Бунт бушевал несколько дней. Мало кому из противников Софьи и стрельцов удалось уцелеть. 17-летнего Афанасия Нарышкина за волосы вытащили из алтаря Воскресенской церкви и зарубили. Боярина Г. Г. Ромодановского схватили у Чудова монастыря, побитого и ободранного, приволокли на Соборную площадь, где и подняли на пики в отместку за Чигирин. Так гордому воеводе аукнулись слезы стрелецких вдов. В собственном доме был растерзан «большой» боярин Ю. А. Долгорукий.
23-летнему боярину Ивану Нарышкину удалось в первый день восстания ускользнуть от стрельцов. Но столь велика была к нему ненависть, столь много возвели на него вин мятежники, что на ночь по всему Кремлю были выставлены караулы — чтобы, не дай бог, виновный не ушел от возмездия. Конечно, все приписанное стрельцами и Милославскими Ивану было напраслиной. Царя Федора он не травил и царского венца не примерял. Вся «вина» его заключалась разве в том, что он сразу был пожалован в бояре, чем, конечно, вызвал зависть и раздражение. Боярская шапка превратила Ивана в крайнего — не могли же бунтовщики отыгрываться на царице или царе Петре!
Ивана Нарышкина вместе с тремя младшими братьями и отцом скрывали сначала в комнате восьмилетней царевны Натальи Алексеевны, затем в покоях царицы Марфы Апраксиной, вдовы царя Федора. Возможно, в Кремле с его многочисленными комнатами, сенями и переходами игру в прятки можно было вести бесконечно. Но стрельцы не были расположены к долгим играм. Их гнев, умело подогреваемый Милославскими, не остужался, они просто перестали шарить по темным углам и подступили с ультиматумом к патриарху и царице Наталье — выдайте нам «изменников». В противном случае мятежники грозились взяться за всех бояр и даже за царское семейство.
Наталья Кирилловна была в растерянности. Никто не желал поддержать ее, решать приходилось самой. Едва ли не впервые за все эти дни вышла из тени Софья и произнесла вслух то, о чем думали все: «Братцу твоему не отбыть от стрельцов. Не погибать же нам всем из-за него». Должно быть, для матери Петра это была одна из самых тяжелых минут жизни. Она велела позвать брата. Тот явился. Потом, после разговора с сестрой, пошел в домовую церковь причаститься и собороваться. Не теряя все же надежды умерить кровожадность стрельцов, царица вручила брату икону. Но все было напрасно! Если бунтовщики не испугались пролить кровь в самой церкви, то мог ли их остановить образ Богоматери? Наталья Кирилловна заколебалась. Прощание затягивалось, стрельцы выражали нетерпение. Теперь уже к царице подошел боярин Яков Одоевский: «Долго ли, государыня, будешь ты держать своего брата? Пора уж его отдать. Ступай скорее, Иван Кириллович, не дай нам всем из-за тебя пропасть».
Бояре, конечно, не пропали. Пропал молодой Нарышкин. На глазах вскрикнувшей царицы его за ноги поволокли в пыточную Константино-Елецкую башню. Стрельцам очень хотелось добиться от него признания вины, а значит — своих заслуг. Но неожиданно Иван Кириллович проявил твердость духа — стойко перенес все мучения и вины не признавал. Тогда полумертвого, истерзанного Нарышкина потащили на Красную площадь — казнить.
Со смертью Ивана Нарышкина стрельцы наконец насытились. Тела убитых — шести бояр, двух дьяков, четырех стольников и других, — «взем за ноги и вонзя копия в тело», бросили на Красной площади, близ Лобного места. Лишь неделю спустя родственникам разрешено было забрать останки, чтобы предать их земле.
Стрельцы объявили о прекращении казней. Они извели главных «изменников», оставшихся должны были судить государь с боярами. Правительству пришлось срочно удовлетворять требования стрельцов, которые поспешили к своим старым требованиям прибавить новые. Отныне стрельцов стали называть полками «надворной пехоты», что, по-видимому, в их понимании означало постоянное пребывание при дворе. Им было выдано жалованье. В память о майских событиях, «чтоб впредь иныя, помня… чинили правду», на Красной площади воздвигли своеобразный памятник — «столп» с медными пластинами, на которых были перечислены вины убиенных «изменников». «Столп» призван был окончательно реабилитировать стрельцов и навсегда пресечь одно только намерение упрекнуть их в «неправедном убойстве».