Однако союзники не пришли им на выручку. Против крепости повели правильную осаду. За недостатком средств обороны она не могла оказать продолжительное сопротивление, и вскоре ее мужественные защитники принуждены были сдаться. Летингтон умер в тюрьме, а Киркэльди ла Гранж был повешен мстительным регентом Мортоном на Крестовой площади Эдинбурга.
С их смертью партия Марии Стюарт в Шотландии окончательно погибла. Королева страшно горевала, часто впадая в уныние. Однако суровость ее заточения несколько смягчили; да и сама она изменила теперь свое поведение и речи. Она старалась кроткими мерами добиваться свободы, которой ей не удалось достичь силой. Вооружась терпением, Мария, прежде высокомерная, красноречивая, беспокойная и смелая, превратилась в кроткую, почти смиренную женщину. Она избегала всего, что могло возбудить подозрительность Елизаветы, и ограничивалась в своих письмах к ней только тем, что относилось к управлению ее вдовьей частью во Франции. Вследствие сырости тюремных стен Марию постиг ревматизм, который мучил ее вместе с хронической болезнью печени. По ее просьбе, ей было разрешено пользоваться минеральными ваннами в Шеффилде.
Вместо того чтобы затевать заговоры в Англии, в Шотландии и на континенте, Мария Стюарт рассеивала скуку неволи, забавляясь птицами и собаками, или же занималась шитьем. Она поручала покупать для нее шелк, атлас, ленты для изящных дамских рукоделий, которые подносила потом, чрез посредство Ла-Мотта Фенелона, королеве Елизавете. При первом известии о том, что последняя благосклонно приняла ее подношения, Мария написала ей о том, как была обрадована такой милостью и как она готова во всем угождать и повиноваться Елизавете. Движимая этим желанием, она часто просила епископа глэзгоуского выписывать ей из Франции то одно, то другое, что можно было поднести в дар Елизавете, как-то: браслеты, зеркало или иные модные новинки. Она радовалась, что эти подарки всегда принимались благосклонно, и тотчас предлагала опять что-нибудь новое. Вот до чего дошла несчастная Мария Стюарт! Эта гордая и беспокойная королева мастерила в тюрьме украшения для той женщины, которая, вопреки международному праву и достоинству короны, лишила ее свободы.
Вместе с тем Мария старалась задобрить также и наиболее важных советников Елизаветы; она просила принца, своего родственника, передавать от нее подарки и изъявления благодарности графу Лестеру, который обещал действовать в ее пользу; Берлею она писала самые дружеские письма и льстила даже беспокойному Валингэму, сделавшемуся статс-секретарем после назначения Берлея государственным казначеем. Она опасалась беспокойной фантазии этого министра, который, заведуя полицией, заботился теперь о безопасности Елизаветы.
После смерти Карла IX на французский престол вступил Генрих III. Сначала он славился мудростью и твердостью, но, сделавшись королем, недолго обнаруживал эти достоинства. Мария Стюарт полагалась на него более всех прочих деверей, которых у нее было трое. Одну минуту она думала, что он вступится за нее энергичнее Карла IX, и просила Генриха не признавать ее сына королем Шотландии. Она желала далее, чтобы он заключил с ней тайный союз и помог ей восстановить свои права, а прежде всего, чтобы он не возобновлял договора, заключенного в апреле 1572 года между Карлом IX и Елизаветой.
Однако около этого же времени Мария лишилась своей главной опоры при французском дворе в лице кардинала Лотарингского, которому была искренне предана из числа своих родственников и к которому питала наибольшее доверие. С его смертью у нее рушилась последняя надежда на поддержку со стороны Генриха III. Этот государь, под руководством своей матери, следовал политике, сделавшей все правление Карла IX тревожным и кровавым. Эта политика лукавства соответствовала наклонностям Екатерины Медичи.
Генрих III возобновил заключенный в 1572 году союз с Англией; тогда Мария Стюарт снова обратилась к Филиппу II и папе чрез посредство епископа росского, которого она снова аккредитовала при римском дворе после его освобождения. Папа Григорий XIII, следовавший планам своего предшественника Пия V и поддерживавший восстание в Ирландии, уговаривал Филиппа II снарядить экспедицию против Англии под начальством дона Хуана Австрийского и предлагал, кроме того, устроить брачный союз между Марией Стюарт и этим молодым принцем. Однако это не увенчалось успехом. Филипп II остался равнодушен к этим планам, несмотря на часто возобновляемое предложение Марии Стюарт выдать ему своего сына. Королева замышляла не только передать своего сына, как залог католичества, королю Филиппу, но хотела даже лишить наследства своего ребенка и перенести его права на могущественного защитника католической веры в Европе.