операция «Лисья нора». Предотвращение покушения на французского союзника Гитлера Петена. Связана с разгромом группы Сопротивления в Виши;
операция «Цеппелин». Подготовка группы русских власовцев для покушения на Сталина в Москве; заброшенная в СССР группа Таврина ликвидирована НКВД на дальних подступах к столице;
операция «Орел», 1943 г. Подготовка совместно с Абвером покушения на Черчилля в Лондоне; заброска группы диверсантов Штайнера. Отменена Скорцени в последний момент в связи с поступившими известиями об отъезде Черчилля из города;
операция «Дальний прыжок», 1943 г. Подготовка покушения на Сталина, Черчилля и Рузвельта во время их встречи в Тегеране. Группе диверсантов фон Пфлюга удалось проникнуть в Иран, но заложить бомбу во дворце заседаний они не успели в связи с изменой их иранского агента Эбтехая;
еще одна неудачная попытка организовать покушение на Черчилля, на сей раз руками арабских террористов в ходе ближневосточного визита премьер-министра Великобритании;
операция «Бернгард». Наводнение рынка стран — противников Германии фальшивыми долларами США;
операция «Гриф», 1944 г. Диверсии в тылу высадившихся в Европе американских войск в Арденнском лесу;
попытка выброшенной группы десанта ликвидировать маршала Тито вместе с его партизанским штабом в югославском Дрваре;
вывод из окружения главы украинских оуновцев Бандеры вместе с его штабом;
операция «Микки». Отстранение от власти в Венгрии регента Хорти, начавшего секретные переговоры с союзниками о выходе из войны. Хорти был похищен Скорцени и вывезен в Германию, а у власти в Венгрии поставлен надежный премьер-министр Салаши. «В октябре 1944 г. Отто Скорцени прибыл в Будапешт. Ему поручено организовать государственный переворот, так как венгерский регент Хорти намеревался заключить сепаратный мир с союзниками. 10 октября Скорцени организовал похищение коменданта Будапешта Бакаи, на другой день командующего венгерской Дунайской флотилии Хардаи, а затем очередь дошла и до Хорти-младшего. Он нужен был как заложник, чтобы его папа не вздумал перекинуться к союзникам… На следующий день Скорцени организовал штурм правительственной резиденции. Правительство лишилось охраны й было свергнуто»[14].
Крупной операцией «Зондерреферата» Скорцени стал «Пеликан» — организация диверсий против американцев и англичан на их территории, взрывы военных объектов и оборонных заводов этих государств. Совместно с РСХА в «Пеликане» был задейстован и Абвер, отвечавший за заброску диверсионных групп морским путем с подводных лодок. Подробно об операции «Пеликан» рассказал после выхода из американской тюрьмы ее куратор из СД Гимпель в своей книге «Шпионы для Германии». Гимпель по приказу Шелленберга и Скорцени готовил неосуществившиеся взрывы Гибралтарского порта и Панамского канала, а во время рейда в США был арестован ФБР и освобожден только после войны. Также в США были арестованы и казнены возглавлявшие группы диверсантов с моря'Керлинг и Нойбауэр (бывший олимпийский чемпион по борьбе в составе германской сборной). Ликвидирована такая же группа Даша, диверсионная сеть Риттера, руководитель еще одной группы диверсантов, фон Остерц, нелепо погиб после высадки в США в дорожно-транспортном происшествии — его сбил автомобиль. В Великобритании, где также взорваны несколько военных объектов в Эссексе и военный корабль «Ройял», арестованы и казнены германские диверсанты отдела Скорцени — Дурке и Петтер.
В конце войны «Пеликан» трансформировался в «Пасториус». Скорцени и помогавшие ему диверсанты Абвера Каппе и Астор планировали взорвать плотину Ниагарского водопада, вызвав колоссальные разрушения в США, а также протаранить ракетой ФАУ с пилотом-смертником небоскребы в Нью-Йорке. Надвигавшееся фиаско рейха не позволило осуществиться этим планам, хотя пилот-смертница Райсс уже прошла соответствующую подготовку. Спустя полвека план Скорцени сумели реализовать исламские террористы Бен Ладена.
Отдел Скорцени координировал свою деятельность с Абвером и в ходе других секретных операций. Например, акция «Француз» в 1942 г., тогда под кураторством Скорцени и Грайфа удалось взбунтовать против агличан часть кочевых племен в Иране, или, скажем, операция поддержки диверсантов Франко в испанской войне, курируемая офицером Абвера Миллибраном.
Внутри Абвера существовал такой же отдел, как у Скорцени в РСХА. Возглавляли его по очереди фон Гиббель (ранее диверсант Абвера в Африке), Каппе, Хертцер, фон Лахонсен (бывший главный диверсант австрийской разведки, после аншлюса Австрии переведен, как и ряд других земляков Кальтенбруннера, в спецслужбы рейха, в 1944 г. участвовал в заговоре против фюрера и конец войны встретил в концлагере). Этому отделу подчинялись специальная группа диверсантов (группа А) во главе со Штольцем и полк диверсантов «Бранденбург-800» под командованием фон Гиббеля, а затем Пфальштеда.