Приверженность Колумбана крайним формам аскезы нашла свое отражение и в составленном им ок. 590 г. монашеском уставе в десяти главах («Regula monastica», «Regula monachorum»), или в «Правилах св. Колумбана» («Regula Sancti Columbani») - более кратких и строгих, чем «Правила св. Бенедикта» («Regula Sancti Benedicti», ок. 540); впрочем, особенно суровые статьи устава, - касающиеся, в том числе, и применения телесных наказаний за малейшие проступки (такие как, например, разговоры за столом или кашель во время пения), возможно, не принадлежат самому Колумбану, но были дописаны позднее. Первая глава данного устава касается послушания («De obedientia»), вторая — безмолвия («De silentio»), третья — еды и питья («De cibo et potu»), четвертая - бедности («De paupertate»), пятая - подавления тщеславия («De vanitate calcanda»), шестая — целомудрия («De castitate»), седьмая - пения псалмов («De cursu psalmorum»), восьмая — способности различения («De discretione»), девятая - умерщвления плоти («De mortificatione») и десятая - различия в провинностях («De diversitate culparum»). Одобренный на соборе в Маконе в 627 г., устав св. Колумбана получил широкое распространение во всем Франкском королевстве (Regnum Francorum), но в течение VIII в. был полностью или частично вытеснен уставом св. Бенедикта (при этом на протяжении ряда веков в некоторых обителях, как было сказано, практиковался объединенный монашеский устав).
Вероятно, в монастыре Люксёй вслед за уставом Колумбан создает и покаянную книгу, т.е. предназначенное для аббатов и приходских священников руководство, содержащее перечни разновидностей грехов и соответствующих им епитимий (духовных и физических наказаний как средств исправления и воспитания согрешившего), — «Пенитенциал св. Колумбана» («Poenitentiale Sancti Columbani», или «Regula coenobialis fratrum sive Liber de quotidianis poenitentiis monachorum», «Liber de poenitentiarum mensura taxanda»), текст коего подразделяется на две неравные части: А (из двенадцати пунктов) и В (из тридцати пунктов с отдельным Прологом). В пункте А 1 сказано: «Истинная епитимия — заслуживающее покаяния [наказания] не совершать, но совершенное оплакивать. Но поскольку это не исполняется слабостью многих, если не всех, - следует сообщить пенитенциальные меры. Порядок их поведан Святыми Отцами, дабы в соответствии с мерой грехов устанавливалась мера пенитенции»; в Прологе к части В: «Разница вины порождает различие пенитенции. Ибо и лекари тел составляют различного вида лекарства, ибо одним образом [готовят их] для лечения ран, другим - для болезней, иным - для нарывов [опухолей], иначе — для кровоподтеков, по-другому - из-за нагноения, иным образом для глазных болезней, по-иному для переломов, иначе - для лечения ожогов. Вот точно так же духовные лекари должны излечивать различного вида попечением душевные раны, болезни, провинности, скорби, печали, слабости. Но поскольку рассматриваемое [качество лекаря] имеется у немногих — познать, воистину безупречно, всевозможное лечение, как лечить и восстанавливать слабых к состоянию возобновления здоровья, — так или иначе хотя бы немногое [следует нам здесь] объявить согласно преданию древних и отчасти согласно нашему пониманию, — частью в самом деле пророчествуя, частью — зная». При этом предполагается, что в то время как часть А предназначена всецело для монахов, пункты 5 1 — 12 предназначены для белого духовенства, В 13—25 — для мирян, В 26—30 — вновь для монахов. Одновременно существуют разные точки зрения относительно того, какая из частей написана раньше, а какая позже, и в какой мере данный текст принадлежит непосредственно самому св. Колумбану, а в какой является позднейшей редакцией: так, например, вероятно, только ок. 608 г. в «Пенитенциал» были включены пункты Л 9-12, В 26-30 и так же, только в нач. VII в., были добавлены пункты В 24-25, ибо именно в то время в окрестностях Люксёя была наиболее распространена упоминаемая там ересь боносиан (bonosiani), отрицавших божественность Христа и являвшихся последователями Боносия — епископа Сардики (episcopus Sardicensis), т.е. Софии, противостоявшего, в свою очередь, учению о вечной девственности Марии.
