На теолого-философские взгляды Алана Лилльского, сконцентрированные вокруг вопроса о диалектическом соотношении тварного мира и Божества и в перспективе направленные на разработку богословия как систематической дисциплины, особое влияние оказали идеи Гильберта Порретанского и в целом те платонико-пифагорейские концепции, что культивировались в рамках Шартрской школы: теория человека как микрокосма; понимание Природы как посредницы между Богом и частными созданиями; специфический рационализм, ориентирующийся на наследие классической Античности, «ибо все латинское убого (quia latinitas penuriosa est)», и т.д. Среди наиболее авторитетных для Алана трудов можно назвать логические сочинения Аристотеля, специально, по его мнению, написанные автором, «запутывателем слов» (verborum turbator), так, чтобы трудность прочтения воспрепятствовала их общедоступности; псевдоаристотелевскую «Книгу о причинах» («Liber de causis», пер. до 1187), арабскую компиляцию из «Первооснов теологии» («Elementatio theologica») Прокла, которую Алан, первый На латинском Западе составивший к ней комментарий, называл «Афоризмами о сущности высшего блага» («Aphorismi de essentia summae bonitatis»); герметические и псевдогерметические трактаты («Asclepius», «Liber Hermetis», «Liber XXIV philosophorum»), «автора» коих, Гермеса Трисмегиста, Алан почтительно именовал «Совершенным Словом» (Logostileos, Verbum Perfectum); работу Боэция «Каким образом субстанции могут быть благими, в силу того, что они существуют, не будучи благами субстанциальными» («Quomodo substantiae in ео quod sint, bonae sint, cum non sint substantial bonae»), или «О гебдомадах» («De hebdomadibus»), где тот, разъясняя свой метод, заявляет, предваряя последующее содержание: «Итак, как делают обычно в математике, да и в других науках, я предлагаю вначале разграничения и правила, которыми буду руководствоваться во всем дальнейшем рассуждении (Ut igitur in mathematica fieri solet, caeterisque etiam disciplinis, proposui terminos regulasque quibus cuncta quae sequuntur efficiam)»; а также произведения Дионисия Ареопагита, Иоанна Скота (Эриугены) и Доминика Гундиссалина.
Так как, согласно убеждению Алана Лилльского, с одной стороны, в борьбе с религиозными воззрениями, противостоящими христианству и отрицающими доводы Откровения, бессмысленно обращаться к непризнаваемому их сторонниками авторитету Священного Писания и Святых Отцов, а с другой стороны, к истинам веры можно приблизиться и путем логически обоснованных рациональных доказательств, — он считал, что для защиты католического учения и переубеждения мусульман, иудеев и еретиков следует прибегать к доводам разума, равно приемлемым для всех людей. Теология, следовательно, должна по возможности строиться в соответствии с аристотелевским идеалом науки, т.е. как совокупность высказываний, дедуктивно выводимых в логическом порядке из предельных посылок, или начал, представляющих собою самоочевидно истинные положения (ргороsitiones per se notae, communis animae conceptiones), или положения, которые невозможно отрицать, не впадая в противоречие. На пути к обозначенной цели Алан в сочинении, называемом по первым словам «Summa “Quoniam homines”», прежде всего резко обособляет область теологии от сферы приложения философских дисциплин (свободных искусств), а в написанной в виде словаря «Книге о различиях теологических понятий» («Liber in distinctionibtis dictionum theologicalium»), — или просто «Различиях» («Distinctions»), а также по первым словам: «Summa “Quot modis”», - производит тщательный разбор библейских терминов по трем уровням их символического смысла. С последовательного очищения терминов от побочных значений с целью предельно точного их использования как составляющих теологического языка начинаются и «Правила священной теологии» («Regulae de sacra theologia», или «Regulae theologicae», ок. 1184), построенные как цепь из ста тридцати четырех самоочевидных аксиом, «теологических максим» (maximae theologiae) с комментариями, которые, начиная с определения понятия «Монады» (Reg. I: «Monas est, qua quaelibet res est una»), описывают процесс перехода от единичности Бога к множественности мира посредством иерархии промежуточных ступеней-субстанций и логически приводят к постулатам, относящимся к Творцу и творению, Боговоплощению и Искуплению, Воскресению и таинствам, свободе и Провидению, греху и добродетели и т.д. Среди этих постулатов встречается и знаменитое определение: «Бог есть умопостигаемая сфера, центр которой везде, а окружность нигде» (Reg. VII: «Deus est sphaera intelligibilis, cujus centrum ubique, circumferentia nusquam»). При этом «только Бог существует в полном смысле слова (vere existit), так как Он есть безотносительное и неизменное сущее (est simpliciter et immobiliter ens); все же остальные вещи ведут ущербное существование, поскольку никогда не пребывают в одном и том же состоянии (in eodem statu)».
