Ее подвергли допросу. Она отвечала осторожно, утверждая, что не питала никаких враждебных намерений против Елизаветы, когда задумала вступить в брак с Норфолком, а, посылая Ридольфи к папе Пию V и Филиппу II, имела в виду только освобождение Шотландии. Елизавета, которая нашла ее объяснения неудовлетворительными, не хотела затевать судебный процесс, но после кровопролития Варфоломеевской ночи стала все же помышлять о том, как бы избавиться от Марии. План, начертанный ею с этой целью при помощи Берлея и Лестера, должен был осуществиться в Шотландии, и его доверили одному из самых ловких агентов. В Шотландию отправился Генрих Киллегрю, зять Берлея, с двумя поручениями, одно из которых было явным, а другое тайным. Первое заключалось в том, чтобы привести к окончательному примирению враждующие политические партии, второе – чтобы уговориться с графом Мортоном относительно смерти Марии Стюарт.
Киллегрю должен был дать понять союзникам Елизаветы, что ради общей безопасности Мария Стюарт не может оставаться в живых, но что ее неудобно судить в Англии, а лучше отделаться от нее в Шотландии. С этой целью шотландцы должны были бы потребовать к себе пленную Марию, которая и будет выдана им Елизаветой.
Киллегрю встретил в Шотландии также крайнее волнение по поводу Варфоломеевской ночи. Престарелый Нокс, удалившийся в Сент-Эндрю, снова вернулся в Эдинбург. Хотя вследствие апоплексического удара у него отнялась половина тела, он все же приказал внести себя на кафедру и, будучи терзаем страданиями и разгорячен гневом, громил убийц его протестантских братьев во Франции. Нокс со своими учениками много способствовал тому, что давнишний союз Шотландии с Францией стал делаться все непопулярнее.
Киллегрю воспользовался этим для своих целей; ему удалось убедить графа Мортона в необходимости казни Марии Стюарт; но регент Mappa не так легко поддался убеждениям.
В это же время Киллегрю при поддержке Нокса все более и более вооружал народ против католиков и имел многократные совещания с Марром и Мортоном о «великом деле». Оба графа согласились наконец устранить предмет несогласий, т. е. Марию Стюарт, и даже не позже четырех часов после ее выдачи. Условием этого они поставили следующее: чтобы Елизавета объявила себя защитницей молодого короля Иакова VI, чтобы права последнего не были умалены смертью матери, чтобы между обоими королевствами был заключен оборонительный союз, чтобы три тысячи человек из английского войска присутствовали при казни (это была военная сила, которая, соединившись с молодым королем, должна была взять приступом крепость Эдинбурга) и наконец, чтобы эта крепость была уступлена регенту, Англия же заплатила бы шотландскому войску недополученное им жалованье.
Елизавета, по своей скупости, нашла такие условия неприемлемыми. Она очень желала погубить Марию Стюарт, но не имела никакой охоты платить убийцам и выставлять себя зачинщицей и соучастницей этого злодейства.
Внезапная смерть регента графа Mappa, умершего 28 октября 1573 года в Стирлинге (как полагают, вследствие отравы), задержала эти постыдные переговоры; однако, несмотря на все, переговоры продолжались до 1574 года.
Берлей дал понять королеве, что от Марии Стюарт нужно избавиться в Англии. Елизавета не решилась последовать его совету. Она не велела умертвить Марию Стюарт, но склонила на свою сторону и совершенно подавила ее партию в Шотландии. Мортон был назначен регентом после умершего графа Mappa; в тот самый день, когда он принял бразды правления, скончался Нокс. Этот непреклонный деятель реформации, так много способствовавший своими поучениями религиозному и политическому перевороту в Шотландии, умер, хотя и больной телом, но крепкий духом, в возрасте 67 лет.
Партия королевы Марии после пятилетней бесплодной борьбы значительно обессилела. В ее руках оставалась теперь лишь крепость Эдинбург. Киркэльди ла Гранж и Летингтон держались в эдинбургской цитадели, где ожидали помощи, обещанной французским двором. Тогда как прочие приверженцы Марии Стюарт, с Гамильтонами и Гордонами во главе, пошли на соглашение, предложенное им Мортоном: эти двое храбрых защитников Эдинбурга, имея в своем распоряжении всего двести солдат, решили сопротивляться до конца. Они не хотели слышать о сдаче, полагаясь на неприступность своей твердыни и ожидаемую помощь французов.