Полагая наказания за убийство, насилие, прелюбодеяние, кражу, клевету, клятвопреступление, колдовство, непослушание, чванство, обжорство, пьянство и т.п., «Пенитенциал» касается даже самых мелких провинностей: «Если кто ограду открытой ночью оставит...» (В 26), «Если кто, желая бани, помоется один обнаженным...» (В 27), «Но если кто, даже еще сидя в бане, без необходимости смывания грязи обнажит колени или руки...» (В 28). Характерны также и различия в тяжести епитимий: «Если какой мирянин от другой жены породит ребенка, то есть совершит прелюбодеяние, ложе своего ближнего оскверняя, — три года пенитирует...» (В 14), «Однако, если какой мирянин предается разврату содомитским обычаем... - семь лет пенитирует...» (В 15), «Но если кто из мирян предается разврату... с вдовой - один год, если с девицей — пусть два года пенитирует..; однако если не имеет жены, но девственником соединится с девственницей, по благословению родителей пусть будет [она] его женой - до того, однако, пусть год пенитируют и тот и другая, и таким образом пусть соединяются» (В 16), «Но если какой мирянин предастся разврату с животным — пенитирует год, если имеет жену; если, однако, не имеет, - полгода. И так же пенитирует тот, кто, имея жену, собственными руками себя осквернит» (В 17). В целом же: «Болтуна следует наказывать молчанием, неуемного - кротостью, прожорливого - постом, сонливого — бодрствованием, гордого — темницей, покидающего - отвержением; пусть каждый претерпевает точно по своим заслугам, чтобы надлежаще продолжало жить благочестие» (А 12). Примечательно, что являясь древнейшим и особенно авторитетным в континентальной Западной Европе пастырским руководством по наложению церковных наказаний, «Пенитенциал св. Колумбана», дошедший до нас в двух кодексах Туринской национальной библиотеки: С. V. 38 (ІХ или Х в.) и С. VII. 16 (ІХ, Х или ХІ в.), тесно связан по духу как с предшествовавшим ему аналогичным сочинением св. Финниана, основавшего ок. 520 г. монастырь Клонард (Clonardum, Abbatia Clonardensis, Ленстер) и обучавшего там св. Комгалла (вышеупомянутого наставника св. Колумбана), так и с другим, более поздним ирландским пенитенциалом св. Куммиана. В то же время он сам стал, в свою очередь, основой для создания иных покаянных книг уже в галльском регионе, например, «Бургундского пенитенциала» («Poenitentiale Burgundense»), «Боббийского пенитенциала» («Poenitentiale Bobbiense») и др.
Своей неутомимой деятельностью Колумбан оказал значительное влияние на процесс христианизации европейского континента, развития там церковной жизни и пенитенциарной системы, превращения основанных как самим ирландским святым, так и его непосредственными и заочными учениками аббатств в важнейшие центры духовной и светской культуры (считается, что только из монастыря Люксёй вышли шестьдесят три миссионера и учредили свыше ста новых обителей в Западной и даже Центральной Европе). Так, например, монах из Люксёя св. Деикол, считающийся братом св. Галла, получивший образование еще в Бангоре и покинувший его вместе с самим св. Колумбаном, основал аббатство Люр (Luterhaa, Luthra, Франш- Конте) близ Безансона; и другой насельник из Люксёя, св. Урсицин, тоже основал обитель, названную позднее его именем - монастырь Св. Урсицина (Сент-Урсан, Monasterium Sancti Ursicini, Гельвеция) близ Делемона (Дельсберга). Вышеупомянутого св. Евстахия Люксёйского сам св. Колумбан направил «к бойям, которых ныне называют баварцами (ad Boias, qui nunc Baioarii vocantur)», и тот в 617 г. вместе со св. Агилом основал монастырь Вельтенбург (Monasterium Veltenburgense, Нижняя Бавария) близ Регенсбурга; обратив многих язычников и вернувшись в свою обитель, св. Евстахий вновь послал в Баварию «разумных мужей», продолживших там его начинание. Однако такой ученик св. Евстахия, как св. Аудомар — ок. 640 г. вместе со св. Бертином, св. Момелином и св. Эбертрамном — основал монастырь в другой части Европы, который позднее стал называться аббатством Св. Бертина (Сен-Бертин, Abbatia Sancti Bertini, Артуа), вокруг коего вырос город Сент-Омер, чье имя возникло уже непосредственно от имени самого св. Аудомара.