Как всякий авантюрист, Хованский был склонен к простым схемам: все трепещут перед стрельцами, стрельцы прислушиваются к нему, значит, все должны трепетать и считаться с ним. Когда царевна Софья распорядилась отставить одного стрелецкого подполковника, Хованский расшумелся, между тем прежде подобное чинить не смели. В запале Иван Андреевич даже пригрозил, «что еще копьям время не прошло». Скорее всего, про копья говорено было без умысла, для острастки. Если бы про это князь думал всерьез, то, разумеется, язык бы придержал. Но с претензиями неуправляемого Хованского приходилось считаться. Тем более что в думе сидели шестеро Хованских. В глазах придворных Иван Андреевич со стрельцами стал олицетворять смертельно опасную стихию, которая неведомо на кого и когда может обрушиться. Жить же в вечном страхе совсем не хотелось.
Правительница воспользовалась подобными настроениями, чтобы положить конец хованщине. Действовала она коварно и расчетливо. В начале сентября царевна вместе с обоими царями покинула столицу. Это сразу же поставило «надворную пехоту» в невыгодное положение. Почувствовав себя вдали от стрелецких слобод в безопасности, Софья осмелела. Она исподволь стала собирать силы для «очищения… царствующего нашего града Москвы» от мятежников, живущих «во всяком безстрашном самоволстве». Одновременно готовился удар и по Хованскому, оставленному на время отсутствия царей управлять столицей.
В середине сентября якобы для встречи посланца украинского гетмана Самойловича правительница вызвала из Москвы в Троицу Ивана Андреевича с сыном Андреем. Схваченные порознь на Московской дороге, они были обезоружены и привезены в село Вознесенское близ монастыря. Суд был скорый, с загодя заготовленным приговором из семнадцати пунктов. Хованские оказались повинны во множестве преступлений, включая такие «великие и страшные дела… чево не только говорить, и мыслить страшно» (это был намек на династические планы Хованских, связанные с желанием «Московским царством овладеть»). Словом, обвинений для смертного приговора оказалось с избытком. Не мешкая, на площади близ Путевого дворца Хованским снесли головы. Произошло это 17 сентября, в именины Софьи. Так царевна отпраздновала свое двадцатипятилетие, получив самый дорогой «подарок» — головы Хованских.
Гибель Хованских вызвала растерянность среди стрельцов. В страхе перед наказанием они раскрыли арсеналы и втащили на стены пушки — приготовились к осаде. Софья в ответ стала собирать дворянское ополчение. Роли переменились. Стрельцы из спасителей царства превратились в бунтовщиков. Теперь уже не они, а правительство прибегло к языку ультиматума. От «надворной пехоты» потребовали разоружения и полного подчинения, после чего «вины их им будут отданы». Стрельцы капитулировали. В декабре правительница с царями вернулась в Москву. Была перевернута последняя страница в затянувшейся истории с воцарением Петра и его брата Ивана.
Победа была закреплена назначениями, отдавшими власть в руки царевны и ее сторонников. Правой рукой правительницы стал князь Василий Васильевич Голицын. Выдвинулся он еще при царе Федоре Алексеевиче с репутацией западника и реформатора. Самого Голицына нельзя было отнести к ярым сторонникам Милославских. Напротив, с И. М. Милославским у него были натянутые отношения, тогда как с могущественным боярским кланом Долгоруких — родственные и дружественные. Но Софья перетянула боярина на свою сторону. Голицын получил в свое ведение Посольский приказ, став, по определению иноземцев, канцлером — главою правительства. Им же принадлежат восторженные отзывы о князе: умен, образован, речист.
Голицыну вместе с Софьей удалось постепенно оттеснить от власти И. М. Милославского, сыгравшего столь важную роль в майских событиях. Обиженный боярин громогласно обвинил Василия Васильевича в корыстолюбии: «За деньги продаст не только государство, но и душу». Досталось и племяннице, которая растрачивала на своего фаворита казну. В конце концов Иван Михайлович даже попытался сыграть сольную партию, затеяв женитьбу царя Ивана. Но влияние старого боярина сошло на нет. Ему не удалось одолеть регентшу. Вскоре он сошел в могилу, оставив о себе печальную память и жгучую ненависть царя Петра, считавшего Милославского главным виновником майского бунта.