Среди его несомненных достижений - восстановление практики регулярного созыва поместных соборов франкской церкви с участием не только епископата, но и высшей аристократии: до Бонифация такие соборы не собирались уже около полувека и не было даже ни одного архиепископа, чтобы их созывать. Теперь же на проведенном по его инициативе Германском соборе (Concilium Germanicum, 742/743) Бонифаций председательствовал как архиепископ и «посланник св. Петра» (missus Sancti Petri); цели его реформы, сформулированные на этом соборе - и подтвержденные на ряде последующих: Concilium Liftinense (743), Concilium Suessionense (744), Concilium Germanicum (745) и др., — заключались, прежде всего, в установлении подчинения франкских епископов Престолу Св. Петра в Риме (что официально было оформлено в виде принесения ими особой присяги на верность римским папам), установлении строгого подчинения франкского духовенства своим епископам, обеспечении периодического проведения соборов франкской церкви, введении во франкской церкви канонического и обрядового единообразия на основе римских традиций, введении для монахов в качестве единственно приемлемого устава св. Бенедикта («Regula Sancti Benedicti», ок. 540), повышении образовательного и морального уровня клира (включая запрещение духовным лицам принимать участие в войнах и охотах, и вообще носить оружие), издании законов, определяющих степень допустимого родства при вступлении мирян в брак и т.д. Хотя поначалу реформы Бонифация натолкнулись на сопротивление ряда высших иерархов франкской церкви и светской знати, на соборе в Суассоне 744 г., где присутствовало 23 епископа, были осуждены как еретики и обольстители народа наиболее энергичные их противники из среды духовенства - слывший чудотворцем галл Адельберт (Adelbertus), которого Бонифаций называл вторым Симоном Волхвом, и выступавший против безбрачия клира скотт Климент (Clemens), который открыто имел двух сыновей; данное решение Суассонского собора позднее было подтверждено и папой Захарией на синоде в Риме (Romana synodus). А на Германском соборе 745 г. Кёльнский архиепископ был провозглашен митрополитом, который в обязательном порядке отныне должен получать из Рима паллий — как символ его канонической власти, делегированной Св. престолом.
Таким образом, именно Бонифацию, безусловно, считавшему, что только римский вариант христианства является всецело каноничным и ортодоксальным, принадлежит историческая заслуга создания на востоке Франкского королевства (прежде всего, в германских землях) церковных структур, независимых (насколько это было возможно) от местной светской власти, но напрямую подчиненных римским папам как викариям ап. Петра; при этом закладывая основы церковной иерархии с центром в Риме, Бонифаций в то же время закладывал и фундамент становления средневековой христианской Европы как единого культурно-политического пространства. Однако всецелая верность Бонифация Св. престолу не мешала ему подвергать достаточно жесткой критике папские суждения по многим вопросам; а в одном из своих посланий папе Захарии он также негодует против языческих обычаев, распространенных в самом Риме, которые вызывали смущение и предубеждения у германских паломников.
Обозначенная политика римского централизма, которой придерживался Бонифаций, была ярким образом — еще со времен св. Августина, прибывшего непосредственно из Рима первого архиепископа Кентерберийского, — присуща в то время именно англосаксонской модели Церкви (не случайно просветитель Фрисландии и Германии, земель своих предков, постоянно получал существенную поддержку от живо интересовавшихся его делами соотечественников, которые снабжали его из Англии книгами и предметами церковной утвари, а также периодически пополняли собою ряды его сподвижников). И очевидно, что эта политика не могла не вступить в противоречие с характером духовного служения и образом жизни предшественников Бонифация на континенте - ирландских странствующих миссионеров и бродячих епископов, последователей св. Колумбана, фактически независимых в своих действиях от власти Св. престола. Следуя Беде Достопочтенному («Hist. eccl. gent. Angl.», V, 9), отчетливо различавшему и даже противопоставлявшему «жизнь странническую» (peregrina vita) и «апостольский труд» (apostolicum opus), Бонифаций видит свою миссию именно во втором, в «opus verbi», причем «по повелению Апостольского Престола»: а потому для него индивидуальные священники-пилигримы (святые в глазах христиан меровингской Галлии) или епископы, самостоятельно исполняющие свои обязанности не будучи включенными в официальную церковную иерархию и, соответственно, подчиненными вышестоящей администрации (а их существование являлось нормой согласно ирландской традиции), были в лучшем случае просто недисциплинированными клириками, а в худшем так и вообще еретиками. Соответственно, за указанными религиозными индивидуалистами следовало, согласно Бонифацию, устанавливать строгий надзор, в перспективе стремясь к недопущению возникновения их в будущем: дабы организованное, консолидированное, институциональное, стабильное, папское римское католичество победило самодеятельное, разрозненное, неиерархизированное, бродячее, анархическое католичество ирландское и европейское христианство было бы сохранено, взятое под надежную защиту Св. престола.
Весьма характерным в контексте сказанного является конфликт Бонифация с ирландским монахом Фергилом, который на тот момент под именем Виргилия был аббатом основанного ок. 697 г. св. Рупертом Зальцбургским монастыря Св. Петра (Monasterium Sancti Petri) в Зальцбурге, а затем прославился как епископ этого города св. Виргилий Зальцбургский (755/767 — 784), «апостол Каринтии» (Apostolus Carinthiae) и вероятный автор трактата «Космография Этика» («Aethici Cosmographia»,
VIII в.). Дело в том, что в связи с катастрофически низким уровнем образования в континентальной Европе того времени некоторые священники допускали грамматические ошибки даже в формуле таинства крещения, когда, например, вместо «...in nomine Patris et Filii... (...во имя Отца, и Сына...)» они произносили «...in nomine Patriae et Filiae... (...во имя Родины и Дочери...)». Бонифаций настаивал на том, что люди, которых крестили с использованием ложной формулы, крещеными (а значит, и христианами) не являются, и их следует крестить снова, теперь уже правильно. Виргилий же был против перекрещиваний, считая, что в данном случае имеет место не преднамеренное искажение вероучения и не ересь, а просто проявление безграмотности духовенства, которому следует лучше изучать латынь. Показательно, что папа Захария в своем послании Бонифацию от 746 г. выступил не на его стороне, но поддержал точку зрения Виргилия.
Интересно, что другой причиной конфликта Бонифация с Виргилием стало разделявшееся последним учение об антиподах, которые населяют четвертую часть света, расположенную к югу от экваториальной зоны: так, он полагал, «будто под землей есть другой мир и другие люди, свои солнце и луна». Возражая против данного мнения, Бонифаций указывал на то обстоятельство, что если океан, отделяющий южный континент от Северного полушария преодолеть, как многими тогда считалось, невозможно, то, следовательно, среди людей, населяющих этот континент, невозможна и проповедь Евангелия, что противоречит словам Христа: «Итак, идите, научите все народы...» (Мф. 28, 19); кроме того, упомянутые люди, что очевидно, не могут являться потомками Адама и Евы. Сказанное, с одной стороны, свидетельствует о хорошем знакомстве ирландца Виргилия с текстами Вергилия («Aeneis», VI, 640-641: «Solemque suum, sua sidera norunt») и Макробия («Commentarium in Somnium Scipionis», I, 9, 8: «Et nosse eos solem suum ac sua sidera»); с другой - о том, что познания тогдашних ирландцев относительно теорий языческих философов вызывали как зависть, так и подозрения и осуждения со стороны целого ряда их современников: так, автор одного из трактатов VIII в. предостерегал своих читателей от «многословной хитрости скоттов, мнящих, что они обладают мудростью, но утративших знание» («Chronica minora», III).