Египтянам по-прежнему сопутствовал успех. Архимандрит Дикеос, больше известный как Папафлессас, наиболее энергичный член Общества друзей на Пелопоннесе, которого прозвали «Алкивиадом революции» за его храбрость, погиб в бою при Маниаки; войско Колокотрониса разбили на перевале Макриплаги, где произошло так много сражений, и Ибрахим, несмотря на то что у мельниц Лерны Ипсиланти сумел его ненадолго задержать, продолжил свой поход на Нафплион, где в то время заседало греческое правительство. Однако египтянам не удалось осадить эту мощную крепость; они вернулись в Триполис и, снова разгромив Колокотрониса, предали огню и мечу Морею. Наконец, Ибрахим получил приказ перейти в континентальную Грецию и помочь турецким войскам во второй осаде Месолонгиона. Это стало самым героическим эпизодом во всей войне.
Решид Мехмед-паша, победитель в бою при Пете (16 июля 1822 г.), начал осаду в конце апреля. Но только тогда, когда в июле к нему на помощь пришел турецкий флот, он смог предложить осажденным условия сдачи. Его предложение было отвергнуто, а появление греческого флота разогнало турецкие суда. Осада была снята, и в городе снова появилась провизия. В то время было еще возможно перерезать коммуникации врага на суше, ибо он лишился своего господства на море. Но хотя Георг Караискакис перехватил несколько обозов с продовольствием, лидеры восставших в континентальной Греции почти ничего не сделали для спасения города. Самый знаменитый из них, разбойник Одиссеос, погиб ужасной смертью. Этого бывшего фаворита Али-паши давно уже подозревали в том, что он хочет забрать провинцию у турок, чтобы самому стать ее правителем, ибо турки, по его мнению, оценивали его способности выше, чем греческий совет. Вскоре было обнаружено открытое предательство, и Одиссеоса заставили сдаться Псурасу, своему старому помощнику. Бывшего хозяина Афин, осыпаемого проклятиями горожан, притащили в Акрополь и бросили в башню Франков, которая в те времена стояла неподалеку от статуи Бескрылой Победы.
Здесь 16 июля был обнаружен его труп; он лежал у стены башни. Все было сделано для того, чтобы люди поверили, что Одиссеос упал с башни, но его столкнул вниз тюремщик. И башня, и бастион, построенный Одиссеосом, не сохранились; но сын Андруцоса сохранил свое место в истории города, которым он когда-то управлял. Его бюст стоит теперь на перевале Гравия, его «собственных Фермопилах», которые он защищал, – и этот подвиг перевешивает его предательство. Его зять Трелони какое-то время содержался в пещере Парнассос, где два британских авантюриста пытались убить друга поэта Шелли.
Прибытие Ибрахима под Месолонгион создало новое препятствие для осады. В марте 1826 года сдался Анатоликон, город на острове в лагуне, которому удалось отбить первую атаку. Потеря этого форпоста Месолонгиона заставила Фредерика Адама, который в 1824 году сменил Томаса Мейтленда на посту верховного комиссионера Ионических островов, предложить свое посредничество. Это предложение было отвергнуто уверенными в своих силах пашами, как и их предложение осажденным сдаться.
К тому времени в городе уже начали ощущать недостаток продовольствия, и люди надеялись только на одно – возвращение греческого флота, который должен был их спасти. Но Мяулис, прибывший сюда, не смог преодолеть мелей у Месолонгиона и после появления сильного флота врага вынужден был уйти. Гарнизону не оставалось ничего иного, как сдаться или сделать вылазку. Бойцы выбрали последнее; ночью 22 апреля, послав сигнал Караискакису, который должен был атаковать осаждавших с тыла, около 7 тысяч человек, среди которых были женщины и дети, приготовились прорваться через ряды врага. Солдат среди них было всего 3 тысячи. Остальные 9 тысяч, составлявшие население города, были слишком стары, больны или очень сильно привязаны к своему дому, чтобы его покинуть. Женщины облачились в мужское платье, мальчики, которые умели пользоваться пистолетами, были вооружены, а те, кто решил остаться, заперлись в разрушенной ветряной мельнице и в большом магазине, где хранился порох.