Тогда же были оглашены первые результаты розыска о Шакловитом. Все «изветы» о намерении Федора Леонтьевича поджечь Преображенское и убить государя приобрели характер официального обвинения. У Боярской думы потребовали выдачу преступника. Не успевшим приехать в Троицу думным чинам пришлось спешно доказывать свою лояльность Петру уже в кремлевских палатах.
3 сентября дума приговорила «вора Федку Шакловитова с товарищами» выдать государю. Федора Леонтьевича посадили на телегу и под конвоем повезли в Троицу. Возобновившийся розыск поставил судей в трудное положение. Сколь ни ненавистна была партии Нарышкиных царевна Софья, она все же принадлежала к царской семье. Выясняя правду, приходилось быть осторожными. Свой интерес преследовал и один из судей, Борис Голицын, двоюродный брат Василия Васильевича Голицына. Любимцу Петра очень хотелось вывести из-под удара своего родственника, по крайней мере освободить от обвинений в подготовке покушения на жизнь царя. Руководствовался Борис Алексеевич вовсе не привязанностью к рухнувшему «канцлеру». Обвинение грозило обесчестить весь род Голицыных. Все это означало, что главным ответчиком станет Шакловитый. Он изначально был обречен. Оставалось лишь уточнить статьи обвинения.
Федор Шакловитый на допросах и очных ставках признавался только в очевидном. Да, 7–8 августа стрельцов созывал, но не для того, чтобы поднять бунт, а для охраны Софьи, собравшейся идти в Донской монастырь. Нет, государя убить, а патриарха сместить не собирался, то злой оговор. Упорствовал он до тех пор, пока один из допрашиваемых стрельцов не упомянул про письмо, в котором речь шла «о перемене патриарха». Шакловитый повинился: такое письмо было, и он читал его стрельцам вслух, но в нем говорилось лишь о венчании на царство «великой государыни царевны».
Упорство Шакловитого побудило судей прибегнуть к пытке. Кнут хорошо развязывал языки. Шакловитый не выдержал и стал признавать предъявленные ему обвинения. Однако и здесь бывший глава Стрелецкого приказа не упускал случая подчеркнуть, что он всего лишь исполнитель чужих планов.
Многие признания Шакловитого могли стать гибельными для его бывших соратников. После первой пытки он дал кнутобойные показания о Василии Голицыне. Тот будто бы горевал, что старую царицу в 1682 году не убили: «…Есть ли б ее в то время уходили, ничего бы не было». Борису Голицыну пришлось проявить немалую изворотливость, чтобы оправдаться перед Петром и не дать хода страшному обвинению. Ценой больших усилий это удалось сделать. В приговоре В. В. Голицыну ничего не было сказано о его причастности к августовскому заговору и намерению извести царя и его семейство. В вину было поставлено только то, что он «о всяких делех мимо их великих государей докладывали сестре их» и во втором Крымском походе «промыслу никакого не учинил и отступил прочь», отчего казне «великие убытки… государству разорение и людем тягость». В результате фаворита царевны лишили боярства, имений вотчины и отправили в вечную ссылку на Север, из которой он уже не вернулся.
Выдача Шакловитого, не говоря уже о его казни, означала полное поражение Софьи. Пришло время решать и ее судьбу. Для этого Петру надо было достигнуть соглашения с братом. Царевна напрасно надеялась на Ивана. Возможно, при других обстоятельствах ей бы удалось заставить его замолвить слово в свою пользу. Но здесь в события вмешалась родня царицы Прасковьи, которая была не особенно расположена к правительнице. Салтыковы также выжидали исхода конфликта с тайной надеждой, что Петр устранит Софью. В десятых числах сентября боярин П. И. Прозоровский привез царю Ивану письмо от Петра с обвинениями в адрес царевны. Петр писал о том, что пришло «время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего». Конечно, каков из «государя братца» Ивана правитель, Петр хорошо знал. Но форму следовало соблюдать. Главное же было сказано в конце письма: Софья отстранялась от «росправы» — управления государством и более не упоминалась в царских титлах. Объявленная «зазорным лицом», она должна была отправиться в заточение в Новодевичий монастырь. Пока без пострижения — разве только своею охотою. Но желания постричься Софья не высказала. Она проиграла, но вовсе не была сломлена.
Победа была закреплена новыми назначениями в правительстве. Дьяки и подьячие, тесно связанные с прежним правящим кругом, были отставлены. Многих отправили в провинцию. Другим пришлось начинать все заново — выслуживаться и завоевывать доверие у «новых господ». Приказы возглавили сторонники Нарышкиных, внесшие изменения в курс правительства. Нуждаясь в поддержке, оно стало более отзывчивым к требованиям дворянства.