Все индийские спецслужбы специализировались на тайных акциях против соседнего Пакистана, особенно в ходе военных конфликтов 1966 г. и 1971 г. В тылу пакистанцев работали подпольные группы; так, созданный из горцев спецназ «Снежные львы» не раз вторгался в пределы Пакистана для преследования исламских террористов из Кашмира. В 1971 г. во время такого вторжения в Бангладеш в боях с исламистами, пакистанцами и бенгальцами у Читтагонга погибло 60 тибетских бойцов этой группы. Подобные операции проводились и против Китая во времена тибетского конфликта 1968 г. В Индии укрывались тибетские сепаратисты, ведущие вооруженную порьбу против власти Китая в Тибете, индийские инструкторы обучали их диверсиям и охотно набирали эмигрантов из Тибета в группу «Снежных львов». В индийском Дарамсале создан штаб вооруженной тибетской эмиграции, здесь же скрывался от китайцев тибетский далай-лама Тенцинг Гьяо.
Иметь уникальный спецназ из горных тибетцев и непальских наемников — гуркхов оказалось полезно и внутри страны. Диковатых и не понимающих языка населения горцев было удобно бросать на подавление социальных или национальных волнений. «Снежных львов» использовали при подавлении оппозиционных выступлений в Сарасаве в 1977 г., в Патне в 1978 г., при расстрелах бунтующих сикхов в штате Пенджаб в 80-е годы. В 1988 г. в ходе индийского вторжения на Мальдивские острова «Снежные львы» стреляли и в местное население.
Главной целью активных действий спецслужб в самой Индии стали индуистские фанатики, исламисты, сепаратисты Пенджаба, Кашмира, Ассама, Тамилнада, Бенгалии, Нагаленда и других разноязыких территорий. Против лидеров сепаратизма спецслужбы применяют тайные похищения и пытки, захваты в заложники их родственников, тайные убийства в Индии и в эмиграции. Родственники сикхских террористов в Пенджабе захватываются ССИ и ЦБР в заложники при каждом удобном случае. В селах Пенджаба в ходе карательных рейдов «Ассамских стрелков», «Снежных львов» и «Черных котов» уничтожались крестьяне, подозреваемые в связях с сикхскими террористами.
Такие же кровавые рейды в 1977–1980 гг. прошли в штатах Трипур и Ассам, а также в мусульманских селах Джамму-Кашмира.
В 1992 г. с риском для жизни заложников «Черными котами» убит кашмирец, захвативший самолет в Амритсаре. В 1994 г. при расстреле в столице демонстрации индуистов из партии «Бхаратия-Джаната» выстрелом в упор ранен в голову председатель партии и депутат парламента Джоши.
Главной ареной борьбы с сепаратизмом стал Пенджаб с его непокорной общиной сикхов, требующей создания независимого сикхского государства Халистан. Пик противостояния пришелся на 1983 г., когда премьер-министр страны Индира Ганди приказала спецслужбам одним ударом покончить с сепаратизмом сикхов. В ходе жестокой атаки спецназа «Черных котов» и «Снежных львов» на сикхскую святыню — Золотой храм в Амритсаре — застрелены сотни верующих сикхов, включая их духовных вождей Бхиндравале и Амика. Пленных сикхов «Черные коты» расстреливали во дворе захваченного храма: так был убит бывший герой войны с Пакистаном Шухбег Сингх. Позднее акции против сикхов в храме повторялись в 1986 г. и 1989 г. В отместку Сатвант Сингх и Беант Сингх, внедренные в охрану премьер-министра, застрелили Индиру Ганди в 1984 г. на пороге ее резиденции. Оба террориста расстреляны вскоре после их ареста сотрудниками Службы охраны правительства, по Пенджабу прокатились погромы сикхов. В отместку за гибель Индиры Ганди индусами с молчаливого согласия спецслужб, в Амритсаре, Лудхиане, Дели убиїо несколько сот сикхов, включая женщин и детей, тысячи искалечены.
Не меньшую жесткость спецслужбы проявили и в действиях против тамилов в штате Тамилнад на юге страны после убийства местными террористами сына Индиры и нового премьера Раджива Ганди в 1991 г. После взрыва бомбы террористов тамильской группы ТОТИ на митинге в Мадрасе, разорвавшего младшего Ганди на куски, карательные действия в Тамилнаде продолжались до тех пор, пока спецназ не выследил и не уничтожил организатора теракта Сиварасана и его соратников.
Само убийство Раджива Ганди, как и в случае с его матерью, стало ответом на антитамильские действия Индии в Шри-Ланке. До 1985 г. индийцы не вмешивались в конфликт властей Шри-Ланки с сепаратистами «Тигров освобождения Тамил-Илама» (ТОТИ), в Дели даже закрывали глаза на присутствие боевиков ТОТИ в тамильской общине индийского штата Тамилнад, где открыто действовали лагеря подготовки боевиков. В 1986 г. Раджив Ганди вмешался в войну на стороне ланкийского правительства, начав преследовать ТОТИ у себя в стране, а в Шри-Ланку отправил для охоты на «тигров» свой спецназ. При этом инструкторы индийских РУ, ССИ и военной разведки ИАО помогали ланкийской разведке выслеживать и ликвидировать тамилов на Цейлоне и в эмиграции.