При правлении Лерона, который приходил к власти дважды, спецслужбы обвиняли в репрессиях, а также в укрывательстве на территории страны военных преступников из числа немецких национал-социалистов (Эйхман), хорватских «усташей» (Павелич, Сакич, Ройница) и других. При правлении военной хунты в 1976–1982 гг. сотни аргентинцев были похищены из своих домов или с улицы, арестованы без санкции, допрашивались с применением пыток и зачастую ликвидировались СИДЕ и военными разведчиками. Внутри Военной разведки был создан специальный отдел борьбы с подрывным элементом, против левых использовался отдельный «Антитеррористический корпус». В 1976 г. специально для таких действий создана «Команда № 332» во главе с морским офицером Акостой (его называли «Диким тигром»), которая конвейерным способом уничтожала недовольных.
В эти же годы СИДЕ и группа «Кондор» организовали ряд специальных акций против аргентинских изгнанников в Уругвае, США и Западной Европе. В 1982 г. «Кондор» подготовил во Франции ловушку для террориста Карлоса, которого планировали застрелить на месте, но опытный венесуэльский террорист ускользнул. В целом активность аргентинской разведки за рубежом была невелика. Кроме акций «Кондора» к ней можно отнести только диверсии «Коммандо-601» и боевых пловцов «Бузо-Тактико» против британских войск на Фолклендских островах во время войны 1982 г. в составе экспедиционного корпуса генерала Менендеса. Аргентинская армия была тогда явно слабее британской армады и в итоге уступила ей острова. Но закаленные в боях с левыми партизанами бойцы «Коммандо-601» и боевые пловцы-диверсанты оказались единственными, кто па равных бился с превосходящими силами ее величества. Тогда группа «Бузо-Тактико» во время дерзкой высадки на Фолклендах захватила в Порт-Стэнли местного британского губернатора Ханта, с чего собственно англо-аргентинская война и началась. Поражение Аргентины на Фолклендах подорвало силы хунты, вскоре ушедшей от власти. В конце 90-х годов обнаружилось участие аргентинских разведчиков в незаконной торговле оружием в воюющие Хорватию и Эквадор в обход эмбарго, за что были отправлены в отставку министр обороны Камиллион и множество военных и гражданских разведчиков.
При охоте на левых террористов из ФАР или союза перонистов «Монтонерос» спецслужбы привлекали своих «неформальных» союзников из тайных «эскадронов смерти» и «Альянса антикоммунистов». Некоторые офицеры Военной разведки и СИДЕ нелегально входили в 70-е годы в состав этих групп, участвуя в убийствах руководителей профсоюзов и левых партий. В ответ левые уничтожили в 70-е годы некоторых особо рьяных. В 1972 г. боевиками ФАР убит в городе Росарио начальник «Корпуса № 2» Санчес, а в 1973 г. — преемник Санчеса на этом посту Бериссо. Позднее ликвидирован полковник Кихадо, виновный в массовых пытках и убийствах политических заключенных. Наконец, руками террористов группы «Монтонерос» в Кордобе убит начальник Военной разведки генерал Ирабаррен. Другой известный выходец из Военной разведки, генерал Актис, в 1977 г. был назначен хунтой ответственным за безопасность чемпионата мира по футболу 1978 г., и тогда террористы нанесли правительству удар в самое сердце: Актис был ими застрелен по дороге на первое же заседание оргкомитета.
В 1995 г. и сам президент оказался в эпицентре скандала, связанного с участием некоторых разведчиков и жандармов в торговле оружием и взаимообмене информацией с криминальными структурами. Об осведомленности отца-президента в этих действиях его подчиненных открыто заявил и сын Карлоса Менема — Карлитос. В том же году Карлитос погиб при аварии вертолета. После того как из жизни при неясных обстоятельствах ушли несколько важных свидетелей и медицинский эксперт по этому делу, пресса заявила о возможной мести спецслужб Карлитосу. Эту версию поддержали инкогнито и несколько жандармских чинов, офицер Военной разведки Риззи, а также сотрудник СИДЕ Артони: все они уверяли, что с Карлитосом расправились их коллеги. Артони вскоре был застрелен неизвестными на пороге собственной квартиры.
После провала экономических реформ Доминго Кавальо и объявленного дефолта тысячи аргентинцев вышли в 2001 г. на улицы, штурмуя сенат и президентский дворец. СИДЕ, жандармерия и спецназ по приказу президента Деларуа расстреляли митинг в Буэнос-Айресе в декабре 2001 г., убив 20 и ранив более 100 горожан. Эти меры не помогли, Деларуа был свергнут, а исполнявшие его приказ сотрудники спецслужб и спецназа оказались под следствием.