своего нового поста посла США в Иране и за ложные показания конгрессу о своей работе в ЦРУ условно осужден.
ЦРУ во время правления Хелмса действительно напоминало «отбившихся от стада слонов», по меткому выражению расследовавшего злоупотребления в ведомстве Лэнгли сенатора Черча. Помимо поддержки путчистов Пиночета и кубинских эмигрантов-террористов, ЦРУ было причастно к терактам по всему миру. В Колумбии ликвидировали занимавшего антиамериканскую позицию сенатора Гайтана. В Марокко резидент ЦРУ Лорекью увлек главу королевских спецслужб генерала Уфкира идеей похищения в Париже и ликвидации руководителя левой марокканской оппозиции Бен-Барки (операция «Кожаный мешок», в ходе которой союзников из французской разведки СДЕКЕ уговорили оказать содействие марокканцам).
В 1967 г. в ходе совместной операции «Сафари» ЦРУ и ДИА помогли властям Боливии изловить и казнить врага США Че Гевару. В охоте на легендарного Че советниками боливийцев были резидент ЦРУ в этой стране Колкхоун и инструкторы ЦРУ Скерроу, Уэббер, Прадо. Приданный боливийцам отряд спецназа США возглавлял командир «Зеленых беретов» Шелтон.
На годы руководства Хелмсом ЦРУ пришелся и период вьетнамской войны, в которой американские спецслужбы были задействованы особенно активно. В 1965 г. их резидент в Сайгоне Конин был причастен к перевороту, закончившемуся смертью южновьетнамского президента Нго Дин Зьема. В дальнейшем на счету ЦРУ, ДИА и спецназовцев «Зеленых беретов» или СЕАЛ — сотни ликвидаций вьетнамских граждан, заподозренных в симпатиях к Вьетконгу. О рейдах «Зеленых беретов» во главе с тем же Шелтоном или боевых пловцов «Тюленей» из СЕАЛ рассказали их бывшие участники Марчинке и Ван-Баскирк, командовавший в ходе операции «Попутный ветер» группой «коммандос», проникших в Лаос и уничтоживших там базу Вьетконга вместе с несколькими американскими перебежчиками в 1970 г. Пиком же стало участие ЦРУ вместе со спецслужбами Южного Вьетнама в программе «Феникс», когда сотрудники ЦРУ участвовали в массовых похищениях, пытках и убийствах вьетнамцев. Даже в воспоминаниях участвовавших в «Фениксе» ветеранов ЦРУ Полгарда, Конмора, Макги (до этого помогавшего в подобной программе тайной полиции Индонезии), Картоша звучит осуждение, например, когда они рассказывают о наездах в центры «Феникса» главного представителя ЦРУ во Вьетнаме Колби, требовавшего отчетов о количестве уничтоженных коммунистов. Впоследствии именно Уильям Колби в 1973 г. сменит Хелмса на посту главы ЦРУ.
60-е годы ЦРУ полагало славной эпохой крестового похода против коммунистов: люди типа Хелмса и Колби олицетворяли основные настроения. Ветераны УСС способствовали превращению ЦРУ в закрытый клуб. Такими были и Колби, и Эдвардс, и Розитски, и Майлер, и главный «охотник на кротов» внутри ЦРУ Энглетон. Пользуясь безграничным доверием Даллеса, а затем и Хелмса, Джеймс Энглетон, в чьи обязанности входила внешняя контрразведка и внутренняя безопасность ЦРУ, получив соответствующие сведения от советского перебежчика Голицына, начал в 60-е годы беспрецедентный розыск советских шпионов внутри Лэнгли, а затем и в спецслужбах союзных стран Запада. В результате операции «Хоутнол», в которую охотно втянулось и ФБР, под подозрение попали даже высокопрставленные руководители спецслужб, по подозрению уволены ценные оперативники, едва ли не парализована работа разведок США, Великобритании, Франции, Канады, ЮАР, Норвегии. Когда дело зашло слишком далеко, с Эиглетоном распрощались, но и умирая в 1986 г. от рака, он утверждал, что раскрыл всепроникающий заговор красных. Новые шефы ЦРУ Колби, Маккон, Тернер, Буш, Кейси, Гейтс понемногу избавились от фанатиков «славных времен».