Президент прибыл в Грецию в январе 1828 года и высадился в Нафплионе, где одно его появление оказалось достаточным, чтобы прекратить гражданскую войну, которая полыхала здесь уже много месяцев; между собой воевали Теодор Гривас, командир основной крепости Нафплиона Паламиди, и Стратос, который удерживал Иц-Кале, акрополь Нафплиона (крепость Акронафплия).
Отсюда Каподистрия отправился в Эгину, где временное правительство работало за пределами досягаемости орудий крепости Паламиди и где он выслушал отчеты глав нескольких государственных департаментов. Эти доклады представили печальную картину. Министр внутренних дел сообщил, что территория, на которой признавали его власть, ограничивается лишь островами Эгина, Порос, Саламин, городами Элефсис и Мегара и несколькими островами в Эгейском море. Войска Ибрахима удерживали большую часть Мореи (Пелопоннеса); континентальная Греция была почти полностью турецкой; восстание на Крите подавлено; остров Самос под управлением Логофетоса стал практически независимым. Логофетос организовал экспедицию на Хиос, но она потерпела поражение.
Сельское хозяйство было разрушено; единственным занятием, которое приносило доход, было пиратство. Ничего утешительного не сообщил и министр финансов. У него не было ни денег, ни казны: некоторые налоги были собраны за год вперед, чтобы оплатить работу законодательных учреждений; у министерства не было денег даже на зарплату плотникам, которые ремонтировали президентский дворец.
Министр обороны жаловался на отсутствие войск, но его коллега в адмиралтействе выглядел бодрее; что касается министерства юстиции, то его руководитель напомнил пословицу о том, что «во время войны законы молчат», и больше не произнес ни слова. В таком положении оказалась Греция после почти семи лет войны.
Каподистрия начал свою карьеру президента с переворота. Ассамблея в Трезене, которая его избрала, выработала также проект третьей конституции, которая объявила Грецию независимым и неделимым государством, в то время как в Лондонском договоре речь шла об автономной Элладе под властью султана, обязанной платить ему дань. Президент, как опытный дипломат, прекрасно понимал, что автономная территория – это вовсе не суверенное государство и что при нынешних обстоятельствах он сможет добиться лишь автономии. Он также понимал, что конституция и представительные органы в странах, едва избавившихся от восточного деспотизма и находящихся еще в осаде, имеют лишь относительное значение. Поэтому он убедил законодателей отказаться от своих функций и создал вместо них орган под названием «Панэллинион» (Всегреческий). В его состав входило двадцать семь человек, которые образовали три комиссии: административную, финансовую и юридическую. Одновременно он пообещал через три месяца созвать новую Национальную ассамблею.
Однако если греческие лидеры, рожденные в ходе борьбы за независимость, были готовы принять временную диктатуру президента, то они не видели никакого резона подчиняться власти его недалекого старшего брата Виаро и лучшего друга этого брата, которого тот привез с Корфу и посадил в «Панэллинион». Виаро был его злым гением. Будучи комиссионером Эгины и морских островов, где жили такие влиятельные персонажи, как Кундуриотис, он вел себя как деспот: арестовывал кого хотел, вскрывал чужие письма, подвергал цензуре единственную греческую газету, издававшуюся в те годы, и угрожал расправой всем, кто осмеливался критиковать его действия. Он велел сжечь петицию жителей Эгины у себя на глазах, а президент оказался столь бестактным, что называл героев революции (людей, которые сражались, пока он пописывал статейки) гнусными кличками: примасов он прозвал «христианскими турками», военных вождей – «бандитами», фанариотов – «сосудами Сатаны», а образованных людей – «дураками». Чтобы не плодить дураков, он создал систему образования, построенную по строго профессиональному принципу: священников готовили на Поросе, солдат и матросов – в Нафплионе и на Идре. При этом он не хотел даже слышать о создании академии вроде той, которую лорд Гилдфорд открыл на острове Корфу. Он верил, что нацию создает характер, а вовсе не знания и что для процветания страны необходимо материальное благополучие. Но он забыл, что имеет дело с нацией, знаменитой своей жаждой знаний и ценящей интеллект превыше всего другого. Короче говоря, Каподистрия, будучи честным во всех своих попытках обеспечить процветание родной страны, применял методы, присущие высококритичным людям, которые он усвоил в венецианском обществе на острове Корфу и при русском дворе.