Непосредственно в полемическом контексте Алан Лилльский использует упомянутый метод при рациональном опровержении ересей катаров (альбигойцев), вальденсов и магометан в трактате «О католической вере против еретиков» («De fide catholica contra haereticos libri quattuor», 1185—1200), руководствуясь при этом соображением о том, что «у авторитета нос из воска, и его можно повернуть в любом смысле (auctoritas ceterum habet nasum, id est in diversum potest flecti sensum), а потому следует подкрепить его разумными доводами» (I, 30). Выступая против манихейских заблуждений и отстаивая авторитет католической церкви, которая есть «собрание верных, исповедующих Христа, и сокровищница таинств (congregatio fidelium, confitentium Christum, et sacramentorum subsidium)», он утверждает, что притом что конечно же «все рожденное устремляется к погибели (omne quod est genitum, tendit ad interitum)», «плоть, однако, не дурна, хотя повреждена, но и испорченная или немощная, она тем не менее в неменьшей степени от Бога (Non tamen est саго mala, id est vitiosa, sed vitiate, seu infirma, nec ideo minus est a Deo)». Называя основателя секты вальденсов Петра Вальдо из Лиона «философом без ума, Пророком без провидения, апостолом вне служения», Алан одновременно полагает, что слово «catari» (катары) происходит от «catha», т.е. «fluxus» (течение, поток), ибо они разливаются в пороках; или от «casti» (непорочные, невинные), так как они притязают на целомудрие и праведность; или от «catus» (кот), потому что, по слухам, «они целуют зад кота, в виде которого, как они считают, им является Люцифер». Столь же суровому осуждению подвергается им и Мухаммед (Магомет), «чья чудовищная жизнь, еще более чудовищная секта и самая чудовищная цель явно выражены в его деяниях (cujus monstruosa vita, monstruosior secta, monstruosissimus finis in gestis ejus manifeste reperitur)».
Что же касается посвященной Клименту III (1187—1191) апологии «Об искусстве католической веры» («De arte fidei catholiсае», или «De arte sive de articulis fidei catholicae ad Clementem III»), в кратких и точных формулах излагающей систему церковных догматов (вместе с соответствующими философскими их обоснованиями) и опирающейся при этом, главным образом, на состоящие из различных дефиниций, постулатов, аксиом и теорем логические доказательства, - то она, принадлежа перу Николая Амьенского, современника и, судя по ее содержанию, единомышленника Алана Лилльского, также стремится к возможно большему приближению структуры богословских построений к модели математического рассуждения, как она представлена в геометрии, т.е. к приближению, в идеале приводящему к «теологии, изложенной геометрическим способом (theologia more geometrico demonstrata)». Алан и Николай, таким образом, реально предвосхитили в своих трудах методологию как «Великого искусства» («Ars magna», 1274—1308) Раймунда Луллия, так и «Этики, доказанной в геометрическом порядке» («Ethica, ordine geometriсо demonstrata», 1677) Бенедикта Спинозы. Однако одновременно и тот и другой оговариваются, что те аргументы, что выдвигает в доказательство таинств христианской веры «природный» разум (разум после грехопадения), который «познает, чтобы верить», являются не строгими, но лишь чрезвычайно вероятностными основаниями: «вероятные доводы, которым проницательный ум едва ли может противиться (probabiles rationes, quibus perspicax ingenium vix possit resistere)». Потому предмет богословского познания не может быть всецело описан в терминах геометрии, а само оно, не знающее своих истоков, необходимо нуждается в мистическом постижении, которое «верит, чтобы познавать».