Частые приступы ее болезней, окружавшие ее в неволе, опасности и возможные последствия затеваемых ею заговоров принудили Марию Стюарт составить завещание. Оно было весьма обширно, и в нем она прежде всего заявляла, что оставит свой престол сыну лишь при том условии, если он отречется от учения Кальвина, принятого им по внушению приближенных, и пожелает вернуться в лоно католической церкви.
Тем временем всякий проблеск надежды на лучшее будущее погас для Марии Стюарт, и она не рассчитывала больше ни на чью поддержку и участие, за исключением не особенно могущественных Гизов, которые много обещали, но были бессильны сдержать свои обещания.
Только в 1581 году, после свержения Мортона, Мария снова приступила к борьбе. В продолжение пяти лет своего регентства Мортон поддерживал мир в Шотландии; в течение этого времени в ней не возникали новые политические партии и не возобновлялись старые раздоры. При таких благоприятных условиях росло благосостояние страны. Городская промышленность развивалась, флот прибавлялся, народное благополучие увеличивалось, и столь счастливая перемена в Шотландии возбуждала удивление и почти зависть посланников Елизаветы. Однако оставаться долгое время в спокойствии и подчинении было не в духе и не в нравах шотландского дворянства; ему надоело повиноваться Мортону, ненасытная скупость и крайнее высокомерие которого способствовали успеху новых заговоров.
Александр Эрскин, гувернер короля, и Бэченан, один из королевских опекунов, заключили между собою союз с целью ниспровергнуть Мортона. К этому союзу примкнули многие из значительнейших представителей старой партии; с общего согласия они отрешили Мортона от регентства в 1578 году и утвердили Иакова VI, не достигшего еще одиннадцатилетнего возраста, в королевских правах, пользование которыми союзники разделили между собою. Мортон по наружности спокойно подчинился своему отрешению и после того, как им самим было провозглашено в Эдинбурге непосредственное управление короля, он добровольно удалился в замок Далькейт, отрекся, по-видимому, от всяких честолюбивых помыслов и предался мирным занятиям. Но втайне он подготовлял ниспровержение тех, которые низложили его.
Не прошло и двух месяцев, как этот хитрый и предприимчивый вельможа снова поднялся с редкой смелостью и полнейшим успехом. При поддержке своих союзников он овладел замком Стирлинг и спорной особою юного короля. От восстановления регентства Мортон отказался, но от имени парламента, который под его руководством и влиянием собрался в замке Стирлинге, он составил государственный совет для ведения общественных дел; высшее руководство советом было передано ему, тогда как на словах авторитет Иакова VI оставался в прежней силе. Снова облеченный королевской властью, хотя и в иной форме, Мортон отчасти поладил со своими врагами.
Тем не менее против него подготовлялась более решительная революция. Она была делом двоих молодых шотландцев, которые, незадолго пред тем прибыв с континента, сумели приобрести доверие Иакова VI и сделались его любимцами. Мэтью Стюарт, известный под именем д’Обиньи, кавалер привлекательной наружности и пленительного ума, утонченных и мягких привычек, покинул французский двор, где он был воспитан, и появился в 1579 году при шотландском дворе с тайным поручением от герцога Гиза. Он был католик, и ему предстояло заменить герцога Этоля в качестве главы политической партии, которая осталась верна старинной религии страны и ее королевскому роду. Иаков VI, приходившийся двоюродным братом Мэтью Стюарту, принял его чрезвычайно приветливо, привязался к нему, назначил его своим камергером и дал ему титул графа Леннокса. Такое внезапное повышение встревожило Мортона и Елизавету. Они подозревали намерения нового любимца; он подвергался нападкам партии ревностных пресвитериан в качестве католика, а в то же время английская партия обвиняла его в том, что он замышляет овладеть королем, чтобы увезти его в Дамбартон, а оттуда за границу. Это подозрение было не безосновательно, так как в 1579 и 1580 годах Мария Стюарт только и думала о том, чтобы удалить своего сына из Шотландии. Однако Елизавета, уведомленная Мортоном, приняла свои меры.
Стюарта поддерживал другой шотландец, превосходивший его смелостью и ловкостью. Это был лэрд Джеймс Очильтрен. Он в качестве искателя приключений участвовал в войнах на континенте, а после своего возвращения в Шотландию был сделан капитаном королевской гвардии. Любимый своим повелителем и действовавший заодно с дворянской партией, враждебной Мортону, капитан Очильтрен обвинил бывшего регента в соучастии в убийстве Дарнлея и приказал арестовать его прямо в собрании государственного совета и в присутствии самого короля. Этот крайне смелый шаг увенчался полным успехом и возвестил предстоящее падение английской партии в Шотландии.