Между тем здоровье Шанявского быстро расстраивалось. Он так серьезно расхворался, что врачи опасались за его жизнь. Нужно было спешить с окончанием всех подготовительных действий к принятию Московской городской думой дара Шанявского. Дума должна была избрать комиссию для обсуждения вопроса о принятии дара, заслушать доклад комиссии и вынести соответствующее постановление. Московская городская дума отнеслась с горячим сочувствием к планам Шанявского. По вопросу о принятии его дара среди думских гласных не возникало никакого разномыслия, несмотря на полную новизну и необычайность предстоящего дела: города и земства основывали и ранее низшие и средние школы, но еще не было примера открытия университета при органе общественного самоуправления. Однако, несмотря на то, что вопрос проходил в думе совершенно гладко, все же требовалось известное время для выполнения всей необходимой в таких случаях процедуры. А смерть уже стояла с своей косой у изголовья Шанявского. Но Шанявскнй в конце концов победил смерть. Прежде чем отдаться в ее власть, он успел-таки принять нотариуса и оформить все нужные бумаги. Лишь только он поставил свою подпись под последней бумагой, он впал в глубокий обморок, и через несколько часов его не стало.
Теперь на страже его дела остались его жена Лидия Алексеевна и тот кружок просвещенных общественных деятелей, который стараниями Шанявского тесно сплотился около его идеи. Кроме поименованных выше профессоров, в состав этого кружка входил еще М.В. Сабашников, связанный с Шанявским давнею приязнью. Московская городская дума приняла дар Шанявского и согласилась с теми основными положениями устройства университета, которые были включены Шанявским в условия дара. Но впереди предстояло еще выполнить труднейшую часть задачи. Нужно было провести Положение об университете через законодательные учреждения. Во главе Министерства народного просвещения стоял тогда Кауфман, а товарищем министра был О.П. Герасимов, оба они отнеслись с полным сочувствием к московскому начинанию и обещали все свое содействие к скорейшему прохождению этого дела законодательным порядком. А мы уже знаем, что нужно было торопиться изо всех сил, чтобы поспеть открыть университет к тому предельному сроку, который был обусловлен в дарственном акте Шанявского. Министерство Кауфмана сдержало свое обещание и внесло в ближайшую сессию Государственной думы (это была уже третья Государственная дума) соответствующий законопроект. Проект Положения об университете, представленный Московской городской думой, подвергся в министерском законопроекте немногим легким изменениям, ни одно из которых не затрагивало, однако, условий, выставленных самим жертвователем. Казалось, все шло благополучно и можно было надеяться на благоприятный исход дела. И вдруг стряслась неожиданная беда. Кауфман и Герасимов были отставлены от должностей, и министром народного просвещения был назначен Шварц, заявивший себя еще в бытность его попечителем Московского учебного округа определенным сторонником реакционного направления. Одним из первых действий нового министра было взятие обратно из Государственной думы законопроекта о Московском городском университете для пересмотра и переработки. Можно себе представить, какую тревогу вызвало это известие в кругу тех, кто принимал близко к сердцу начинание Шанявского! Ведь непредвиденная затяжка грозила гибелью всего дела ввиду предельного срока, поставленного жертвователем. Тревога стала еще усиливаться, когда из Петербурга стали приходить вести о тех переменах, которые Шварц решил внести в законопроект своего предшественника. Перемены сводились к усилению зависимости вновь созидаемого университета от органов Министерства народного просвещения в отношении постановки учебного дела: вводилось утверждение преподавателей и программ преподавания попечителем учебного округа, утверждение председателя правления университета министром народного просвещения и т. п. Особенно тяжко было то, что Шварц в своих изменениях посягал и на те условия, которые были заявлены жертвователем в самом дарственном акте и, следовательно, являлись обязательными для дароприемника, т. е. для Московской городской думы. Так, например, Шварц отвергал возможность чтения курсов на различных языках. Главная же опасность заключалась в том, что переработка законопроекта затягивалась и было неизвестно, когда Шварц внесет в Государственную думу свой законопроект. Друзья Шанявского нажимали все доступные пружины для побуждения министра ускорить дело. Вдова Шанявского, несмотря на свой преклонный возраст и тяжелое болезненное состояние, поехала в Петербург, виделась со Столыпиным и получила от него обещание торопить Шварца. Обещание это Столыпин сдержал, и Шварц наконец внес в Третью Думу свой законопроект. Президиум Думы при первой же возможности поспешил поставить на повестку обсуждение законопроекта. И тут оказалось, что дума приперта министром к стене. Шварц заявил, что он не согласится ни на какие поправки к его законопроекту и в случае каких-либо изменений возьмет весь законопроект обратно. А это было бы равносильно гибели всего дела, потому что срок, поставленный Шанявским, был уже не за горами. Государственная дума была поставлена перед дилеммой — либо принять целиком весь проект Шварца, жертвуя в значительной мере принципами университетской автономии и даже не останавливаясь перед нарушением воли жертвователя в некоторых ее частях, либо — похоронить все начинание Шанявского всецело и бесповоротно. Ввиду такого сплетения обстоятельств Лидия Алексеевна Шанявская, как ближайшая истолковательница воли своего мужа, выразила согласие на требуемые изменения в условиях дара и тем облегчила положение дароприемников. В прениях по законопроекту Шварца члены Государственной думы, говорившие с трибуны, горячо выражали чувство возмущения образом действия Шварца и, критикуя по существу изменения, внесенные министром в первоначальный проект, заявили, что они подадут голос за принятие законопроекта только по невозможности лишить Москву и Россию нового просветительного учреждения, идея которого была с такою любовью взлелеяна и выношена Шанявским и близкими к нему благородными деятелями русского просвещения. Прекрасную речь на эту тему сказал член Государственной думы В.А. Маклаков. Едкую отповедь Шварцу дал и П.Н. Милюков. Громы и молнии негодования обрушил на голову министра оратор, говоривший от лица большевистской фракции (не помню его фамилии). "Министр, — говорил оратор-большевик, — просто стремился лишить Москву народного университета, и нет слов для того, чтобы заклеймить это гнусное преступление против русского народа". Не знаю, высказался бы этот оратор в таком смысле, если бы он предвидел, что Шварц, хотя и с урезками, все-таки допустил возникновение в Москве народного университета, а уничтожен был этот университет в самом расцвете его деятельности теми самыми большевиками, от лица которых говорил этот оратор.